Ingénieur en développement de composants Galaxy pour la protéomique

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Jouy-en-Josas
France

Contacts
Yves Vandenbrouck
Christophe Caron
Email du/des contacts
yves.vandenbrouck@cea.fr
christophe.caron@inra.fr
Description

<p><strong>Contexte</strong></p><p>&nbsp;</p><p>Le projet &laquo;&nbsp;ProteoRE&nbsp;&raquo; est un partenariat entre deux infrastructures nationales, ProFI (Proteomics French Infrastructure, http://www.profiproteomics.fr) et l&rsquo;IFB (Institut Français de Bioinformatique&nbsp;; http://www.france-bioinformatique.fr) soutenu par l&rsquo;AAP IFB (http://www.france-bioinformatique.fr/fr/projets2015). Ce projet vise à concevoir et développer une plateforme de type Virtual Research Environment (VRE) pour les analyses en ligne des données de protéomique MS/MS à des fins d&rsquo;annotation et de visualisation. Cette plateforme sera mise à disposition de la communauté scientifique du domaine au travers de l&rsquo;environnement Galaxy (<a href="https://galaxyproject.org/">https://galaxyproject.org/</a&gt;). Les développements logiciels concerneront principalement:</p><ul><li>L&rsquo;intégration de composants sous Galaxy sur la base de méthodes et outils existants</li><li>Le développement de nouveaux composants autour notamment de l&rsquo;annotation des données issues d&rsquo;analyse protéomique</li></ul><p><strong>Missions</strong></p><p>De profil ingénieur, la personne recrutée aura à développer et intégrer des composants logiciels avec pour objectif de mettre en place un environnement de type VRE pour l&rsquo;interprétation de données de protéomique basé sur Galaxy. Il s&rsquo;attachera à intégrer des &laquo;&nbsp;briques&nbsp;&raquo; existantes, mais aussi à développer des composants pour la représentation graphique et l&rsquo;interopérabilité avec d&rsquo;autres ressources (base de données, site externes, etc.). Il prendra part à l&#39;ensemble des étapes du cycle de vie des outils développés et/ou intégrés : du recueil des besoins jusqu&#39;au déploiement.&nbsp; Il participera également à la formation des utilisateurs/collaborateurs, et sera amené à participer au maintien en condition opérationnelle de l&rsquo;infrastructure. Enfin il assurera le support et la maintenance des briques mis à disposition auprès des utilisateurs.</p><p>&nbsp;</p><p>L&rsquo;ingénieur sera amené à interagir fréquemment avec les différentes équipes du projet localisées sur Grenoble, Rennes et Paris&nbsp;; Financé par le CNRS, le poste sera localisé à Jouy-en-Josas (intégration à l&rsquo;équipe de la Plate-forme MIGALE, Laboratoire MAIAGE&nbsp;; <a href="http://migale.jouy.inra.fr/">http://migale.jouy.inra.fr/</a&gt;), des séjours réguliers à Grenoble (Laboratoire BGE, équipe EDyP, <a href="http://www.edyp.fr">http://www.edyp.fr</a&gt;) seront à prévoir pour les besoins du projet.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Compétences </strong></p><ul><li>Maîtrise d&rsquo;un langage de programmation (Python&hellip;)</li><li>Maîtrise du langage XML</li><li>Expérience de l&rsquo;environnement Galaxy</li><li>Connaissance des technologies Web (HTML 5, AJAX&hellip;)</li><li>Connaissance d&#39;environnements d&rsquo;outils de gestion de version (GIT&hellip;) et de développements intégrés (Eclipse&hellip;)</li><li>Connaissance SGBD relationnels (MySQL, PostgreSQL&hellip;) et pratique du langage de requête SQL</li><li>Notions des problématiques d&rsquo;interopérabilité et d&rsquo;intégration de données</li><li>Double compétence en biologie et informatique sera appréciée mais n&rsquo;est pas requise</li><li>Rigueur, culture gestion de projet et bonnes capacités relationnelles</li><li>Goût pour les approches orientées qualité.</li></ul><p>Envoyer CV + lettre de motivation à:</p><p>yves.vandenbrouck@cea.fr et christophe.caron@inra.fr</p><p>&nbsp;</p><br/>
Lieu: <pre>

Unité MaIAGE (Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l&#39;Environnement)
Plateforme MIGALE
INRA
78352 Jouy-en-Josas</pre>
<p>Des séjours réguliers à Grenoble (Laboratoire BGE, équipe EDyP, <a href="http://www.edyp.fr">http://www.edyp.fr</a&gt;) seront à prévoir pour les besoins du projet.</p>
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Laboratoire: MAIAGE (Jouy-en-Josas)