Bio-informaticien-ne, ingénieur-e en analyse de données NGS

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p><span class="texte_courant">Université Paris-Sud</span><br /><span class="texte_courant">Bat 630</span><br /><span class="texte_courant">Rue de Noetzlin</span><br /><span class="texte_courant">91405 ORSAY CEDEX</span></p>
Orsay
France

Contacts
Vladimiur Daric
Email du/des contacts
vladimir.daric@u-psud.fr
Description

<p>&nbsp;</p><p><u><strong>Il s&#39;agit d&#39;une mobilité interne CNRS. Les agents de la fonction publique non CNRS peuvent également y postuler.</strong></u></p><p>&nbsp;</p><p>Emploi-type : Ingénieur-e biologiste en traitement de données</p><p>Mission : Développer des pipelines d&#39;analyse bio-informatiques, notamment en analyse de données issues du séquençage à haut débit (RNA-Seq, Chip-Seq, prédiction de transcrits, assemblage de novo, etc.). L&#39;Ingénieur-e sera amené-e à interagir avec l&#39;ensemble des équipes (12) et des plateformes de l&#39;IPS2 (5).</p><p>Activités : - Réaliser l&#39;analyse de données haut débit (NGS),<br />- Organiser la mise en forme et le stockage des données,<br />- Adapter les applications informatiques aux besoins du projet,<br />- Diffuser et valoriser des résultats sous forme de rapports techniques ou d&#39;études,<br />- Conseiller et former aux techniques et outils développés,<br />- Définir les procédures d&#39;assurance qualité et veiller à leur mise en œuvre,<br />- Assurer une veille scientifique et technologique,<br />- Participer à des réseaux professionnels, en particulier participer à l&#39;animation de la communauté de bio-informaticiens de l&#39;IPS2.</p><p>Compétences : Méthodes d&#39;analyse :<br />- Bonne maîtrise d&#39;au moins un langage parmi : Python, R, Bash,<br />- Bonne maîtrise de l&#39;utilisation du système Linux,<br />- Maîtrise d&#39;outils d&#39;analyse NGS : bowtie, STAR, samtools, IGV...<br />- Bonne maîtrise du recueil, de l&#39;analyse et du traitement des données,<br />- Connaissances générales en biologie,<br />- Connaissance générale des règles et méthodes de l&#39;assurance qualité.<br /><br />Maîtrise des techniques de présentation orale et écrite :<br />- Capacité à interagir avec des biologistes et des informaticiens,<br />- Capacité à transmettre des connaissances,<br />- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun).</p><p>&nbsp;</p><p>Contexte : Au cœur du Campus du plateau de Saclay, L&#39;Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) (UMR CNRS-INRA-UPSud-U Paris Diderot - UEVE), 180 personnels, est fortement impliquée dans la biologie intégrative végétale (NextGen Sequencing, épigénomique, imagerie, métabolomique).<br />L&#39;ingénieur-e intégrera le Plateau Bio-informatique sous la direction de l&#39;ingénieur d&#39;étude responsable actuel (en charge à la fois des analyses bio-informatiques et des moyens de calcul scientifique). Il/elle sera en charge d&#39;accompagner les équipes (12) et les plateformes (5) de l&#39;IPS2 face à l&#39;accroissement continu des besoins de traitement de données omique et de déployer une palette de services bio-informatiques dédiés à l&#39;ensemble de la communauté scientifique de l&#39;IPS2.<br />Cette fonction ouvre droit à la perception de l&#39;Indemnité de Référence pour les Informaticiens (IRI).</p><p>&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: UMR9213 Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2)