M1 : Analyse de séquences liées au sexe dans des génomes de palmiers dioïques

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<div>UMR &laquo; Diversité, Adaptation et Développement des Plantes &raquo; (DIADE), équipe F2F</div><div>Centre IRD de Montpellier, 911 avenue Agropolis, 34394 Montpellier Cedex 5</div>
MONTPELLIER
France

Contacts
ORJUELA Julie
ABERLENC Frédérique
Email du/des contacts
julie.orjuela@ird.fr
frederique.aberlenc@ird.fr
Description

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<div><div>Analyse de séquences liées au sexe dans des génomes de palmiers dioïques</div><div>&nbsp;</div><div>L&#39;équipe F2F de l&rsquo;UMR DIADE s&#39;intéresse à l&rsquo;étude de l&#39;évolution de la détermination du sexe chez les plantes. Les palmiers sont à ce titre particulièrement intéressants puisque contrairement aux autres angiospermes qui portent majoritairement des fleurs hermaphrodites, cette famille présente une proportion importante d&rsquo;espèces à fleurs unisexuées (caractère monoïque, dioïque ou formes intermédiaires). Ainsi, la séparation des sexes aurait évolué à plusieurs reprises de façon indépendante au cours de l&rsquo;évolution de la famille des palmiers. Chez le palmier dattier, un système de chromosomes sexuels de type XY a été établi mais les systèmes chromosomiques associés à la dioécie chez les autres espèces restent à découvrir.</div><div>&nbsp;</div><div>Une méthode d&rsquo;identification de gènes liés au sexe a été développée par l&rsquo;équipe du LBBE qui a conçu des outils bioinformatiques dont le principe repose sur un modèle probabiliste permettant d&rsquo;analyser la répartition des allèles entre les mâles et les femelles. Cette répartition est obtenue à partir des données NGS issues d&rsquo;un croisement génétique (outil SEX-DETector) ou d&rsquo;une population (outil SD-POP). Parmi ces outils, SD-pop a été validé sur le système Phoenix dactylifera, mais son utilisation est à optimiser.</div><div>&nbsp;</div><div>L&rsquo;identification de nouveaux gènes liés au sexe et la comparaison des séquences X et Y permettra d&#39;éclaircir l&rsquo;évolution des chromosomes sexuels et de mieux comprendre la détermination du sexe chez les palmiers dioïques. Des données transcriptomiques de type RNAseq et provenant de la capture des régions codantes possiblement impliqués dans le déterminisme sexuel sont disponibles et pourront être exploitées à l&rsquo;aide du logiciel SD-pop. L&rsquo;analyse des séquences permettra d&rsquo;estimer le temps de la divergence et de l&rsquo;apparition de la séparation des sexes. Les outils testés dans le cadre de ce stage seront&nbsp; intégrés dans le gestionnaire de workflow TOGGLe développé au sein de la plateforme bioinformatique SouthGreen (www.toggle.southgreen.fr) dont l&rsquo;UMR DIADE est membre actif.</div><div>&nbsp;</div><div>OBJECTIFS DU STAGE</div><div>&nbsp;</div><div>&nbsp; &nbsp; &bull; L&rsquo;analyse de données issues de capture de régions d&#39;intérêt (démultiplexage, nettoyage des reads, mapping, appel des SNPs)</div><div>&nbsp; &nbsp; &bull; L&rsquo;alignement des reads issus du transcriptome contre les différentes références de palmiers disponibles et appel des variants de type SNP et Indels.</div><div>&nbsp; &nbsp; &bull; L&rsquo;identification des SNPs et des séquences liés au sexe grâce au logiciel SD-pop. L&rsquo;étudiant(e) participera à l&rsquo;évaluation et l&rsquo;amélioration de SD-pop en l&rsquo;appliquant à un jeu de données important.</div><div>&nbsp; &nbsp; &bull; Analyser la divergence des séquences liées au sexe intra et inter-espèces&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><div>MOYENS</div><div>Ce projet sera mené conjointement par l&rsquo;équipe F2F dans l&rsquo;UMR DIADE et le plateau bioinformatique de l&rsquo;IRD. L&rsquo;étudiant(e) bénéficiera des infrastructures de la plateforme de Bioinformatique &ldquo;Itrop&rdquo; de l&rsquo;IRD pour réaliser ses analyses. Il/elle interagira également, à Lyon, avec le LBBE &quot;Biométrie et Biologie Évolutive&quot;.</div><div>&nbsp;</div><div>INFORMATIONS GENERALES</div><div>&nbsp;</div><div>Profil recherché :&nbsp;</div><div>Master 1 en bioinformatique</div><div>Compétence en linux/perl/python souhaitée</div><div>Connaissances de base en biologie</div><div>&nbsp;</div><div>Unité : UMR &laquo; Diversité, Adaptation et Développement des Plantes &raquo; (DIADE), équipe F2F</div><div>Centre IRD de Montpellier, 911 avenue Agropolis, 34394 Montpellier Cedex 5</div><div>&nbsp;</div><div>Encadrants scientifiques :&nbsp;</div><div>Frédérique Aberlenc frederique.aberlenc@ird.fr, Ingénieur de Recherche</div><div>Julie Orjuela julie.orjuela@ird.fr, Ingénieur en Bioinformatique</div><div>&nbsp;</div><div>Collaboration :</div><div>Gabriel Marais et Jos Kafer, UMR CNRS 5558 &ndash; LBBE &quot;Biométrie et Biologie Évolutive&quot;, UCB Lyon</div><div>&nbsp;</div></div></div>
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Laboratoire: EquipeF2F (UMR DIADE-IRD)