Développement de méthodes d’analyse de données NGS pour l’étude de l’origine et de l’organisation d’un génome hautement polyploïde, la canne à sucre

Type de poste
Dates
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Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
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Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Montpellier
France

Contacts
D'HONT Angélique
MARTIN Guillaume
GARSMEUR Olivier
Email du/des contacts
dhont@cirad.fr
guillaume.martin@cirad.fr
garsmeur@cirad.fr
Description

<p>La canne à sucre appartient au genre Saccharum, un genre composé exclusivement d&#39;espèces hautement polyploïdes et au sein duquel les hybridations interspécifiques sont fréquentes. Malgré sa grande importance économique, l&#39;origine de la canne à sucre, son histoire évolutive et la taxonomie du genre Saccharum (Poaceae, Andropogoneae) et de ses espèces sont largement non résolues. La polyploïdie et les hybridations interspécifiques récurrentes compliquent la reconstruction des relations phylogénétiques entre les genres et les espèces, en particulier chez les haut polyploïdes qui peuvent avoir une histoire complexe de multiples duplications allo et / ou autopolyploïdes. L&#39;origine des variétés modernes de canne à sucre est bien documentée, elles sont dérivées de quelques événements d&#39;hybridations interspécifiques réalisées il y a un siècle entre S. officinarum, espèce riche en sucre, (2n = 8x = 80 chromosomes) et l&rsquo;espèce sauvage S. spontaneum (2n = 5x = 40 à 16x = 128 chromosomes). Par contre, l&#39;origine et l&rsquo;histoire évolutive des espèces S. officinarum et S. spontaneum restent peu connues.</p><p>Nous proposons d&#39;étudier ces questions en exploitant la première séquence de référence du génome de canne à sucre que nous avons récemment produite (en cours de publication) et des données de re-séquençage NGS d&rsquo;accessions représentatives des espèces du genre Saccharum.</p><p>Les approches et outils bio-informatique classiques utilisés pour ce type de problématique sont en général adaptés aux diploïdes mais peu adaptés aux polyploïdes.</p><p>L&rsquo;objectif du stage sera donc de tester différentes approches bio-informatique pour exploiter les données NGS afin de permettre d&rsquo;inférer l&rsquo;origine des chromosomes de canne à sucre. Ces approches incluent notamment la sélection de SNP phylogénétiquement diagnostiques ou encore l&rsquo;identification d&rsquo;haplotypes diagnostiques au moyen d&rsquo;approches basées sur l&rsquo;analyse de Kmer. Il sera également important de pouvoir déterminer, au niveau des locus/sites étudiés, le nombre de copie d&rsquo;un SNP ou d&rsquo;un haplotypes par rapport au(x) versions alternatives. Ces approches nécessiteront le développement ou l&rsquo;adaptation de nouveaux outils bio-informatiques.</p><p>Ce stage sera réalisé dans le cadre du projet étendard GenomeHarvest&nbsp;(http://www.southgreen.fr/genomeharvest) financé par la fondation Agropolis et qui a pour objectif de fédérer des équipes de biomathématiciens/ bioinformaticiens (LIRMM/ISEM/CBGP) et généticiens/génomiciens (CIRAD/IRD/INRA pour développer de nouvelles méthodes d&rsquo;analyse des génomes complexes (hybride interspécifique/ polyploïde) à partir des nouvelles possibilités de séquençage NGS.</p><p><strong>Compétences souhaitées : </strong></p><ul><li>Unix,</li><li>Language de programmation (perl, python ou R),</li><li>Traitement de données NGS,</li><li>Génomique évolutive</li></ul><p><strong>Structure d&rsquo;accueil : </strong></p><p>Equipe Structure et Evolution des Génomes (SEG),</p><p>CIRAD UMR AGAP,</p><p>Avenue Agropolis, Montpellier.</p><p>https://umr-agap.cirad.fr/equipes-scientifiques/structure-et-evolution-… https://scholar.google.fr/citations?user=y8kgVSwAAAAJ&amp;hl=en</p><br/…;
Lieu: <p>Angélique D&#39;Hont<br />Equipe &quot;Structure et évolution des génomes&quot;<br />UMR AGAP CIRAD, Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement<br />Avenue Agropolis&nbsp;<br />34398 Montpellier cedex 5 FRANCE</p>