Analyse de la microévolution des génomes microbiens : approches bioinformatiques

TitreAnalyse de la microévolution des génomes microbiens : approches bioinformatiques
Type de publicationThèse
Nouvelles publications2016
AuteursChiapello, Hélène
RapporteursBrochier-Armanet, Céline, Neuvéglise Cécile, Viari Alain
ExaminateursFichant, Gwennaelle, Médigue Claudine, Higuet Dominique, Gaspin Christine
Université et/ou école doctoraleInra Toulouse
DiplômeHabilitation à Diriger des Recherches
RésuméLes travaux présentés dans cette HDR concernent la conception et la mise en œuvre de stratégies bioinformatiques visant à analyser la diversité des génomes de micro-organismes (bactéries, champignons) à l’échelle microévolutive. Mes activités de recherche s’inscrivent dans la champ disciplinaire de la phylogénomique avec un point de vue particulier : les génomes de micro-organismes et l’échelle de temps considérée, qui est en général courte. Dans une première partie, je présente mes travaux sur la comparaison de génomes bactériens et ses applications à différentes questions de recherche d’intérêt fondamental ou appliqué. Dans un second chapitre je décris mes contributions à l’analyse du contenu et de l’évolution des génomes fongiques. Enfin, dans une dernière partie je présente mes perspectives de recherche, en lien notamment avec deux nouveaux projets concernant d’une part l’étude de la dynamique évolutive des ARN régulateurs bactériens et de leurs cibles et d’autre part l’analyse des déterminants génomiques de l’adaptation d’une bactérie pathogène à son hôte.