Ingénieur-e biologiste en analyse de données

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Bâtiment Lamarck B, 4ème-5ème étage<br />35 Rue Hélène Brion<br />75013 PARIS</p>
Paris 13ème
France

Contacts
Jonathan WEITZMAN
Valerie MEZGER
Costas BOUYIOUKOS
Email du/des contacts
jonathan.weitzman@univ-paris-diderot.fr
valerie.mezger@univ-paris-diderot.fr
costas.bouyioukos@univ-paris-diderot.fr
Description

<p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#62c4dd"><font face="Arial, serif"><font size="3" style="font-size: 12pt"><b>Mission</b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">L&rsquo;ingénieur-e de recherche créera et sera responsable d&rsquo;une plateforme de &ldquo;Bioinformatique et analyse de données&rdquo; sur l&rsquo;UMR7216. Il/elle sera en charge de la conception, du développement et de la diffusion des outils et méthodologies d&rsquo;analyse de données &ldquo;omiques&rdquo;. Parallèlement à un projet de recherche que le/la candidat-e pourra développer au sein de l&rsquo;unité, il/elle participera activement aux projets des équipes de l&rsquo;UMR en qualité de superviseur et de formateur, du traitement et de l&rsquo;analyse des données brutes, jusqu&rsquo;à l&rsquo;interprétation des résultats. </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#62c4dd"><font face="Arial, serif"><font size="3" style="font-size: 12pt"><b>Activités</b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Organiser le développement de la Plateforme bio-informatique/bio-analyse de l&rsquo;UMR.</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Assurer la veille scientifique et technologique dans le traitement des données &nbsp;&laquo;&nbsp;omiques&nbsp;&raquo;</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Former, conseiller et accompagner les membres de l&rsquo;unité dans leurs projets d&rsquo;analyse de données</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Superviser et accompagner les chercheur(e)s dans la mise en forme des résultats pour publication</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Structurer, optimiser et développer les outils (ex: cluster de calcul) et les scripts d&rsquo;analyse déjà en place dans l&rsquo;unité et assurer le suivi des interfaces accessibles aux collaborateurs</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Standardiser, structurer et assurer la qualité des méthodologies d&rsquo;analyses </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Concevoir, proposer de nouvelles approches d&rsquo;analyses et d&rsquo;interprétation des données</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Développer, si souhaité, une thématique propre en lien avec la stratégie scientifique de l&rsquo;UMR</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Mettre à disposition (ou aider à la mise à disposition) des outils développés et valoriser des outils, scripts et analyses réalisés</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- S&rsquo;impliquer dans la formation interne des utilisateurs, déjà mise en place au sein de l&rsquo;UMR&nbsp;: en particulier, pour définir un plan d&#39;étude et de recueil des données le mieux adapté au problème posé</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Diffuser et/ou participer à la valorisation des résultats sous forme de publications ou de présentations lors de séminaires internes ou externes</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#62c4dd"><font face="Arial, serif"><font size="3" style="font-size: 12pt"><b>Compétences </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><br /><font color="#00294b"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Savoirs : </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Connaissance des méthodes d&rsquo;analyse et du traitement des données &laquo;&nbsp;omiques&nbsp;&raquo; principalement issues de séquençage à haut débit</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Maîtrise des outils mathématiques et statistiques du traitement des données</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Maîtrise des langages de programmation : R, Python, Bash indispensable. </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Connaissance de base en sciences de la vie et en biologie moléculaire</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Expression et compréhension orale et écrite en anglais (niveau 2)</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00294b"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Savoirs faire : </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Maîtrise des outils requis pour l&rsquo;analyse de données à haut débit</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Capacité à évaluer et garantir la qualité et la pertinence des outils d&rsquo;analyse</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Mise à disposition / aide à la mise à disposition des outils développés </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Assurer le suivi, la mise à jour et la valorisation</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Capacité à communiquer dans des séminaires internes et externes, et les réunions du Groupe de Bioinformatique de l&rsquo;UMR</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%"><font color="#00294b"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Savoirs-être : </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.13in; text-indent: -0.13in; margin-bottom: 0.04in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><i>&shy;</i></font></font></font><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Savoir travailler et interagir avec des biologistes et des