Poste IE CNRS bio informatique ouvert à la mobilité à la station marine de Banyuls sur mer (FSEP)

Type de poste: 
Date de début: 
Je, 29/11/2018
Ville: 
Banyuls sur mer
Laboratoire: 
Biologie Intégrative des Organismes Marins UMR7232
Nom et prénom du contact: 
Hector
Nom et prénom du contact: 
Escriva
Email du contact: 
hescriva [at] obs-banyuls [dot] fr
Date de validité: 
01/04/2019
Description du poste: 

Contexte :

La station marine de Banyuls sur mer a obtenu un poste IE CNRS de bioinformatique ouvert à la mutation (FSEP, agent titulaire ou en CDI au CNRS). La personne recrutée participera activement aux projets de recherche développés dans le cadre de collaborations internationales auxquelles les différentes équipes de l’unité de Biologie Intégrative des Organismes Marins (BIOM) et la station marine de Banyuls sur mer sont impliquées. Ces projets incluent des consortiums de séquençage des génomes d’organismes étudiés dans le laboratoire (métazoaires, microorganismes marins), et des réseaux internationaux au sein desquels un grand nombre de métagénomes ont été produits tels que TARA Océans, ou le réseau de stations marines européennes EMBRC.

Outre la mise en œuvre des outils bioinformatiques nécessaires au stockage, au traitement et à l'analyse des données de séquençage haut débit (génomes, métagénomes, transcriptomes), issues des différents projets des équipes de BIOM et la station, l’ingénieur/e aura une position transversale et sera amenée à travailler en relation étroite avec l'ensemble des équipes de la station.

 

Description des missions :

L'ingénieur aura pour mission (1) la mise en œuvre des différents outils bioinformatiques nécessaires au stockage, au traitement, à la visualisation et à l’analyse des données de séquençage haut débit (transcriptomes, génomes et métagénomes) issues des projets de recherche en sciences du vivant, et (2) Il/elle aura également pour mission d'assurer la formation des biologistes aux outils mis en œuvre.

Description des activités :

- Mettre en place les procédures de recueil et de contrôle qualité des données issues du séquençage à très haut débit (RNA-seq, DNA-seq) - Annotation de génomes (viraux, bactériens et eucaryotes) - Analyses comparatives (identification des familles multigéniques, phylogénie) - Organiser l’installation et l’archivage des codes nécessaires à l’analyse des différents types de données - Assurer la maintenance des bases de données développées - Participer à l’analyse des données en collaborations avec les chercheurs - Participer à la formation des utilisateurs aux outils bioinformatiques disponibles

Description des compétences :

-Expertise en bioinformatique (analyses NGS, metabarcoding, assemblage, annotation, programmation R, méthodes de génomique comparative) - Connaissances solides en informatique (maîtrise d'un ou plusieurs langages de programmation) - Connaissances générales en biologie requises - Expérience nécessaire dans l'analyse de données issues des technologies à très haut débit (RNA-seq, DNA-seq) - Maîtrise de l'anglais scientifique et technique - Autonomie, rigueur, et ouverture d’esprit - Capacité de communication