intégration d'outils phylogénétiques dans Galaxy

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>ANSES Ploufragan, Unité de Génétique Virale et Biosécurité<br />Fabrice Touzain<br /><br />rue des fusillés<br />22440 Ploufragan</p>
Ploufragan (Saint-Brieuc, 22)
France

Contacts
Fabrice Touzain
Edouard Hirchaud
Email du/des contacts
fabrice.touzain@anses.fr
edouard.hirchaud@anses.fr
Description

<p><font size="2"><strong>Sujet</strong>:<br />Création de wrappers d&#39;outils phylogénétiques pour Galaxy<br /><br /><strong>Contexte</strong>:<br />Des outils existent pour faire de la phylogénie et ont déjà été intégrés à Galaxy.<br />Néanmoins, l&#39;outil BEAST demande en entrée un fichier XML lui permettant de connaître les paramètres de lancement.<br />La génération de ce fichier n&#39;est à ce jour pas implémenté dans Galaxy.<br />De même, PhyML, bien qu&#39;acceptant du multifasta en entrée, engendrera un message d&#39;erreur si deux séquences<br />d&#39;un même fichier présentent les même dix premières lettres d&#39;identifiant.<br /><br /><strong>Travail</strong>:<br />L&#39;étudiant devra donc intégrer un ou des outils phylogéniques dans Galaxy (BEAST prioritairement, PhyML si le temps le permet).<br />Le travail incluera la compréhension du schéma dti de Beast, la création du code générant le fichier XML d&#39;entrée<br />à partir d&#39;un multifasta, la création et l&#39;intégration de l&quot;outil associé dans Galaxy et le test de cette application.<br />Il pourra en complément de ce travail, en fonction de sa curiosité, prendre part au traitement de données de séquençage haut débit<br />et/ou à l&#39;intégration d&#39;outils complémentaires de traitement de ces données dans Galaxy.<br />Ce travail sera valorisé par sa mise en production auprès des utilisateurs de l&#39;ANSES, voire par son ajout dans le toolshed.</font></p><br/>
Laboratoire: ANSES Ploufragan, Unité de Génétique Virale et Biosécurité