Identification de séquences nucléotidiques CRISPR/Cas9 permettant le ciblage spécifique de souches bactériennes ou de certains gènes bactériens

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

LYON
France

Contacts
Guillaume Launay
Christian Lesterlin
Email du/des contacts
guillaume.launay@ibcp.fr
christian.lesterlin@ibcp.fr
Description

<p><strong>CONTEXTE</strong></p><p>Le système CRISPR/Cas9 est en train de révolutionner la biologie. Isolé au départ de la bactérie <em>Streptococcus pyogenes</em>, le système a été modifié de manière à ce que la protéine Cas9 puisse réaliser une grande variété de fonctions dans la région d&rsquo;ADN ciblée spécifiquement par l&rsquo;élément CRISPR (cassure, étiquetage avec molécule fluorescente, blocage&hellip;). Les possibilités de cet outil sont quasiment infinies. Il nécessite un petit ARN guide (sgRNA) de 102 nucléotides (nt) reconnu par Cas9. Les 20 premiers nucléotides du sgRNA sont complémentaires du site ADN à cibler (fig. 1). Leur modification permet de &laquo;&nbsp;guider&nbsp;&raquo; la protéine Cas9 vers n&rsquo;importe quelle région du génome bactérien (fig. 1). Cependant, une contrainte absolue pour que le système fonctionne est que la séquence cible de 20 nt doit obligatoirement être suivie d&rsquo;un motif NGG appelé PAM.</p><p>&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nous voulons utiliser le système CRISPR/Cas9 pour introduire des cassures aux génomes des bactéries ciblés (fonction &lsquo;All genomes&rsquo;) ou sur des séquences spécifiques à certains gènes (fonction &lsquo;Specific gene&rsquo;). Pour cela nous avons développé le logiciel CSTB permettant d&rsquo;identifier les &lsquo;bonnes&rsquo; séquences CRISPR à utiliser, c&rsquo;est à dire celles qui seront présentes chez les bactéries que nous voulons cibler et absentes des autres bactéries.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>OBJECTIF DU PROJET</strong></p><p>Le but du projet et de faire évoluer et finaliser CSTB dans le but de le rendre accessible à une large communauté scientifique, en développant les fonctions suivantes:</p><p>- Améliorer l&#39;interface du client web et la présentation des résultats de la recherche (output)&nbsp;: en&nbsp; développant un rendu graphique des résultats (carte du/des génome(s) cible(s) avec position(s) des séquences identifiées).</p><p>- Ajouter des options de recherche&nbsp;: possibilité de changer le motif recherché et choix du nombre d&rsquo;occurrence de la séquence sur le génome cible.</p><p>- Enrichir le dialogue client-serveur&nbsp;: en permettant la soumission de nouveaux génomes (qui pourront être alors inclus dans la base de données).</p><p>- Travailler à la parrallélisation des calculs les plus couteux pour bénéficier de la puissance de calcul de notre cluster.</p><br/>
Lieu: <p><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; text-size-adjust: auto;">Mobi team, UMR5086 MMSB</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; text-size-adjust: auto;">7 impasse du Vercors</span><br style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; text-size-adjust: auto;" /><span style="caret-color: rgb(0, 0, 0); color: rgb(0, 0, 0); font-family: Helvetica; font-size: 12px; text-size-adjust: auto;">69367 Lyon</span></p>
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Laboratoire: Laboratoire MMSB