Intégration statistique de multiples jeux de données d’une collection de souches de Enterococcus cecorum.

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>INRA Val de Loire</p><p>37380 NOUZILLY</p>
Nouzilly
France

Contacts
Hennequet-Antier Christelle
Email du/des contacts
christelle.hennequet-antier@inra.fr
Description

<p><strong>Contexte </strong></p><p>Ce stage s&#39;inscrit dans le cadre du projet de recherche CecoType qui vise à caractériser la diversité génétique et phénotypique d&#39;une collection ~100 isolats cliniques d&#39;<em>Enterococcus cecorum</em>. Ce projet regroupe différentes équipes de recherche Micalis (INRA Jouy-en-Josas), ISP et BOA (INRA Val de Loire). <em>Enterococcus cecorum</em> est une bactérie commensale du microbiote intestinal des oiseaux. Elle est aussi responsable d&rsquo;un nombre croissant d&rsquo;infections et de troubles squelettiques dans les élevages de poulet de chair. L&#39;émergence à l&rsquo;échelle mondiale des infections à E. cecorum appelle donc à une meilleure connaissance de sa pathogenèse.</p><p><strong>Objectifs du stage</strong></p><p>Le stage consistera en l&#39;étude statistique de plusieurs types de données recueillies sur une collection ~100 isolats cliniques d&#39;<em>Enterococcus cecorum</em> : informations environnementales, résistance aux antibiotiques, adhérence au collagène, formation de biofilms, sensibilité au sérum et composition génomique. Afin d&#39;explorer la diversité génétique et phénotypique des souches, des modèles statistiques, des méthodes exploratoires multidimensionnelles et d&#39;apprentissage seront mises en oeuvre par le stagiaire selon la nature des données et la problématique scientifique.</p><p>Les objectifs du stage sont :</p><ul><li>d&#39;établir une association potentielle entre le contenu génomique, la virulence et les caractéristiques phénotypiques ;</li><li>d&#39;identifier des isolats pathogènes à l&#39;aide de modèles prédictifs ;</li><li>d&#39;étudier la distribution spatiotemporelle des isolats et éventuellement d&rsquo;examiner l&#39;influence des conditions d&#39;élevage.</li></ul><p><strong>Profil recherché - Compétences</strong></p><ul><li>Formation initiale en Master2 en biostatistiques, statistiques, analyse de données, apprentissage statistique.</li><li>Bonne maîtrise du logiciel statistique R Dynamisme, autonomie, esprit d&rsquo;initiative</li><li>Aisance à communiquer avec des communautés à l&rsquo;interface du sujet de stage (biologie, bioinformatique...)</li></ul><br/>
Laboratoire: UMR Biologie des Oiseaux et Aviculture