Assemblage de génomes hétérozygotes de plantes à base de longues lectures

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>2, rue Gaston Crémieux</p><p>91057 EVRY</p>
Evry
France

Contacts
Jean-Marc AURY
Email du/des contacts
stage_rdbioseq@genoscope.cns.fr
Description

<p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-b22f6aaf-7fff-e189-eedc-3455b07037fc"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Le </span><a href="https://www.genoscope.cns.fr/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(17, 85, 204); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; text-decoration-line: underline; text-decoration-skip-ink: none; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Genoscope</span></a><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;"> participe à de nombreuses initiatives visant à séquencer les génomes d&rsquo;organismes variés. Pour cela le centre dispose d&rsquo;une grande capacité de séquençage de Seconde Génération (Illumina) mais également de Troisième Génération (</span><a href="https://nanoporetech.com/"><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(17, 85, 204); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; text-decoration-line: underline; text-decoration-skip-ink: none; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Oxford Nanopore Technologies</span></a><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">). Les séquenceurs appartenant à cette dernière catégorie sont relativement nouveaux (2014 et 2017), mais permettent déjà d&rsquo;obtenir de très bons assemblages, du moins pour les génomes homozygotes. L&rsquo;assemblage de génomes hétérozygotes, pour lesquels les génomes maternel et paternel sont variables, reste encore un challenge méthodologique. En effet, le taux d&rsquo;erreur des séquences générées étant relativement élevé (environ 10%), les techniques usuelles ne sont pas applicables ici. Dans ce contexte, nous proposons un stage orienté &ldquo;recherche en bioinformatique&rdquo;, visant à développer une méthode facilitant l&rsquo;assemblage de génomes hétérozygotes, en s&rsquo;appuyant sur des données Illumina et Nanopore. </span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-b22f6aaf-7fff-e189-eedc-3455b07037fc"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Mots clés: </span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Assemblage, Oxford Nanopore, Illumina, SNPs</span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-b22f6aaf-7fff-e189-eedc-3455b07037fc"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Référence:</span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;"> Phased Diploid Genome Assembly with Single Molecule Real-Time Sequencing (Nature methods, 2016).</span></span></p><p dir="ltr" style="line-height:1.38;margin-top:11pt;margin-bottom:11pt;text-align: justify;background-color:#ffffff;"><span id="docs-internal-guid-b22f6aaf-7fff-e189-eedc-3455b07037fc"><strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-weight: 700; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;">Techniques à mettre en œuvre</span></strong><span style="font-size: 11pt; font-family: Verdana; color: rgb(0, 0, 0); background-color: transparent; font-variant-numeric: normal; font-variant-east-asian: normal; vertical-align: baseline; white-space: pre-wrap;"><strong>:</strong> Python, Détection de SNP, Algorithmique, R, Gestionnaire de workflows</span></span></p><br/>
Laboratoire: CEA / Genoscope / R&D BioSeq