Analyse des modifications épigénétiques par séquençage Oxford Nanopore.

Type de poste
Dates
Durée du poste
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Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>2 rue Gaston Crémieux, 91057 Evry</p>
Evry
France

Contacts
Jean-Marc AURY
Email du/des contacts
stage_rdbioseq@genoscope.cns.fr
Description

<p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-5436fcb1-7fff-00f3-3b93-b29ce0d7892d"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Le </span><a href="https://www.genoscope.cns.fr/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(17, 85, 204); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; text-decoration-line: underline; text-decoration-skip-ink: none; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Genoscope</span></a><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;"> participe à de nombreuses initiatives visant à séquencer les génomes d&rsquo;organismes variés. La plateforme de séquençage du Genoscope génère une grande quantité de données en utilisant la technologie récente d&rsquo;Oxford Nanopore Technologies (</span><a href="https://nanoporetech.com/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(17, 85, 204); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; text-decoration-line: underline; text-decoration-skip-ink: none; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">ONT</span></a><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">). Cette technologie permet de lire un fragment d&rsquo;ADN qui transite dans un pore. Par cette technique, chaque base de l&rsquo;ADN ou de l&rsquo;ARN peut être différenciée, aussi bien les bases classiques (A, C, G, T et U) que les bases modifiées. Dans le cadre d&rsquo;un projet de reséquençage d&rsquo;une centaine de génome de plantes à l&rsquo;aide de cette technologie, le Genoscope souhaite intégrer et utiliser des outils d&#39;analyse des bases modifiées. La mission du stagiaire consistera à effectuer la veille technologique de ce domaine afin d&#39;évaluer les outils existants et intégrer les outils choisi au pipeline existant.</span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-5436fcb1-7fff-00f3-3b93-b29ce0d7892d"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Mots clés: </span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Epigénétique, Oxford Nanopore, Traitement du signal, Basecalling</span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-5436fcb1-7fff-00f3-3b93-b29ce0d7892d"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Référence: </span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Detecting DNA cytosine methylation using nanopore sequencing (Nature methods, 2017)</span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-5436fcb1-7fff-00f3-3b93-b29ce0d7892d"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Techniques à mettre en œuvre</span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;"><strong>:</strong> Perl, Python R, Gestionnaire de workflows</span></span></p><div>&nbsp;</div><br/>
Laboratoire: CEA / Genoscope / R&D BioSeq