spécialité bioinformatique et modélisation (M2)
Objectifs de la formation et son encadrement dans un Programme International de Master de l'UPMC
Les enjeux actuels de la biologie et de la médecine engendrent des besoins nouveaux à l'interface avec l'informatique et les mathématiques : analyse de données complexes, outils de modélisation approfondis. Ceci nécessite de former des jeunes scientifiques ayant une vaste culture pluridisciplinaire. Cette spécialisation s'appuie donc sur l'expérience de divers départements (mathématiques, science de la Vie et médecine) et centres de recherche de l'UPMC et de deux partenaires internationaux, qui font partie d'un accord de Programme International de Master en "bioinformatique, biomathématiques et modélisation" (BIMM) entre UPMC, Université Libre de Bruxelles (Belgique) et Université de Leeds (Angleterre) et coordonné par le département d'informatique.
Les aspects nouveaux de cette spécialité par rapport aux masters existant en France et à l'étranger : un programme de formation intégré à la biologie, mêlant algorithmique, combinatoire et statistiques pour la bioinformatique et modélisation mathématique ; des modules de recherche conçus pour mélanger les étudiants provenant de différentes disciplines ; des modules de mises à niveaux pour permettre l'acquisition des connaissances mais aussi d'un langage commun pour permettre des échanges ; des modules partagés par des enseignants de disciplines différentes. Cette collaboration dans un même module devrait enrichir la pédagogie "classique" disciplinaire et a pour but d'élargir l'esprit des étudiants.
Au sein de la spécialisation nous souhaitons préparer nos étudiants à la recherche et aux applications dans ce domaine d'interface en s'appuyant sur des bases solides en Informatique. Le but principal de la spécialisation est de préparer les étudiants au développement de nouvelles méthodes pour résoudre des problèmes des sciences du vivant. Il est donc essentiel qu'ils soient compétents dans leur domaine d'origine et qu'ils connaissent le langage et les problématiques des sciences biologiques et biomédicales. Le besoin de manipuler et d'analyser des larges quantités de données, demande que la formation des étudiants soit complémentée par des compétences en simulation numérique et en analyse statistique.
Les étudiants de la spécialité qui participeront au master international devront passer un semestre dans une université partenaire, à l'occasion du stage de M2 ou pour un semestre de cours. Certains cours de M2 seront assurés en anglais.
Débouchés professionnels
La spécialité BIM couvre des problématiques trés pratiques et actuelles, comme la génomique et la fouille de grande quantités de données biologiques, ce qui assure des debouchés professionnels de cette spécialité. Elle aborde aussi des domaines plus prospectifs faisant l'objet de recherches de pointe dans nos laboratoires. On vise à ce que nos étudiants fassent une thèse dans des nombreux centres hors université : INRIA, Genoscope-CEA, INRA, etc. D'autres étudiants iront vers des labos (biologie, écologie, biomécanique, médecine...) universitaires. Le nouveau laboratoire de "génomique des microorganismes" crée à l'UPMC accueillera des étudiants "ventuellement int"ressés à realiser une thèse expérimentale avec une partie d'analyse en silico et des étudiants interessés au d"veloppement de nouvelles méthodologies d'analyse de données en silico.
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Responsables: Alessandra Carbone, COGNET Jean Cognet (Master BMC)