Bioinformatique Mobilité - Modélisation des Macromolécules Biologiques

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Molecular Microbiology and Structural Biochemistry (MMSB) UMR 5086, University of Lyon / CNRS 7, passage du Vercors Lyon, 69007, France</p>
Lyon
France

Contacts
Luca Monticelli
Guillaume Launay
Juliette Martin
Email du/des contacts
luca.monticelli@ibcp.fr
juliette.martin@ibcp.fr
guillaume.launay@ibcp.fr
Description

<p>Un poste d&#39;IE en bioinformatique est ouvert en mobilité interne dans l&#39;équipe de Modélisation des Macromolécules Biologiques de l&#39;UMR5086 à Lyon <a href="http://mmsb.cnrs.fr/en/team/mobi-en/">http://mmsb.cnrs.fr/en/team/mobi-… poste est ouvert en priorité pour les agents CNRS désirant effectuer une mobilité, mais <strong>tous les fonctionnaires peuvent faire acte de candidature</strong>, voir<strong> <a href="https://mobiliteinterne.cnrs.fr/afip/owa/consult.accueil">https://mobil… descriptif du poste est le suivant.</p><p><strong>Missions</strong><br />L&rsquo;ITA recruté/e sera intégré dans l&rsquo;équipe de bioinformatique du Laboratoire MMSB (UMR 5086 ; équipe MOBI)<br />et mutualisé à 40 % pour apporter un soutien en bioinformatique au plateau de spectrométrie de masse de la<br />SFR Biosciences (UMS 3444). Il aura une double mission visant à (1) assurer le développement, le<br />fonctionnement, et la maintenance des services bioinformatiques développés dans MMSB ; (2) apporter un<br />soutien technique et contribuer à l&#39;avancée des thématiques scientifiques développées dans l&rsquo;équipe MOBI et<br />des projets protéomiques des chercheurs de la SFR biosciences.</p><p><br /><strong>Activités</strong><br />La personne recrutée aura la charge de :<br />&bull; Implémenter le portage des algorithmes développés vers des webservices (hébergés sur le site web de<br />MMSB) ou vers des logiciels (distribués à travers le site web de l&rsquo;équipe MOBI) pour mettre les méthodes et<br />outils développés au service de la communauté scientifique.<br />&bull; Développer et implémenter de nouvelles méthodologies pour l&rsquo;analyse des trajectoires de simulations<br />moléculaires, réalisées par l&rsquo;équipe MOBI.<br />&bull; Implémenter et maintenir des pipelines d&rsquo;analyse bioinformatique issus des travaux conjoints entre les<br />équipes MMSB et la SFR Biosciences;<br />&bull; Développer et conduire des analyses bioinformatiques poussées pour étudier des données provenant de<br />spectrométrie de masse, en particulier dans les cas d&rsquo;analyses de protéines en mélanges complexes,<br />d&rsquo;analyses quantitatives et d&rsquo;analyses de modifications post traductionnelles à l&rsquo;échelle d&rsquo;un protéome.<br />&bull; Former les nouveaux arrivants de l&rsquo;équipe MOBI aux bonnes pratiques de programmation et les utilisateurs<br />de la SFR Biosciences à la mise en oeuvre des méthodes d&rsquo;étude et d&rsquo;interprétation des résultats issus<br />d&rsquo;analyses protéomiques.<br />&bull; Réaliser la veille technologique des programmes et librairies installées sur le cluster de calcul du laboratoire.<br />&bull; Mettre à jour les environnements de développement des postes de travail utilisés par les membres nonpermanents<br />de l&rsquo;équipe MOBI.<br />&bull; Superviser les dépôts de version logiciels de l&rsquo;équipe.<br />&bull; Pérenniser les codes et les intégrer aux librairies logicielles développées par l&rsquo;équipe MOBI.</p><p><br /><strong>Compétences</strong><br />&bull; Connaissances théoriques générales dans le domaine de la biologie structurale.<br />&bull; Connaissances générales des principes de physico-chimie déterminant la structure des macromolécules<br />biologiques (en particulier protéines et membranes lipidiques) et leurs interactions.<br />&bull; Connaissances générales des principes et des algorithmes de la dynamique moléculaire.<br />&bull; Connaissances pratiques du système d&rsquo;exploitation Linux (incluant les bases de l&rsquo;administration des<br />systèmes), du langage bash et d&rsquo;ordonnanceurs de tâches informatiques pour clusters de calculs.<br />&bull; Aisance en Python et ses bibliothèques de calculs scientifiques et d&rsquo;analyse de données.<br />&bull; Connaissance pratique des logiciels appropriés aux analyses à large échelle des protéomes.<br />&bull; Expérience souhaitée dans la conception de workflows de calculs scientifiques.<br />&bull; Connaissance pratique souhaitée des méthodes d&rsquo;analyse et de traitement des données issues des<br />analyses de spectrométrie de masse.</p><p>&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: UMR5086