Bioinformaticien.ne assemblage / gwas

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Bordeaux
France

Contacts
Prof. Lehours Philippe
Email du/des contacts
philippe.lehours@u-bordeaux.fr
Description

<p>En tant que bio-informaticien.ne au Centre National de Référence des Campylobacters et des Hélicobacters (CNRCH), vous serez amené.e à mettre en place des analyses génomiques sur des souches cliniques afin de mieux comprendre les évolutions au sein des populations de souches pathogènes et les mécanismes de résistance aux antibiotiques. Vous travaillerez au sein d&rsquo;une équipe de biologistes, d&rsquo;ingénieurs, de techniciens et d&rsquo;étudiants dans un environnement de travail mettant à votre disposition tous les outils nécessaires au développement de la bio-informatique au sein du service. Ce poste est une excellente opportunité ouvrant à des évolutions possibles au sein du CNR ou du CHU, dont la volonté est d&rsquo;accroitre l&rsquo;importance de la bio-informatique.</p><p>Missions&nbsp;:</p><ul><li>Assurer l&rsquo;assemblage <em>de novo</em> à partir des reads produits par technologie NextSeq500 (Illumina)&nbsp;;</li><li>Mener à bien une analyse GWAS sur des souches de <em>Campylobacter jejuni</em> pour mettre en évidence des marqueurs d&rsquo;invasivité&nbsp;;</li><li>Mener des analyses d&rsquo;attribution de sources selon un protocole déjà mis en place au sein du laboratoire (logiciel STRUCTURE)&nbsp;;</li><li>Initier, planifier et mener à bien des projets innovants de génomique basés sur les souches reçues par le CNR&nbsp;;</li><li>Décrire le génome de nouvelles espèces lorsqu&rsquo;elles sont identifiées par le CNR&nbsp;;</li><li>Participer à la rédaction de publications scientifiques dans des journaux corrigés par des pairs&nbsp;;</li><li>Présenter les résultats des analyses menées lors de conférences à l&rsquo;échelle nationale et internationale</li></ul><p>Profil recherché&nbsp;:</p><ul><li>Titulaire d&rsquo;un diplôme de master 2, d&rsquo;ingénieur ou d&rsquo;un doctorat en bio-informatique&nbsp;;</li><li>Bon niveau en programmation (Python, Bash&hellip;)&nbsp;;</li><li>Bon niveau d&rsquo;anglais (écrit et oral)&nbsp;;</li><li>Expérience en génomique bactérienne (souhaité)&nbsp;;</li><li>Expérience en assemblage <em>de novo </em>par logiciel SPAdes (souhaité)&nbsp;;</li><li>Maîtrise des outils bioinformatiques et base de données utilisés en génomique bactérienne (souhaité)</li><li>Expérience en GWAS (souhaité)&nbsp;;</li></ul><p>&nbsp;</p><br/>
Lieu: <p style="margin-left:14.2pt;">CNRCH - Laboratoire de Bactériologie</p><p style="margin-left:14.2pt;">CNR Campylobacters et Hélicobacters</p><p style="margin-left:14.2pt;">CHU Pellegrin</p><p style="margin-left:14.2pt;">Place Amélie Raba Léon</p><p style="margin-left:14.2pt;">33076 Bordeaux cedex</p><p>&nbsp;</p>
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Laboratoire: CNRCH, laboratoire de Bactériologie, CHU Pellegrin (www.cnrch.fr)