Développements bioinformatiques en métagénomique

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

516, rue Pierre et Marie Curie
31670 Labège
France

Contacts
SERVANT Florence
Email du/des contacts
florence.servant@vaiomer.com
Description

Vaiomer est une entreprise de biotechnologies et CRO située à Labège (Toulouse), experte dans le domaine du microbiote tissulaire.
Grâce à son expertise, Vaiomer a découvert l'existence d'un microbiote tissulaire et utilisé ce nouveau concept pour identifier des biomarqueurs cliniques et des cibles pour les industries pharmaceutiques et agroalimentaires.
Nous avons notamment révélé la présence d'un microbiome sanguin très diversifié chez le sujet sain, et montré l'association entre modification de ce microbiome sanguin et plusieurs maladies cardiométaboliques, telles que l'obésité, le diabète de type 2 ou la fibrose du foie.
Chez l'homme et la souris, l'étude du microbiote tissulaire et de son interaction avec le système immunitaire permet également la validation et la découverte de nouveaux compléments alimentaires telle que prébiotiques et probiotiques
Pour étudier le lien entre ces maladies et les bactéries présentes dans les tissus, Vaiomer utilise entre autres des techniques de séquençage métagénomique haut débit (16S targeted Metagenomics) avec la technologie Illumina Miseq et de quantification de l'ADN bactérien par qPCR 16S.
  
Missions:
Dans le cadre de l'expansion des activités de la société, Vaiomer recherche un bioinformaticien. Le candidat sélectionné aura pour principale mission de prendre en charge les développements bioinformatiques des projets de métagénomique.Ces missions incluent le développement de pipelines bio-informatiques, l'accompagnement de la mise en place du système d'assurance qualité, l'interaction avec les scientifiques de l'entreprise et les fournisseurs de séquençage NGS, la réalisation des analyses bioinformatiques pour les clients et la veille scientifique et technologique.Le candidat sera notamment impliqué dans le développement d'interfaces graphiques web pour permettre aux biologistes d'utiliser les outils bioinformatiques, de visualiser puis de valider les résultats de façon autonome. 
Profil:
Le candidat devra être titulaire d'un Master en bioinformatique et avoir au moins 2 années d'expérience dans le développement d'outils bioinformatiques. D'excellentes connaissances appliquées sont requises en développement logiciel et web pour créer et interfacer des outils bioinformatiques, notamment avec une base de données et un système informatique de laboratoire.Des connaissances en analyse de données NGS, métagénomique, métabolomique et/ou en génomique seront appréciées. Le candidat devra avoir une excellente capacité à travailler en équipe, à communiquer, et faire preuve d'autonomie dans son travail. 
 
Compétences clefs recherchées:

  • Double compétence Biologie / Informatique
  • Compétences techniques :
    • maîtrise du développement objet en langage Python
    • développement d'interface web (Framework web type Django, Javascript)
    • Travail en ligne de commande sous GNU/Linux
  • Compétences générales :
    • gestion de projet et reporting
    • capacité à travailler en équipe dans un environnement pluridisciplinaire
    • anglais scientifique et technique

 Compétences additionnelles souhaitables:

  • Maîtrise d'un ORM (type SQLAlchemy)
  • Conception et modélisation logicielle objet (UML)
  • Analyse de données de métagénomique, métabolomique, génomique
  • Analyses statistiques de données

 
Pour postuler, merci de faire parvenir votre lettre de motivation et votre CV au responsable bioinformatique Florence Servant : florence.servant@vaiomer.com 

Lieu: 516, rue Pierre et Marie Curie 31670 LabègeFrance 

Laboratoire: Vaiomer