Etude et galaxyfication d’un pipeline de traitement de données en lipidomique

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Centre INRA Auvergne-Rhône-Alpes &ndash; site de Theix<br />63122 Saint-Genès Champanelle</p>
Theix
France

Contacts
Mélanie Pétéra
Email du/des contacts
melanie.petera@inra.fr
pfem-msm-ara@inra.fr
Description

<p><strong>Contexte :</strong></p><p>La Plateforme d&#39;Exploration du Métabolisme (PFEM) est une plateforme de spectrométrie de masse dédiée aux études de métabolisme. Sa composante métabolomique s&rsquo;inscrit au sein de l&#39;Unité de Nutrition Humaine (UNH) de l&rsquo;Institut National de la Recherche Agronomique (180 personnes dont une cinquantaine de chercheurs).</p><p>Les projets d&rsquo;analyses métabolomiques réalisées sur la PFEM peuvent porter sur différents types d&rsquo;échantillons qui sont analysés par spectrométrie de masse, afin de déterminer si celles-ci permettent de mettre en évidence des différences entre des groupes d&rsquo;intérêt définis par le protocole scientifique des projets. Cependant, le passage des données obtenues par les spectromètres de masses aux données exploitables pour des analyses statistiques est une étape cruciale pour laquelle le besoin d&rsquo;optimisation est encore à ce jour bien présent.</p><p>Dans le cadre d&rsquo;une collaboration France-Québec, la PFEM a à sa disposition un pipeline intégré recouvrant les différentes étapes de pré-traitement de données orientées lipidomique non-ciblée. L&rsquo;objectif principal sera d&rsquo;étudier cette suite d&rsquo;outils comparativement aux pratiques déjà présentes sur la plate-forme, et proposer une solution optimisée. Pour y parvenir, il est nécessaire de déconstruire la suite logicielle en question afin d&rsquo;en comprendre son organisation et déterminer avec précision son fonctionnement.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Objectif du stage :</strong></p><p>La mission consistera à évaluer le fonctionnement informatique du logiciel de traitement de données à disposition, et à en extraire les différentes étapes clefs. Dans ce cadre, le stagiaire sera amené à effectuer de la retro-ingénierie, à décomposer du code Perl, et potentiellement effectuer des ajustements sur les modules identifiés pour extraire des résultats intermédiaires entre différentes étapes. De plus, l&rsquo;étudiant devra échanger avec différents interlocuteurs, dont les profils peuvent être très divers (analystes, chimistes, bioinformaticien, informaticiens&hellip;).</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Environnement et contexte de travail :</strong></p><p>Le stage sera réalisé au sein de la PFEM. La plate-forme, certifiée ISO9001 et NF X50-900, constitue un des acteurs majeurs en France dans le domaine de la métabolomique. En particulier, elle est l&rsquo;un des 4 membres fondateurs de l&rsquo;infrastructure nationale d&#39;excellence METABOHUB créée en 2013. La PFEM rassemble une dizaine d&#39;appareils de spectrométrie de masse de différents types. Actuellement son fonctionnement est assuré par 10 titulaires dont six chimistes analystes, deux statisticiens, un bioinformaticien et un informaticien.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Compétences souhaitées :</strong></p><ul><li>Expérience en développement informatique avérée.</li><li>Pratique de linux.</li><li>Maîtrise du langage perl impératif.</li><li>Connaissances en génie logiciel (IDE, bonnes pratiques, forge logiciel, &hellip;).</li><li>Être motivé pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (Chimie, Masse, Informatique, traitement de données) et interagir avec différents acteurs lors du stage.</li><li>Rigueur, autonomie.</li></ul><p>&nbsp;</p><p><strong>Curriculum vitæ et lettre de motivation à adresser conjointement à&nbsp;:<br /><a href="mailto:melanie.petera%40inra.fr">melanie.petera@inra.fr</a&gt; et</strong> <strong><a href="mailto:pfem-msm-ara%40inra.fr">pfem-msm-ara@inra.fr</a></strong><br /><strong>Merci d&rsquo;indiquer en objet &laquo;&nbsp;[candidature stage] Etude et galaxyfication - lipidomique&nbsp;&raquo; </strong></p><br/>
Laboratoire: Plate-Forme d'Exploration du Métabolisme