bio</font></font></font><font color="#00263d"><font face="Minion Pro SmBd, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">‐</font></font></font><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">informaticiens</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.13in; text-indent: -0.13in; margin-bottom: 0.04in; line-height: 100%"><font color="#00263d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">- Respecter et veiller au respect des bonnes pratiques en termes de sécurité des données (éventuellement exigence éthiques dans le cas de données personnelles/médicales associées)</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-left: 0.13in; text-indent: -0.13in; margin-bottom: 0.04in; line-height: 100%"><br />&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0.14in"><font color="#00b0f0"><font face="Arial, serif"><font size="3" style="font-size: 12pt">Contexte </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0.14in"><font color="#17365d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Situer ici le cadre de travail l&rsquo;environnement professionnel et les contraintes liées au poste&nbsp;: </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0.14in"><font color="#17365d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>Le cadre de travail&nbsp;</b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">De nombreux projets faisant appel au séquençage à haut débit sont actuellement réalisés au sein de l&rsquo;UMR et concernent des études génomiques et épigénomiques : </font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">ChIP</font></font></font><font color="#000000"><font size="2" style="font-size: 10pt">‐</font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Seq, RNA</font></font></font><font color="#000000"><font size="2" style="font-size: 10pt">‐</font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Seq, ATAC</font></font></font><font color="#000000"><font size="2" style="font-size: 10pt">‐</font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Seq, methylome et ribosome profiling. L&rsquo;UMR possède donc dans chaque équipe une expertise sur la production et l&rsquo;analyse de ces données. Une formation annuelle de base en interne, obligatoire pour tous les membres de l&rsquo;UMR, a été créée pour constituer un socle commun de connaissances en bioinformatique/statistiques (6 semaines, 2 heures/sem) et a débutée en janvier 2018. Elle procure les bases d&rsquo;un langage commun entre biologistes de formation et (bio)informaticiens. </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">L&rsquo;enjeu est d&rsquo;améliorer la qualité et l&rsquo;homogénéisation de procédures liées à la production, l&rsquo;organisation des données et des workflows d&rsquo;analyses bioinformatiques. Un local </font></font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><i>ad hoc</i></font></font></font><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"> est dédié aux analyses afin que l&rsquo;Ingénieur-e puisse interagir au mieux avec les membres des équipes chargés des projets, qui viennent y travailler, afin de superviser au mieux la qualité de leur travail et les guider dans leurs choix. </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Un autre enjeu est de mettre en place dans l&rsquo;UMR le développement de l&rsquo;intégration de différentes données &lsquo;omics&rsquo; du transcriptome au protéome en passant par l&rsquo;épigénome etc&hellip;</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">L&rsquo;agent recruté sera sous la responsabilité directe de la Direction, J. WEITZMAN et V. MEZGER. Dans le futur, le développement de la Plateforme sera aussi motivé par le rapprochement de l&rsquo;UMR7216 et de l&rsquo;Institut Jacques Monod dirigé par Michel WERNER, qui s&rsquo;articule autour de la mutualisation des Plateformes, dont celle de Bioinformatique. </font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font color="#000000"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Ce CDD pourrait conduire à une création de poste permanent.</font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">L&rsquo;UMR est localisée aux 4</font></font><sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">ème</font></font></sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"> et 5</font></font><sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">ème</font></font></sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"> étages du Bâtiment Lamarck B - 35 rue Hélène Brion &ndash; Paris 13</font></font><sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">e</font></font></sup><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">.</font></font></p><p class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0in; line-height: 100%; orphans: 0; widows: 0">&nbsp;</p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0.14in"><font color="#17365d"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt"><b>2) Les contraintes liées au poste&nbsp; </b></font></font></font></p><p align="justify" class="western" lang="fr-FR" style="margin-bottom: 0.14in; line-height: 100%"><font face="Arial, serif"><font size="2" style="font-size: 10pt">Il est possible que l&#39;ingénieur(e) soit amené à devoir se déplacer sur Paris pour assister à des séminaires, des formations, ou des interactions potentielles avec des collaborateurs. Ces déplacements n&#39;excédant pas la journée, seront à la charge de l&#39;unité si la personne recrutée ne dispose pas de titre de transport.</font></font></p>
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Laboratoire: Épigénétique et Destine Cellulaire, UMR7216