Post doctorant : Développement de ressources génomiques sur les Jussies, plantes aquatiques invasives, Ludwigia grandiflora et Ludwigia peploides.

Type de poste
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Adresse

<p>Agrocampus Ouest, 65 rue de saint Brieuc - 35 042 Rennes Cedex</p>
RENNES
France

Contacts
BARLOY
Dominique
Email du/des contacts
dominique.barloy@agrocampus-ouest.fr
Description

<p><u>Contexte&nbsp;</u>:Notre équipe s&rsquo;intéresse à la jussie, espèce invasive aquatique, dont 2 espèces sont présentes en France, <em>Ludwigia grandiflora</em> (décaploide, 10x=80 chromosomes) et <em>Ludwigia peploides</em> (diploïde, 2x=16 chromosomes). Très répandues au niveau du réseau hydrique national, ces deux espèces aquatiques sont également capables d&rsquo;envahir les berges et les prairies humides.</p><p>Afin de comprendre l&rsquo;adaptation de la jussie au milieu terrestre, des approches génétiques et épigénétiques sont ou vont être développées sur <em>Ludwigia grandiflora</em>. Ne disposant pas de ressources génomiques chez ces 2 espèces, leurs développements sont indispensables pour mener à bien de telles études.&nbsp;</p><p>C&rsquo;est pourquoi, une analyse transcriptomique sur <em>L. grandiflora</em> est en cours <em>via</em> une stratégie &lsquo;gènes candidats&rsquo;. Par ailleurs, un RNA-Seq va être réalisé avec comme objectifs (1) de générer des données pour réaliser un transcriptome de référence de <em>L. grandiflora</em> et (2) une analyse d&rsquo;expression différentielle. Parallèlement à l&rsquo;obtention de données transcriptomiques sur <em>L. grandiflora</em>, il est envisagé de réaliser le séquençage de <em>L. peploides</em> <em>via</em> une approche combinant séquençage &lsquo;long reads&rsquo; (nanopore, &nbsp;<strong>MinION</strong>) et&nbsp; séquençage &lsquo;short reads&rsquo; (illumina). L&rsquo;ensemble des données collectées permettra la réalisation d&rsquo;un génome de référence pour <em>L. peploides</em> et un transcriptome de référence pour <em>L. grandiflora</em>. L&rsquo;obtention de ces ressources génomiques favorisera les études génétiques et épigénétiques de notre projet.</p><p><u>Description des missions</u></p><p>- Assurer l&rsquo;assemblage&nbsp;<em>de novo</em>&nbsp;à partir des reads produits par séquenceurs de nouvelle génération (NGS) issues des technologies MiSeq et HiSeq (Illumina)&nbsp;ainsi que MinION (Nanopore).</p><p>- Ëtre moteur pour proposer et mettre en œuvre des stratégies pour assembler et annoter des génome ou transcriptome des espèces non modèles, <em>L. grandiflora</em> et <em>L. peploides</em>.</p><p>- Collaborer à l&rsquo;établissement d&rsquo;un méthylome chez <em>L. grandiflora</em>.</p><p>- Participer à la rédaction de publications scientifiques dans des journaux de rang A.</p><p>- Présenter les résultats des analyses menées lors de conférences à l&rsquo;échelle nationale et internationale.</p><p>&nbsp;</p><p><u>Environnement et contexte de travail (lieu d&#39;exercice, conditions de travail particulières, contraintes) </u></p><p>- Poste à temps plein basé à Rennes au sein de l&rsquo;UMR Ecologie et Santé des Ecosystèmes (ESE). L&rsquo;agent recruté intégrera l&rsquo;équipe EPIX (Ecologie évolutive des perturbations liées aux invasions biologiques et aux xénobiotiques).</p><p>&nbsp;</p><p><u>Critère d&rsquo;éligibilité</u></p><p>Le candidat doit avoir passer un maximum de 18 mois en France lors des 3 dernières années à compter du 28 mai 2018 (à savoir entre le 28 mai 2015 et le 28 mai 2018).</p><p>&nbsp;</p><p><u>Profil du candidat recherché / Compétences</u></p><p>- Avoir un doctorat en bioinformatique, en biologie des systèmes, en informatique ou domaine similaire</p><p>- Etre capable d&rsquo;analyser des données de type NGS (Séquençage, RNA-Seq, &hellip;)</p><p>- Expérience solide en programmation avec des langages R et Python (ou similaire)</p><p>- Maitrise des différents outils informatiques (Ensembl, IPA, cMAP, mirBase,..) et des méthodes pour l&rsquo;analyse de données (Limma, GSEA)</p><p>- Solide expérience dans l&rsquo;analyse du génome et/ou du transcriptome</p><p>- Formation en statistiques</p><p>- Rigueur, aptitude à communiquer, goût du travail en équipe pluridisciplinaire</p><p>- Maitrise de l&rsquo;anglais</p><p>Des connaissances en assemblage et annotations des génomes polyploides ainsi qu&rsquo;en biologie seront appréciées.</p><p>&nbsp;</p><p><strong>Les candidatures doivent contenir les documents suivants :</strong></p><p style="margin-left:12.0pt;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Curriculum vitae</p><p style="margin-left:12.0pt;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Lettre de motivations mentionnant la description de l&#39;expérience passée et comment les projets du candidat sont en adéquation avec le poste proposé</p><p style="margin-left:12.0pt;">&middot;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp;&nbsp; Nom et coordonnées de 2 référents</p><p>&nbsp;</p><br/>
Laboratoire: Equipe EPIX - UMR 0985 Ecologie et Santé des Ecosystèmes (ESE)