Intégration d'outils pour la métagénomique phytovirale dans Galaxy

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Domaine de la Grande Ferrade<br />71, avenue Edouard Bourlaux<br />CS 20032<br />33882 Villenave d&#39;Ornon Cedex<br />France</p>
Villenave d'Ornon
France

Contacts
Theil Sébastien
Thierry Candresse
Email du/des contacts
sebastien.theil@bordeaux.inra.fr
thierry.candresse@bordeaux.inra.fr
Description

<p><b><u>RESUME DU PROJET</u></b></p><p>En &nbsp;s&rsquo;appuyant &nbsp;sur &nbsp;de &nbsp;récents &nbsp;développements &nbsp;permettant &nbsp;la &nbsp;recherche &nbsp;de &nbsp;virus &nbsp;sans &nbsp;a &nbsp;priori &nbsp;par &nbsp;des approches couplées de séquençage de nouvelle génération et d&rsquo;analyse bioinformatique, le projet InViCeB se &nbsp;propose &nbsp;de &nbsp;réaliser &nbsp;un inventaire &nbsp;complet &nbsp;des &nbsp;virus &nbsp;et &nbsp;viroïdes &nbsp;présents &nbsp;dans &nbsp;une &nbsp;sélection &nbsp;des principaux clones (cépages et porte‐greffes) utilisés en Bordelais. Il permettra ainsi de disposer d&rsquo;un état des &nbsp;lieux &nbsp;approfondi, &nbsp;et &nbsp;d&rsquo;intégrer &nbsp;pour &nbsp;la &nbsp;première &nbsp;fois dans &nbsp;les &nbsp;réflexions &nbsp;et &nbsp;les &nbsp;analyses &nbsp;le &nbsp;véritable épigénome &nbsp;que &nbsp;constitue &nbsp;le &nbsp;cortège &nbsp;de &nbsp;virus &nbsp;et &nbsp;de &nbsp;viroïdes &nbsp;associés aux &nbsp;variétés &nbsp;et &nbsp;aux &nbsp;porte‐greffes &nbsp;de vigne.</p><p>L&#39;ingénieur sera rattaché(e) au groupe Etiologie de l&#39;équipe Virologie sous la direction de Thierry Candresse. Il/elle pourra s&#39;appuyer sur un bioinformaticien déjà en poste au sein de l&#39;équipe et travaillant sur la même thématique.&nbsp;</p><p><strong><u>DESCRIPTION DU POSTE</u></strong></p><p>D&#39;un point de vue bioinformatique, le projet nécessitera le traitement de données de séquençage NGS (Illumina) avec des outils déjà en place fonctionnant dans un environnement Linux et plus particulièrement sur des clusters de calcul, comme Avakas au mésocentre de Bordeaux ou les serveurs Genotoul de l&#39;INRA de Toulouse.</p><p>Le coeur des outils nécéssaires sont déjà dévelloppés et en place sur les serveurs mais la spécificité du projet pourra mener à des développements spécifiques pour le traitement des données et la visualisation des résultats. Les langages utilisés sont le Perl, le Python et quelques notions de C pour la compilation de certains programmes. Une instance Galaxy de test est disponible au sein du laboratoire à des fins de developpement.</p><p>Il s&#39;agira donc de finaliser le portage des outils existant dans les ToolShed Galaxy afin de les rendre accéssible à la communauté, de rédiger la documentation, d&#39;interagir avec les administrateurs des serveurs Galaxy du CBIB de Bordeaux et de Toulouse pour leur installation et les tests. Une formation à l&#39;utilisation des outils pourra aussi etre mise en place.</p><p><u>Compétences technique</u>&nbsp;: bash, cluster de calcul (SGE, PBS), Perl, Pyhton, Git. Des connaissances des outils bioinformatique pour le traitement des données NGS est indispensable.</p><p><u>Compétence organisationnelle</u>&nbsp;: autonomie, travail d&#39;équipe et échange, curiosité, esprit critique et d&#39;initiative.</p><p>Le poste est à pourvoir à partir de mai 2016.</p><p>Envoyer un CV + lettre de motivation par mail à sebastien.theil@bordeaux.inra.fr</p><p>&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: UMR 1332 Biologie du Fruit et Pathologie