Gènes d’ARN non-codant de génomes eucaryotes : Identification informatique et évolution

Parmi les surprises nées de la confrontation des données génomiques et expérimentales figure l’identification de nombreux gènes d’ARN non-codant (ARNnc). Les ARNnc participent à de nombreux processus fondamentaux comme la régulation de l’expression des gènes (transcription, stabilité des ARN messagers) et la régulation de la synthèse protéique. Cependant, les gènes d’ARNnc restent rarement annotés dans les génomes en raison de la faible conservation de leurs séquences : la fonction des ARNnc repose essentiellement sur leur structure. Dans un premier temps, j’ai travaillé à l’identification bioinformatique des petits ARNs nucléolaires (ARNsno) qui jouent un rôle fondamental dans la mise en place de ribosomes fonctionnels chez les eucaryotes. J’ai construit une plate-forme informatique, snoRMP, que j’ai utilisée pour identifier les ARNsno des génomes de Chlamydomonas reinhardtii, Drosophila melanogaster, Oryza sativa, Schizosaccharomyces pombe et Paramecium tetraurelia. J’ai également étudié l’évolution des duplex ARNsno :ARNr entre espèces phylogenétiquement éloignées. J’ai démontré que au moins 20% des positions des gène d’ARNr ont évolué sous la contrainte de leur interaction avec les ARNsno. Enfin, j’ai étudié cinq familles d’ARNnc dans le génome de P. tetraurelia, dont l’évolution résulte de trois duplications génomiques globales (WGD). J’ai sélectionné les segments paralogues d’ADN de séquences conservées et recherché ceux d’entre eux capables de coder un ARNnc de structure stable et évolutivement conservée.