Analyse et annotation de données de séquençage massif

L’UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie (BFP) [INRA et Université de Bordeaux] recherche un(e) candidat(e) pour un CDD Ingénieur d’étude de 27 mois au sein de son équipe de Virologie Végétale

Dans le cadre du projet ANR-NetBiome SafePGR la personne recrutée participera au développement de pipelines d’analyse et d’annotation de données de séquençage massif (EST 454, siRNA Illumina…) issues d’analyses de métagénomiques conduites sur des accessions de ressources génétiques de plantes d’intérêt (Banane, Canne à sucre, Igname, Patate douce, Aulx, Vanille). Elle contribuera également à la formation des partenaires du projet à la mise en œuvre des outils ainsi développées. Enfin, elle utilisera ces outils pour contribuer à l’identification et à la caractérisation des agents viraux connus ou nouveaux présents dans les plantes analysées, l’objectif finalisé poursuivi dans le projet SafePGR étant la sécurisation des ressources génétiques des plantes étudiées.

Nous recherchons un(e) candidat(e) avec une formation en bioinformatique et des compétences en programmation/développement. Une première expérience de gestion et de développement d’outils pour l’analyse de données NGS est attendue. Une expérience en développement de bases de données sera un plus.

Date de démarrage du contrat : le plus tôt possible, idéalement novembre/décembre 2012.