Développement bioinformatique pour la métagénomique en lien avec les innovations technologiques de séquençages à longs fragments

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Toulouse
France

Contacts
Dr Géraldine PASCAL
Dr Claire HOEDE
Email du/des contacts
geraldine.pascal@inra.fr
claire.hoede@inra.fr
Description

<div><div><p><strong>Poste en CDD en bioinformatique à Toulouse</strong></p></div><p><strong>Thème de recherche&nbsp;:</strong> Développement bioinformatique pour la métagénomique en lien avec les innovations technologiques de séquençages à longs fragments</p><p><strong>Durée :</strong> 36 mois (1 an + 2 ans)</p><p><strong>Date </strong>: Janvier ou février 2019</p><p><strong>Institut </strong>: INRA (Institut National pour la Recherche Agronomique)</p><p><strong>Unité de recherche</strong>: Plateforme Get PLAGE, GenoToul Bioinfo, UMR1388 GenPhySE&nbsp;;&nbsp; <strong>Adresse postale : </strong>Chemin de Borde Rouge, 31326 Castanet Tolosan, France; <strong>Site internet</strong> : <u><a href="http://genphyse.toulouse.inra.fr/"><font color="#0066cc">http://genphyse.toulouse.inra.fr/</font></a&gt;; <a href="http://bioinfo.genotoul.fr/"><font color="#0066cc">http://bioinfo.genotoul.fr/</font></a></u></p><p><strong>Personne à contacter :</strong></p><p>Dr Géraldine PASCAL <a>geraldine.pascal@inra.fr</a>, +33 (0)5 61 28 51 05</p><p>Dr Claire HOEDE <a>claire.hoede@inra.fr</a>, +33 (0)5 61 28 53 05</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Description de l&rsquo;unité et de l&rsquo;équipe d&rsquo;accueil:</strong></p><p>L&rsquo;unité <strong>GeT-PlaGe</strong> est le site principal de la plateforme GeT du GIS Genotoul. Pour les années à venir, la plateforme GeT a pour objectif de développer les deux axes scientifiques et technologiques suivants :</p><p style="margin-left:71.2px;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Caractérisation du génome : structure fine et organisation fonctionnelle, connaissance de plus en plus poussée du génome, des gènes, de leurs régulations et de leurs interactions</p><p style="margin-left:71.2px;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Etude du polymorphisme</p><p>Le site GeT-PlaGe a fait des sciences animales, végétales, de l&rsquo;environnement et de l&rsquo;écologie une spécialité. En complément d&rsquo;approches classiques de séquençage, GeT-PlaGe a développé des axes technologiques et méthodologiques qui étaient pas ou peu pris en charge par le réseau des autres plateformes régionales de France Génomique : le re-séquençage tout génome pour l&rsquo;étude du polymorphisme, le séquençage whole genome bisulfite pour les analyses épigénétiques, le séquençage long read pour l&rsquo;assemblage de génome de novo et l&rsquo;analyse de variations structurales.</p><p>&nbsp;</p><p>La Plateforme GenoToul Bioinfo est une équipe de 8 permanents située sur le centre INRA de Castanet-Tolosan. Ses missions sont de mettre à disposition de la communauté scientifique une infrastructure dédiée et performante dans le domaine de la bioinformatique. La plateforme Genotoul Bioinfo contribue, en tant qu&rsquo;infrastructure de recherche ouverte, à l&rsquo;accompagnement des grands défis dans les domaines de l&rsquo;alimentation, de l&rsquo;agriculture et de l&rsquo;environnement inscrits au document d&rsquo;orientation 2025 de l&#39;INRA.</p><p>&nbsp;</p><p>Le laboratoire de recherche GenPhySE vise à comprendre la génétique et les processus physiologiques sous-jacents aux phénotypes des animaux d&rsquo;élevage, y compris lorsqu&#39;il s&#39;agit de tenir compte des animaux dans leurs systèmes de production. Nos activités principales se concentrent autour de l&rsquo;amélioration des connaissances de la structure et de l&#39;organisation fonctionnelle des génomes, sur l&rsquo;exploration de la variabilité génétique des caractères complexes chez les animaux d&#39;élevage, sur la compréhension des mécanismes biologiques qui sous-tendent l&#39;élaboration des phénotypes, sur l&rsquo;accroissement du gain génétique grâce à la sélection génomique et à la conception de nouveaux programmes de sélection, sur l&rsquo;amélioration de notre compréhension des effets de l&#39;environnement sur les phénotypes et sur la conception de systèmes de production animale plus durables.