assemblage et annotation des génomes

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Faculté des Sciences et Techniques</p><p>Parc de Grandmont, 37200 Tours</p>
Tours
France

Contacts
Drezen Jean-Michel
Email du/des contacts
drezen@univ-tours.fr
Description

<h3>Ingénieur spécialisé en assemblage et annotation des génomes H/F</h3><p>Lieu de travail : TOURS<br />Durée du contrat : 12 mois<br />Date d&#39;embauche prévue : 1 février 2019<br />Rémunération : Salaire brut mensuel entre 2.399,48 &euro; et 3.072 &euro; selon expérience<br />Niveau d&#39;études souhaité : Ingénieur ou Docteur</p><p><strong>Missions</strong></p><p>Au CNRS, à l&#39;IRBI (Institut de Recherche sur la Biologie de l&#39;Insecte), l&#39;ingénieur (e) aura en charge l&#39;exploitation de données brutes de séquençage de génomes d&#39;hyménoptères parasites pour les rendre accessibles aux biologistes.</p><h3>Activités</h3><p>- Assemblage de données PacBIO ou Minion + Illumina<br />afin d&#39;obtenir plusieurs génomes d&#39;hyménoptère parasites de haute qualité<br />- Annotation des gènes et éléments transposables<br />-Mise en ligne d&#39;un accès aux génomes pour l&#39;annotation experte et la visualisation de données Rnaseq et petits ARN par les utilisateurs<br />- Apport d&#39;expertise pour l&#39;utilisation de la technologie Oxford Nanopore (secondaire)</p><h3>Compétences</h3><p>Assemblage de génomes à partir de données NGS.<br />Utilisation du pipeline repet pour l&#39;annotation des éléments transposables<br />Maîtrise des programmes d&#39;annotation de gènes<br />Maîtrise des outils de Mapping<br />Maitrise d&#39;au moins un langage de programmation (Python, Perl) et de l&#39;environnement Linux, Utilisation de GALAXY<br />Capacité à la veille technologique et à interagir avec les biologistes</p><h3>Contexte de travail</h3><p>Ce projet s&#39;inscrit dans l&#39;ANR Cotebio (projet 2018-2022) visant à l&#39;utilisation de parasitoïdes pour la lutte biologique contre la sésamie du Maïs. L&#39;ingénieur de recherche en bioinformatique exercera son activité au sein de l&#39;IRBI, sous la responsabilité de J-M Drezen, Directeur de Recherche CNRS, responsable scientifique du projet ANR Cotebio pour l&#39;IRBI. Il aura accès à un cluster de calcul récemment mis en place à l&#39;université de Tours. L&#39;équipe a une longue expérience de publications dans le domaine de la génomique des hyménoptères parasitoïdes en collaboration avec le CEA/Genoscope d&#39;Evry et l&#39;INRA/IRISA de Rennes qui gère le site BIPAA où les génomes obtenus sont accessibles.<br />Des données génomiques sont déjà disponibles sur des espèces du genre Cotesia comprenant un génome de référence assemblé jusqu&#39;au niveau des chromosomes, obtenu dans le cadre d&#39;un projet ANR précédent. Les données brutes d&#39;une autre espèce sont immédiatement analysables.</p><h3>Postuler sur le portail emploi du CNRS (uniquement) <a href="http://bit.ly/2CbUwN6">http://bit.ly/2CbUwN6</a></h3><p>Envoyer une lettre de motivation expliquant votre cursus et vos domaines de compétence comprenant une description de l&#39;expérience passée et des projets du candidat en adéquation avec le poste proposé, un CV, diplôme d&#39;ingénieur ou doctorat, l&#39;adresse courriel de 2-3 référents, les candidats retenus seront convoqués pour un entretien entre le 7 et le 11 janvier 2019.<br />Date limite de réception des candidatures 3 Janvier 2019.</p><br/>
Laboratoire: Institut de Recherche Biologi de l'Insecte

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