France

Workshop Anniversary 20th RSAT/ 15th GINsim

Type: 
Colloque
Date: 
16/05/2018 - 17/05/2018
Ville: 
75 - Paris
Pays: 
France
Courte description: 
Indeed, 2018 marks the 20th anniversary of the first publication on RSAT (http://rsat.eu/), as well as the 15th anniversary of the first publication on GINsim (http://ginsim.org/). We propose to celebrate this joint event at IBENS in Paris, on May 16-17, 2018, with a series of invited talks on the computational modelling and analysis of ci-regulatory regions and cellular networks, and practical tutorials on RSAT and GINsim for biologists.

Computational biology softwares tend to be a relatively short life.
RSAT (http://rsat.eu/) and GINsim (http://ginsim.org/) are notable exceptions, in large part thanks to active and friendly networks of collaborators.
Indeed, 2018 marks the 20th anniversary of the first publication on RSAT, as well as the 15th anniversary of the first publication on GINsim.

We propose to celebrate this joint event at IBENS in Paris, on May 16-17, 2018.

The first day will be devoted to a series invited talks on the computational modelling and analysis of ci-regulatory regions and cellular networks.
The second day will be devoted to tutorials on RSAT and GINsim for biologists.

Invited speakers:

• Samuel Collombet, Institut Curie, Paris
• Claudine Chaouiya, IGC, Lisbon, Portugal
• Bruno Contreiras Moreira, Estación Experimental de Aula Dei-CSIC, Zaragoza, Spain
• Carl Herrmann, Universität Heidelberg, DKFZ, Heidelberg, Germany
• Anthony Mathelier, NCMM, Oslo Norway
• Pedro Monteiro, INESC-ID / IST - Universidade de Lisboa, Portugal
• Elisabeth Remy, Institut de Mathématiques de Marseille
• Hugues Roest Crollius, IBENS, Paris
• Jacques van Helden, TAGC Marseille

Program and registration (free but compulsory) : https://www.ibens.ens.fr/spip.php?article350

Looking forward to meeting you at this event !

Morgane Thomas-Chollier and Denis Thieffry

CNRS formation: "NGS pour l’analyse des modifications épitranscriptomiques des ARNs"

Type: 
Formation
Date: 
22/05/2018 - 25/05/2018
Ville: 
Nancy
Pays: 
France
Courte description: 
Le programme comporte: Une partie théorique (6 h) - Les notions de modification épitranscriptomique des ARNs, les fonctions de ces modifications et leur importance - Les techniques pour identifier et analyser les modifications épitranscriptomiques : . techniques d'enrichissement par les anticorps spécifiques . techniques basées sur la signature de la transcriptase inverse (RT-signature) . techniques basées sur l'emploi de réactifs spécifiques des modifications épitranscriptomiques - Notions d'analyse des résultats obtenus Une partie pratique (18 h) - Préparation de banques de séquençage pour l'analyse des signatures de la transcriptase inverse (RT-signature) - Préparation de banques RiboMethSeq pour l'analyse des résidus 2'-O-méthylés des ARNs - Quantification et qualification des banques préparées - Séquençage des banques sur un MiSeq (Illumina) - Analyse des données obtenues

CNRS formation: "Préparation des banques NGS à partir d’ARN : les étapes pratiques et méthodologiques"

Type: 
Formation
Date: 
26/03/2018 - 28/03/2018
Ville: 
Lyon
Pays: 
France
Courte description: 
L programme comprend: Une partie théorique (5 h) - Les technologies de séquençage Illumina et Ion Torrent - Les principales méthodes de construction de banques NGS - Format des données générées et généralités sur l'analyse primaire des données - Potentiel des applications de séquençage (illustrations, exemplifications) Une partie pratique (12 h) - Exemple de construction de banques à partir d'ARN : séquençage RNA-seq sur plateforme Ion Torrent - Quantification et qualification des ARNs - Construction d'une banque à partir d'ARN - Contrôle qualité de banques avant séquençage - Amplification emPCR, enrichissement de la banque, séquençage - Récupération des données de séquençage et traitement primaire La dernière demi-journée (3 h) sera consacrée à l'analyse de cas exposés par les stagiaires (questions spécifiques, projets propres de séquençage).

CNRS formation: "In vivo CRISPR-Cas9 genome editing"

Type: 
Formation
Date: 
14/03/2018 - 15/03/2018
Ville: 
Illkirch
Pays: 
France
Courte description: 
This training aims to provide a general framework to get scientists started using CRISPR-Cas9 for in vivo gene editing in rodents. It will include: Lectures (4 hours) - Introduction and applications of in vivo CRISPR-Cas9 genome editing in rodents : principles, rodent's models, PRO and CONS, achievement, challenge... -Case study : practical illustrations using in vivo CRISPR-Cas9 genome editing, in house results and bibliographic analysis Workshop: practical session on computer (4 hours) - Web sites - Design a CRISPR-Cas9 genome editing experiment: KO, point mutation, knock-In, etc. Interactive discussion groups (4,5 hours) This session consists of open questions and will allow each attendee to consider their own scientific issues.

GATB Programming Training Session

Type: 
Formation
Date: 
18/04/2018
Ville: 
Paris
Pays: 
France
Courte description: 
Learning GATB-Core API (Application Programming Interface) is the purpose of this programming day: to provide you with theoretical concepts and corresponding code snippets to design and write GATB tools.
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