</p><p><strong>Résumé des activités</strong> :</p><p>La connaissance des espèces peuplant les écosystèmes microbiens est largement basée sur le séquençage de l&rsquo;ADN microbien. Dans ce cadre, deux types d&rsquo;études sont conduites&nbsp;: celles préférant une approche ciblée avec un séquençage type amplicon d&rsquo;un marqueur de biodiversité et celles ayant pour objectif le séquençage massif sans a priori de l&rsquo;ensemble de l&rsquo;ADN présent dans l&rsquo;écosystème (métagénomique en shotgun). La qualité des séquences et la profondeur de séquençage sont des paramètres déterminants. Toutefois, une amélioration majeure de ces techniques d&rsquo;exploration des écosystèmes microbiens concerne l&rsquo;augmentation de la taille des séquences produites. Celle-ci est actuellement limitée à 2 x 250 pb en &laquo;&nbsp;paire-end&nbsp;&raquo; sur plateforme Illumina (MiSeq). Cette limitation de la taille réduit la possibilité d&rsquo;affiliation taxonomique puisque seule une proportion de 500 pb du marqueur de biodiversité est utilisable. De même en approche shotgun cette limite de taille est un des freins majeurs à l&rsquo;amélioration de la qualité des assemblages. Le travail proposé sera conduit en deux phases. Dans un premier temps le candidat réalisera une étude bioinformatique exploratoire qualitative et quantitative dont l&rsquo;objectif sera d&rsquo;améliorer les capacités d&rsquo;affiliation taxonomique en approche ciblée basée sur l&rsquo;augmentation de la taille des séquences des 500 pb actuelles vers les 10000 pb en utilisant le Gridion (ONT). Ces travaux permettront de guider le choix des régions cibles optimales pour l&rsquo;affiliation taxonomique. Dans un deuxième temps, le candidat mettra en place les pipelines bioinformatiques permettant de réaliser des assemblages en approche shotgun selon plusieurs techniques de séquençage Hiseq, NovaSeq (Illumina) couplés ou pas avec le chromium (10X genomics), utilisation du Prométhion (ONT) ou de l&rsquo;HiC pour améliorer les assemblages. La personne recrutée comparera la qualité des différents assemblages obtenus. &nbsp;</p><p><strong>Thématique scientifique et domaine </strong>: Bioinformatique, biostatistique, écologie microbienne</p><p><strong>Critère d&rsquo;éligibilité :</strong></p><p style="margin-left:47.6px;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; M2 ou école d&rsquo;ingénieur en bioinformatique minimum</p><p><strong>Compétences&nbsp;:</strong></p><ul><li>Maîtrise des différentes méthodes et techniques utilisées en bioinformatique.&nbsp;&nbsp;</li><li>Maîtrise d&rsquo;un ou plusieurs langages de programmation (Perl, Python, JAVA, C++, C) et d&rsquo;un ou plusieurs outils de développement.</li><li>Maîtrise de l&#39;anglais technique du domaine.</li><li>Expérience souhaitée dans l&#39;utilisation d&#39;un cluster de calcul.&nbsp;&nbsp;&nbsp;</li><li>Communication et goût du travail en équipe.</li><li>Une précédente expérience en métagénomique serait un plus.</li></ul><p><strong>Les demandes doivent contenir les documents suivants :</strong></p><ul><li>Curriculum vitae</li><li>Lettre de motivations mentionnant la description de l&#39;expérience passée et comment les projets du candidat sont en adéquation avec le poste proposé</li><li>Nom et coordonnées de 2 référents</li><li>Veuillez postuler jusqu&#39;au 25 novembre 2018</li></ul><p>&nbsp;</p></div><p>&nbsp;</p><br/>
Lieu: <p><span style="margin: 0px;"><span lang="EN-GB" style="margin: 0px; line-height: 107%; font-family: &quot;Times New Roman&quot;,serif; font-size: 12pt;"><span style="margin: 0px;"><font color="#000000">Chemin de Borde Rouge, 31326 Castanet Tolosan, France</font></span></span></span></p>
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Laboratoire: INRA (Get PLAGE, GenoToul Bioinfo, UMR1388 GenPhySE)