analyse NGS et developpement web

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>516 Rue Pierre et Marie Curie</p><p>31670 LABEGE</p><p>FRANCE</p><p>&nbsp;</p>
31670 Labege
France

Contacts
Servant Florence
Email du/des contacts
florence.servant@vaiomer.com
Description

<p><strong>Missions</strong>:</p><p>Le candidat sélectionné aura pour principale mission de prendre en charge les aspects bioinformatiques des projets de métagénomique ciblée par séquençage du gène de l&rsquo;ARN 16S au sein de l&rsquo;entreprise. Ces missions incluent l&rsquo;interaction avec nos fournisseurs de séquençage NGS, la réalisation des analyses bioinformatiques, la veille scientifique, le développement du pipeline bio-informatique, et l&rsquo;interaction avec les biologistes pour assurer une bonne interprétation des résultats au sein des projets.</p><p>Le candidat sera aussi impliqué dans la mise à disposition et le développement d&rsquo;outils web pour permettre aux biologistes de réaliser des analyses bioinformatiques de routine (LEfSe, PICRUSt, &hellip;) et des figures ad-hoc (heatmaps, boxplots, arbres phylogénétiques, &hellip;) de façon autonome.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Profil</strong>:</p><p>Le candidat devra être titulaire d&#39;un Master ou PhD en bioinformatique. D&#39;excellentes connaissances appliquées sont requises dans les domaines de l&#39;analyse de données NGS et dans le développement web pour interfacer les outils de bioinformatiques développés, notamment via GALAXY.</p><p>Des connaissances en biologie moléculaire, microbiologie, biologie des systèmes et/ou en génomique sont appréciées. Le candidat devra avoir une excellente capacité à travailler en équipe, à communiquer, et faire preuve d&#39;autonomie dans son travail.</p><p>&nbsp;</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Compétences clefs recherchées</strong>:</p><ul><li>Double compétence Biologie / Informatiques</li><li>Expériences démontrées en analyse de données NGS</li><li>Développement d&rsquo;outils web (Python, Javascript, &hellip;)</li><li>Bonne maîtrise des bases de connaissances bioinformatiques (séquences nucléiques et protéiques, taxonomiques, annotations fonctionnelles, voies métaboliques, ...)</li><li>Travail en ligne de commande sous GNU/Linux</li><li>Bonnes capacités de travail en équipe</li></ul><p>&nbsp;</p><p><strong>Compétences additionnelles souhaitables</strong>:</p><ul><li>Analyse de données de métagénomique et/ou RNASeq</li></ul><ul><li>Expérience avec les outils Cytoscape ou GALAXY</li><li>Connaissances en développement statistique avec le langage R</li><li>Design et utilisation d&rsquo;une base de données relationnelle</li></ul><br/>
Laboratoire: Vaiomer