M2 - UniMap: Développement du portail web d’annotation de données ChIP-seq et refonte du site de ReMap

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

Marseille
France

Contacts
BALLESTER Benoit
Email du/des contacts
benoit.ballester@inserm.fr
Description

<div class="page" title="Page 1"><div class="layoutArea"><div class="column"><h3><strong style="font-size: 1.3em;">Préambule:&nbsp;</strong></h3><p>Nos travaux sont axés sur l&#39;étude des régions non-codantes&nbsp;des génomes&nbsp;par exemple les régions régulatrices (<em>enhancers</em>) qui fixent des facteurs de transcription. Les techniques de séquençage&nbsp;à haut débit (NGS) ont permis depuis quelques années de découvrir ces régions régulatrices, et l&rsquo;importance des régions non-codantes autrefois appelés &laquo;&nbsp;<em>junk dna&nbsp;&raquo;</em>. Ces régions sont nombreuses dans le génome et l&rsquo;objectif global du stage est de mettre en place des outils pour permettre un meilleur accès à nos données (ReMap&nbsp;:&nbsp;<a href="http://remap.cisreg.eu/">http://remap.cisreg.eu/</a&gt;)</p><p><strong style="font-size: 1.3em;">Sujet du Stage:&nbsp;</strong></p><p>Je propose un stage de M2 qui s&rsquo;articule autour d&rsquo;un projet ambitieux de développent web&nbsp;:</p><ol><li>UniMap&nbsp;: Développer et finir le portail d&rsquo;annotation des données ChIP-seq nécessaire a ReMap.</li><li>ReMap&nbsp;: Mettre en place la refonte du site web et futurs sites associés.</li></ol><p><strong>Le premier&nbsp;projet</strong>, nous avons développé un portail web pour effectuer l&rsquo;annotation de données ChIP-seq nécessaire au projet de ReMap. La logique est similaire à l&rsquo;annotathon. L&rsquo;année dernière un étudiant M2 a entamé une partie de ce développement. Votre objectif ici est de finaliser ce projet de développement web ambitieux.</p><p><strong>Le deuxième projet</strong>&nbsp;(en fonction du temps) consiste à faire la refonte du site web de ReMap (<a href="http://remap.cisreg.eu/">http://remap.cisreg.eu/</a&gt;) et des sites web associés à venir. Pour cela nous voulons utiliser le framework Laravel, qui est un Framework en&nbsp;HTML, CSS et PHP.</p><p><strong>Reference&nbsp;ReMap:</strong></p><p>ReMap 2018: An updated regulatory regions atlas from an integrative analysis of DNA-binding ChIP-seq experiments. Cheneby J., Gheorghe M., Artufel M., Mathelier A., Ballester, B. Nucleic Acids Research, gkx1092, https://doi.org/10.1093/nar/gkx1092</p><p>Integrative analysis of public ChIP-seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape. Griffon, A., Barbier, Q., Dalino, J., van Helden, J., Spicuglia, S., Ballester, B. Nucleic Acids Research, Volume 43, Issue 4, 27 February 2015</p><h3><strong style="font-size: 1.3em;">Objectif:&nbsp;</strong></h3><p>Comme précisé dans le sujet, l&#39;objectif de ce projet est de développer un portail d&rsquo;annotation de données NGS dans le même style que l&rsquo;annotation. Si vous aimez le développement web, et els projet ambitieux, ce stage st pour vous.</p><p>Un cahier des charges complet, détaillant ces besoins sera fourni à l&rsquo;étudiant en début de stage.</p><p><strong>Ce stage est un stage de bioinformatique. Une bonne familiarité du ou de la stagiaire avec l&rsquo;environnement Unix/Linux, et à la programmation web est obligatoire.</strong></p><p>Ce stage permettra au stagiaire de se familiariser d&#39;une part avec la programmation dynamique pour le web (PHP, JavaScript, CSS) ainsi que d&#39;acquérir des connaissances sur les méthodes d&rsquo;analyse et de représentation des résultats sur R.</p><p>Le stagiaire aura également la possibilité de développer ses connaissances sur l&#39;analyse de données issues du séquençage à haut débit, notamment l&#39;alignement des &laquo;&nbsp;reads&nbsp;&raquo; et la recherche de sites de fixation de facteurs de transcription.</p><p><strong style="font-size: 1.3em;">Contact:&nbsp;</strong></p><p>Ce stage sera encadré par Benoit Ballester</p><p>Benoît Ballester, &nbsp;<a href="mailto:benoit.ballester@inserm.fr">benoit.ballester@inserm.fr</a></p><p… U1090, 163, Avenue de Luminy,&nbsp;</p><p>13288 MARSEILLE cedex 09. France</p><p>Bâtiment INSERM, bloc 5, Campus de Luminy</p><p>Tel:&nbsp;+33 (0)4 91 82 87 39</p></div></div></div><p>&nbsp;</p><br/>
Lieu: <div title="Page 1"><h3>TAGC INSERM U1090</h3><div>163 Avenue de Luminy&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><div>13288 MARSEILLE cedex 09. France</div><div>&nbsp;</div><div>Bâtiment INSERM, bloc 5, Campus de Luminy</div><div>&nbsp;</div><div>Contact:&nbsp;</div><div>&nbsp;</div><div>Benoît Ballester,&nbsp; benoit.ballester@inserm.fr</div><div>&nbsp;</div><div>Tel: +33 (0)4 91 82 87 39</div></div><p>&nbsp;</p>