Société Française de Bio-Informatique

Master Professionnel Génie Biologique et Informatique

2008-09-08T05:51:42Z

Sandrine Pawlicki

Guy Perrière — 2008-05-15T21:12:25Z

Résumé :
Conformations anormales et agrégation de protéines en fibres amyloïdes sont associées à nombre de pathologies sévères, dont la maladie d'Alzheimer, les encéphalopathies spongiformes ou encore le diabète de type II. L'accumulation, ces dernières années, de séquences et structures sur ces protéines a ouvert la voie à l'étude in silico des mécanismes moléculaires de la formation des fibres amyloïdes. Dans ce but, nous avons créé AMYPdb (AMYloid Protein database), (...)

Matthias Zytnicki

2008-03-27T13:03:00Z

Résumé :
De récentes découvertes sur les ARN non-codants ont révélé le rôle multiple de ces molécules. De nombreuses méthodes, notamment in silico, ont été développées afin de localiser ces ARN. Nous avons développé dans nos travaux une approche recherchant ces ARN à partir de la connaissance d'éléments de structures discriminant une famille d'ARN, appelés signature. Ces recherches ont été valorisées par l'élaboration d'un outil appelé DARN !, qui trouve, dans des (...)

Anastasia Yartseva-Smidtas

2008-03-27T13:01:04Z

Résumé :
Le domaine scientifique de la Biologie des Systèmes étudie les interactions entre les composantes d'un système biologique afin de comprendre son fonctionnement global. Au cours de cette thèse, pour modéliser les connaissances biologiques, nous avons d'abord utilisé des graphes simples. Cette approche a permis d'appréhender la manière dont un réseau biologique peut interagir avec son environnement, lui-même modélisé par un autre réseau. La procédure d'enracinement (...)

Mathieu Vignes

2008-03-27T12:58:31Z

Résumé :
Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre de l'intégration statistique de données post-génomiques hétérogènes. La classification non supervisée de gènes vise à regrouper en ensembles significatifs les gènes d'un organisme, vu comme un système complexe, conformément aux données expérimentales afin de dégager des actions concertées de ces gènes dans les mécanismes biologiques mis en jeu. Nous basons notre approche sur des (...)

David Vallenet

2008-03-27T12:55:35Z

Résumé :
L'énorme quantité d'information produite par les projets génomes a rendu la bioinformatique indispensable. L'analyse des séquences ne peut être réalisée que par des outils informatiques qui produisent de nouvelles connaissances et des suggestions pour de nouvelles expériences. Dans ce contexte d'automatisation, la place de l'expertise humaine est primordiale pour assurer la cohérence des résultats obtenus. La plateforme MicroScope, développée dans le cadre de (...)

Sébastien Tempel

2008-03-27T12:53:37Z

Résumé :
Les hélitrons constituent un groupe d'éléments transposables découverts récemment dans les génome eucaryotes. A travers une étude bioinformatique, nous avons étudié leur mode d'invasion, la modularité de leur séquence et leurs impacts sur les gènes à leur proximité dans le génome d'/Arabidopsis thaliana/. Les hélitrons sont les éléments transposables les plus répandus dans ce génome ; néanmoins ils ne sont que partiellement reconnus par des logiciels (...)

Olivier Sperandio

2008-03-27T12:33:25Z

Résumé :
Cette thèse de chemoinformatique et bioinformatique structurale s'inscrit dans l'optimisation du processus d'identification de molécules à visée thérapeutique. Elle cible les trois composantes du criblage virtuel de composés chimiques : la préparation d'une version informatique de la chimiothèque ; l'identification de nouveaux composés par similarité avec des ligands actifs (LBVS) ; et l'identification de nouveaux composés actifs à partir de la structure (...)

Serge Smidtas

2008-03-27T12:30:51Z

Résumé :
Le travail présenté s'articule autour de l'étude in silico des réseaux biologiques en abordant aussi bien les aspects d'intégration, de formalisation et de modélisation des réseaux et sous-réseaux biologiques. Dans ce contexte, les travaux ont porté dans un premier temps, sur le développement d'un outil d'intégration Cyclone à même d'assurer un accès et une exploitation simplifiés des données présentes dans la base de données BioCyc puis, dans un second temps, (...)

Quentin Scuolo

2008-03-21T10:41:00Z

Résumé :
Actuellement, l'arbre du Vivant de référence est basé sur la phylogénie de l'ARN 16S. Il a été souvent souligné que cet arbre présente de nombreux défauts, en particulier une mauvaise résolution au niveau des noeuds profonds, et son manque de consensus avec les arbres basés sur d'autres gènes ubiquitaires. Le nombre croissant de génomes procaryotes entièrement séquencés a donné lieu à de nombreuses nouvelles approches pour reconstruire l'arbre du Vivant en se (...)