M2 - Développement d'un outil de prédiction du potentiel de perturbation endocrinienne de composés chimiques

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Laboratoire GBA</p><p>Conservatoire National des Arts et Métiers</p><p>2 rue Conté</p><p>75003 Paris</p>
Paris
France

Contacts
Lagarde Nathalie
Montes Matthieu
Email du/des contacts
nathalie.lagarde@lecnam.net
matthieu.montes@cnam.fr
Description

<p>Contexte et objectif du stage</p><p>Les perturbateurs endocriniens sont des composés chimiques naturels ou synthétiques qui agissent, seuls ou au sein d&#39;un mélange de composés, en interférant avec tous les aspects de l&#39;action hormonale [1]. Ils sont suspectés d&#39;être impliqués dans un grand nombre de pathologies humaines (dysfonctionnements du système de reproduction, malformations congénitales, cancers du poumon et du sein, maladies cardio-pulmonaires, maladies neurologiques, obésité, diabète, &hellip;) et représentent un problème de santé publique majeur. Le mécanisme d&#39;action des perturbateurs endocriniens n&#39;a pas encore été totalement élucidé, cependant leurs interactions avec certaines protéines de la famille des récepteurs nucléaires a déjà été mise en évidence. La capacité à prédire le potentiel de perturbation endocrinienne des composés chimiques est cruciale à la fois pour limiter l&#39;exposition humaine à ce type de composés et mieux comprendre leurs mécanismes d&#39;action.</p><p>Le but du stage est de participer à la construction d&#39;un outil permettant d&#39;évaluer le caractère &laquo;&nbsp;perturbateur endocrinien&nbsp;&raquo; de composés chimiques, accessible librement et gratuitement en ligne. Pour cela, le stagiaire devra, dans un premier temps, évaluer les performances d&#39;outils existants (notamment Endocrine Disruptome[2] et OpenVirtualToxLab[3]) à l&#39;aide de données de criblage expérimental (ToxCast, Tox21, EDSP) et de la base de données construite au laboratoire sur les récepteurs nucléaires (NR-DBIND). Après cette première étape, différentes approches (docking protéine-ligand, modèles pharmacophoriques et modèles QSAR) pourront être mises en œuvre afin d&#39;identifier le protocole le plus performant et le plus adapté à la prédiction du potentiel de perturbation endocrinienne des composés.</p><p>Ce stage sera réalisé au sein du laboratoire GBA (Génomique, Bioinformatique et Applications, EA 4627, <a href="http://gba.cnam.fr/">http://gba.cnam.fr/</a&gt;) au Conservatoire National des Arts et Métiers, dans l&#39;équipe de <em>drug design</em> du Professeur Matthieu Montes. L&#39;équipe est spécialisée en bioinformatique structurale dans le développement, l&#39;évaluation et l&#39;optimisation de méthodes appliquées à la découverte de médicaments et mène différents campagnes d&#39;identification et d&#39;optimisation de candidats médicaments pour différentes cibles thérapeutiques.</p><p>&nbsp;</p><p>Profil souhaité</p><p>- Formation M2 en bioinformatique structurale</p><p>- De bonnes connaissances en docking et/ou modèles pharmacophoriques et/ou modèles QSAR seraient un plus</p><p>- Connaissances en programmation</p><p>&nbsp;</p><p>Références</p><p>[1] Zoeller RT et al., Endocrine-disrupting chemicals and public health protection: a statement of principles from The Endocrine Society. Endocrinology, 2012, 153(9):4097-4110.</p><p>[2] Kolšek K et al., Endocrine disruptome--an open source prediction tool for assessing endocrine disruption potential through nuclear receptor binding. J Chem Inf Model, 2014, 54(4):1254-1267.</p><p>[3] Vedani et al., OpenVirtualToxLab &mdash; A platform for generating and exchanging in silico toxicity data. Toxicology letters, 2015, 232, 519-532.</p><br/>
Laboratoire: Laboratoire GBA (EA4627)