Développement d'interface Web pour le système d'information CATdb

Type de poste
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Localisation
Adresse

<p>IPS2 - Équipe Réseaux Génomiques Institut de Sciences des Plantes de Paris-Saclay (IPS2) (UMR1403 INRA-CNRS-UPSud-UP7-UEVE) bât. 630, rue Noetzlin, 91192 Gif-sur-Yvette Cedex &ndash; France</p>
Orsay - Plateau de Saclay
France

Contacts
Brunaud Véronique
Tamby Jean Philippe
Email du/des contacts
veronique.brunaud@inra.fr
jean-philippe.tamby@inra.fr
Description

<p><strong>Contexte&nbsp;: </strong>L&#39;Institut de Sciences des Plantes Paris-Saclay (IPS2) est une Unité Mixte de Recherche qui structure les activités de recherche, de formation et d&rsquo;innovation dans le domaine des Sciences du Végétal. Dan ce cadre, l&#39;équipe &laquo;&nbsp;Réseaux Génomiques&nbsp;&raquo; s&#39;implique dans le développement d&#39;outils bioinformatiques et méthodes statistiques adaptés aux données haut débit générées par la plate-forme transcriptomique. Afin de gérer les données générées par cette plate-forme, une base de données est accessible via une interface Web depuis 2007 (https://tools.ips2.u-psud.fr/CATdb, Gagnot et al. NAR 2008). CATdb permet ainsi de rassembler toutes les étapes d&#39;une expérience transcriptomique, du design expérimental aux analyses bioinfo/stats. De plus, ce système d&#39;information permet l&#39;exportation et les liens vers des bases de données internationales (GEO au NCBI).</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-right: -0.76cm; margin-bottom: 0cm; widows: 2; orphans: 2"><font face="Times New Roman, serif"><font face="DejaVu Sans, Arial, sans-serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Objectif du stage&nbsp;:</b></font></font><font face="DejaVu Sans, Arial, sans-serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"> </font></font><font face="DejaVu Sans, Arial, sans-serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Ce stage de 6 mois sera centré sur le développement d&#39;une nouvelle interface Web pour la partie publique de CATdb. L&#39;objectif sera d&#39;offrir aux scientifiques un outil de recherche simple mais robuste afin d&#39;extraire les nombreuses informations provenant de technologies différentes et d&#39;organismes variés. De nouvelles fonctionnalités permettront de filtrer les résultats par type d&#39;expérience, espèce, tissu ou gène. De plus, cette interface rendra plus visible les nouvelles données publiques provenant de la technologie RNA-Seq. CATdb contient aussi un module GEM2Net permettant une analyse globale des réponses au stress chez la plante Arabidopsis. Les capacités de recherche, qu&#39;offre ce module, devront être améliorées. </font></font></font></p><p><strong>Compétences&nbsp;souhaitées :</strong> Programmation d&#39;interfaces graphiques en Javascript, Python (Django) et/ou PHP5 et HTML5/CSS3 (niveau avancé). Langage de requêtes SQL. Connaissances en génomique/transcriptomique. Environnement de développement sous Linux.</p><p><strong>Encadrement&nbsp;:</strong> Le(la) stagiaire intégrera l&rsquo;équipe &lsquo;Réseaux Génomiques&rsquo; de l&rsquo;IPS2. Cette équipe, composée de 8 chercheurs et ingénieurs, regroupe des compétences en bio-informatique, bases de données, interface Web, statistiques et génomique.</p><br/>
Laboratoire: IPS2 - Institut des Sciences des Plantes de Paris-Saclay

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