Gestion et analyse de données de séquençage haut débit

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>IGBMC</p>
Strasbourg
France

Contacts
Celine Keime
Email du/des contacts
keime@igbmc.fr
Description

Contexte 

L’Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire et Cellulaire est une UMR CNRS-INSERM-Université de Strasbourg composée de 47 équipes de recherche (750 personnes) explorant diverses thématiques de recherche fondamentale en biologie moléculaire et cellulaire et appliquée dans le domaine de la santé.

Au sein de l’IGBMC, la plateforme biopuces et séquençage met à disposition ses ressources et son expertise tant aux équipes de l’Institut qu’à la communauté scientifique. Elle comprend actuellement 13 personnes (8 pour la partie expérimentale et 5 pour la partie bioinformatique-biostatistique). La personne recrutée rejoindra l’équipe en charge de l’analyse des données des projets de séquençage haut débit réalisés par la plateforme. Ces projets portent sur des thématiques diverses telles que la génomique fonctionnelle, le développement, les cellules souches ou la génétique humaine et les techniques utilisées sont principalement le ChIPseq, le RNAseq, le smallRNAseq et le reséquençage (exomes, régions ciblées).

 

Missions

En collaboration avec les équipes de recherche porteuses des projets et les bioinformaticiens de l’équipe, la personne recrutée travaillera sur le développement d’outils dédiés à l’analyse et à la gestion des données de séquençage à haut débit générées par la plateforme.

Plus précisément, la personne recrutée devra :

  • Poursuivre le développement d’une base de données et d’une interface web pour gérer les données générées par la plateforme.
  • Développer de nouvelles applications permettant l’analyse des données de séquençage haut débit générées par la plateforme.
  • Documenter et présenter les développements réalisés.

 

Profil

Diplôme requis : diplôme d’ingénieur ou master en informatique ou bioinformatique avec une forte composante informatique.

Compétences requises :

  • Maitrise de l’environnement unix et de la programmation shell
  • Très bonnes connaissances et expérience en programmation (JAVA, C ou C++)
  • Très bonne connaissance d’au moins un langage de script (Perl ou Python) et de PHP
  • Très bonnes connaissances en bases de données relationnelles et maitrise d’au moins un système de gestion de bases de données (MySQL ou PostgreSQL)
  • Connaissances théoriques de base en biologie et génomique, ainsi que des principales banques de données biologiques
  • Anglais oral et écrit
  • Expérience préalable ou connaissances dans le domaine de la bioinformatique pour le séquençage haut débit particulièrement appréciées.

 

Contrat

CDD de 18 mois à partir de novembre 2012 (date de début de contrat négociable).

Salaire : selon diplôme et expérience.

Localisation du poste : IGBMC, 1 rue Laurent Fries, Illkirch (à côté de Strasbourg).

 

Candidature

Pour postuler, merci d’envoyer un CV, une lettre de motivation et les coordonnées de deux référents à keime@igbmc.fr, en précisant «bioinformatician» dans le sujet. La procédure de recrutement est ouverte jusqu’à ce qu’un candidat soit retenu.

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Context

The Institute of Genetics and Molecular and Cellular Biology (IGBMC) is a research unit composed of 47 research teams (750 persons) and involving Inserm, CNRS and the University of Strasbourg.

The IGBMC Microarray and Sequencing platform is dedicated to provide resources and expertise in functional genomics to IGBMC and the research community. The present staff includes 13 persons (8 for the experimental part and 5 for bioinformatics/biostatistics). The successful candidate will join the team working on the analysis of sequencing data from the projects treated by the platform. These projects concern different subjects like functional genomics, development, stem cells or human genetics and the main techniques used are ChIPseq, RNAseq, smallRNAseq and resequencing (exomes or targeted regions).

 

Activities

In collaboration with the research teams leading the projects and the bioinformaticians from the platform, the successful candidate will work on the development of informatics tools dedicated to the management and analysis of the NGS data generated by the platform. More precisely, the successful candidate will:

  • Continue the development of a database and a web interface for the management of the data generated by the platform.
  • Develop new applications dedicated to the analysis of the data generated by the platform.
  • Document and present the developments achieved.

 

Required qualification and professional experience

Required qualification: Master in informatics or bioinformatics with a strong informatics component.

Required skills:

  • Advanced knowledge of Unix environment and shell programming
  • Advanced knowledge and experience in programming (JAVA, C or C++)
  • Advanced knowledge of a at least one script language (Perl or Python) and PHP
  • Advanced knowledge of relational databases (design, creation and maintenance) and knowledge of at least one database management system (MySQL or PostgreSQL)
  • Basic knowledge of biology and genomics and of the main biological databanks
  • English
  • Previous experience or knowledge on bioinformatics for NGS would be appreciated.

 

Contract

18 months fixed term contract, starting date (negotiable): November 1st 2012.

Salary: based on the French public research institution wages and adjusted according to the candidate degree and experience.

Work location: IGBMC, 1 rue Laurent Fries, Illkirch (near Strasbourg), France.

 

Submission procedure

Please provide a curriculum vitae, a letter of motivation and name (e-mail, phone number) of two referees to the following e-mail address: keime@igbmc.fr (please use the following subject: “bioinformatician”). The position will remain open until a suitable candidate has been found.