M2 - Traitement et intégration de données multimodales d’imagerie haute résolution pour étudier la réponse immune à la vaccination dans des modèles de maladies infectieuses.

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

Fontenay-aux-Roses (Paris)
France

Contacts
Nicolas TCHITCHEK
Catherine CHAPON
Email du/des contacts
nicolas.tchitchek@cea.fr
catherine.chapon@cea.fr
Description

<p>Titre: Traitement et intégration de données multimodales d&rsquo;imagerie haute résolution pour étudier la réponse immune à la vaccination dans des modèles de maladies infectieuses.</p><p>Contexte: La connaissance des mécanismes moléculaires et cellulaires de la réponse immune à la vaccination est indispensable pour améliorer l&rsquo;efficacité des vaccins chez l&rsquo;homme. Le stage proposé s&rsquo;inscrit dans un projet dont l&rsquo;objectif est d&rsquo;évaluer par imagerie in vivo et ex vivo la localisation et les mécanismes du système immunitaire pour de nouveaux vaccins candidats. Ce projet interdisciplinaire s&rsquo;appuie sur l&rsquo;expertise de l&rsquo;unité en bioinformatique (immunologie des systèmes et biologie computationnelle) ainsi que sur le développement récent des technologies de microscopie (confocales ex vivo, de microscopie in vivo par imagerie biphotonique et d&rsquo;imagerie in vivo, corps entiers, par TEP-TDM).</p><p>Objectifs: Le stagiaire contribuera au développement d&rsquo;approches algorithmiques pour analyser les données obtenues par imagerie multimodale afin d&rsquo;étudier la distribution et dissémination du vaccin au niveau du corps entier. L&rsquo;objectif sera notamment de concevoir des méthodes permettant: (i) de transformer des données d&rsquo;imagerie en informations de comptage ; (ii) de comparer ces valeurs de comptage entre différents échantillons ou conditions biologiques ; et (iii) d&rsquo;intégrer ces valeurs de comptage avec d&rsquo;autres données biologiques. Ces données obtenues par imagerie devront aussi être intégrées et corrélées (notamment grâce à des graphes de co-expression) à des données générées pour la caractérisation des cellules isolées (cytométrie en flux et cytométrie de masse) ainsi que des données générées pour la caractérisation&nbsp;de modifications cellulaires et moléculaires induites par le vaccin (protéomique et transcirptomique). Ces travaux seront principalement axés sur l&rsquo;imagerie 3D et temps réel.</p><p>Impacts: Ces recherches permettront de disposer d&rsquo;algorithmes efficaces dédiés à l&rsquo;analyse (ex. caractérisation de la localisation et structure), la comparabilité et l&rsquo;intégration de données d&rsquo;imagerie. La mise en place de ces outils et algorithmes d&rsquo;analyse d&rsquo;images permettra d&rsquo;une part, d&rsquo;évaluer les interactions du candidat vaccin avec différentes populations de cellules immunes (tel que les lymphocytes, macrophages, les cellules dendritiques et/ou les polynucléaires interactions) et d&rsquo;autre part de quantifier la dynamique de recrutement de ces différentes populations cellulaires dans l&rsquo;organisme.</p><p>Méthodes: Ces travaux se baseront notamment sur des libraires bioinformatiques disponibles via les langages de programmation R et python. Des approches issues de la fouille de données et de l&rsquo;apprentissage statistique seront à développer. In fine, il s&rsquo;agira de proposer des approches mathématiques, statistiques et informatiques qui pourront être généralisées à l&rsquo;ensemble des données d&rsquo;imagerie collectées dans notre centre de recherche. Notre groupe a déjà développé plusieurs approches bioinformatiques pour l&rsquo;analyse de données biologiques de grandes dimensions, telles que SPADEVizR (https://github.com/tchitchek-lab/SPADEVizR), CytoCompare (https://github.com/tchitchek-lab/CytoCompare) et CytoBackBone (https://github.com/tchitchek-lab/CytoBackBone). Les travaux de ce stage s&rsquo;inscrivent dans ce contexte.</p><p>Laboratoire de Recherche: Le département IDMIT/IMVA est une unité de recherche mixte du CEA, de l&rsquo;Université Paris-Sud et de l&rsquo;Inserm. Les équipes de scientifiques sont localisées à la fois sur le site CEA de Fontenay-aux-Roses et à la Faculté de médecine de Bicêtre. Ses recherches ont essentiellement trait à l&rsquo;immunologie des maladies infectieuses et des pathologies auto-immunes. Ce département est également responsable d&rsquo;une infrastructure nationale dont l&rsquo;objectif est de fournir à la communauté scientifique des ressources pour la recherche préclinique sur les maladies infectieuses humaines et l&rsquo;évaluation des traitements et des vaccins. IDMIT est constitué de laboratoires de recherches et de plateformes technologiques (cytométrie en flux et de masse, immunomonitorage, expérimentation et bien-être animal, imagerie in vivo).</p><p>Encadrement: Ce stage sera réalisé en co-encadrement par les Drs Nicolas TCHITCHEK (Biologie des systèmes et biologie computationnelle) et Catherine CHAPON (Imagerie).</p><p>Environnement de Recherche: Le stagiaire bénéficiera d&rsquo;un environnement fortement interdisciplinaire pour concevoir et tester ses approches. De plus, il bénéficiera d&rsquo;une expertise solide en analyse de données biologiques, que nous avons développée dans l&rsquo;équipe au cours des dernières années. De nombreux jeux de données d&#39;imagerie sont disponibles dans l&rsquo;équipe et pourront servir dans le cadre du stage.</p><p>Compétences souhaitées : Étudiant de Master 2 en informatique ou bioinformatique. Bon niveau en programmation (R, Java ou Python). Sens de l&rsquo;organisation et du travail d&rsquo;équipe. Idéalement, le candidat sélectionné devra avoir de bonnes compétences dans le domaine de la programmation et de la bio-informatique, ainsi qu&rsquo;un gout prononcé pour les approches interdisciplinaires.</p><p>Modalités : Stage d&#39;une durée de 6 mois, début du stage entre janvier et avril 2019. Le stage se déroulera dans l&#39;unité &quot;Immunology of viral infections and autoimmune diseases&quot; (ImVA Unit) du Commissariat à l&#39;Energie Atomique de Fontenay-aux-Roses (limitrophe de Paris, http://fontenay-aux-roses.cea.fr/).</p><p>Contacts : Veuillez faire parvenir un curriculum vitae à Nicolas TCHITCHEK (nicolas.tchitchek@cea.fr) et Catherine CHAPON (catherine.chapon@cea.fr).</p><p>&nbsp;</p><p>&nbsp;</p><br/>
Lieu: <div>Research Unit &quot;Immunology of viral infections and autoimmune diseases&quot; (ImVA unit)</div><div>Infrastructure nationale pour la modélisation des maladies infectieuses humaines (IDMIT)&nbsp;</div><div>Commissariat à l&#39;Energie Atomique et aux Energies Alternatives</div><div>18 Route du Panorama,</div><div>92260 Fontenay-aux-Roses</div><div>&nbsp;</div>
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Laboratoire: Commissariat à l'Energie Atomique et aux Energies Alternatives - IDMIT - ImVA