M2 - Mise en place d’un pipeline d’analyse de gènes de résistance aux antibiotiques issus de données NGS

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>ANSES Ploufragan</p><p>rue des fusillés</p><p>22440 Ploufragan</p>
Ploufragan (Saint-Brieuc)
France

Contacts
Touzain Fabrice
Hirchaud Edouard
Email du/des contacts
fabrice.touzain@anses.fr
edouard.hirchaud@anses.fr
Description

<p><strong>Stage de Master 2 bioinformatique</strong> sous <strong>Linux</strong>. Mise en place d&rsquo;un pipeline d&rsquo;analyse de gènes de résistance aux antibiotiques issus de <strong>données NGS</strong> (Next Generation Sequencing).<br /><br />Mise en place d&rsquo;un pipeline bioinformatique au moyen d&rsquo;outils tels <strong>snakemake</strong>, <strong>conda</strong> dans le but d&rsquo;automatiser l&rsquo;<strong>analyse de données NGS</strong> en lien avec des <strong>gènes de résistances aux antibiotiques</strong> dans des <strong>génomes bactériens</strong>.<br />Cette démarche s&rsquo;inscrit dans le cadre de l&rsquo;automatisation d&rsquo;analyses régulières répétées et nombreuses.<br /><br />À la suite de cela, le stagiaire devra trouver les solutions pour intégrer son pipeline dans <strong>Galaxy</strong>, choisir les méthodes les plus adaptées (Docker, Singularity, &hellip;).<br /><br />L&rsquo;implémentation de ces outils apportera une pierre importante au fonctionnement de la plateforme bioinformatique.<br /><br />Le stage pourra se faire à partir de février ou mars 2019 pour une période approximative de <strong>6 mois</strong> (à discuter) dans l&rsquo;unité Génétique Virale et Biosécurité (plateforme de génomique) à l&rsquo;ANSES de Ploufragan (Saint-Brieuc). Le stagiaire intègrera une équipe de quatre bioinformaticiens.<br /><br />Les candidats peuvent envoyer CV et lettre de motivation à Fabrice Touzain (fabrice.touzain@anses.fr) et Edouard Hirchaud (edouard.hirchaud@anses.fr). Pour de plus amples informations, nous sommes joignables au 02 96 01 62 96 et 02 96 01 62 71.<br />&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: ANSES Ploufragan, Unité de Génétique Virale et Biosécurité, plateforme de génomique