Réalisation d’outils Galaxy pour l’analyse de données GCMS au sein de la Plateforme d’Exploration du Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand-Theix.

<p><strong><u>Sujet</u></strong>&nbsp;: <em>Réalisation d&rsquo;outils Galaxy pour l&rsquo;analyse de données GCMS au sein de la Plateforme d&rsquo;Exploration du Métabolisme de l&rsquo;INRA de Clermont Ferrand-Theix.</em></p><p><strong><u>Contexte&nbsp;</u></strong>: La <a href="https://www6.ara.inra.fr/plateforme_exploration_metabolisme">Plate-Forme &quot;Exploration du Métabolisme</a> est une infrastructure scientifique et technologique <a href="http://www.inra.fr/">INRA</a&gt; qui a pour objectif de mettre à disposition de la communauté scientifique publique et privée, les concepts, les méthodes et les outils consacrés à l&#39;étude du métabolisme. La composante métabolomique centre son travail sur l&rsquo;étude du &laquo; Métabolome &raquo; en utilisant des approches méthodologiques de spectrométrie de masse. Le traitement des signaux issus de ces analyses est centralisé sur un système de gestion de workflows bioinformatiques appelé Galaxy adapté à la métabolomique. Dans le cadre d&rsquo;une collaboration avec un laboratoire allemand (<a href="https://www.bihealth.org/en/research/core-facilities/metabolomics/">BIH…;, Berlin) et le <a href="http://www.laberca.org/equipement.php">LABERCA</a&gt;, l&rsquo;étudiant participera au développement d&rsquo;un workflow complet d&rsquo;analyse de données de spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse (GCMS) haute résolution.</p><p><strong><u>Activités pendant le stage :</u></strong></p><p>* Prise en main de la PF Galaxy et compréhension de son fonctionnement informatique,</p><p>* Veille technique des outils de traitement de données acquises en GCMS,</p><p><strong>* </strong>Intégration des outils sélectionnés sur notre PF Galaxy (scripts PERL ou R),</p><p>&nbsp;</p><p><strong><u>Compétences allant être acquises lors du stage :</u></strong></p><p>* Connaissance d&#39;un environnement pluridisciplinaire dans un laboratoire de recherche,</p><p>* Initiation aux environnements virtualisés,</p><p>* Connaissance de la plateforme informatique Galaxy (https://galaxyproject.org/)</p><p>* Maîtrise des outils de traitement couramment utilisés en métabolomique,</p><p>* Consolidation des compétences de programmation informatique et en génie logiciel,</p><p>&nbsp;</p><p><strong><u>Pré requis : </u></strong></p><p>* Posséder une double compétence en Biologie (Post Génomique) et en Informatique.</p><p>* Être motivé pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (Biologie, Chimie, Masse, Informatique) et interagir avec différents acteurs lors du stage.</p><p>* Maîtriser le travail sur ordinateur avec des applications spécifiques (installation, configuration, utilisation) sous environnement Windows / Linux.</p><p>* Connaissance d&#39;un langage de programmation (PERL, R).</p><p>* Savoir être rigoureux(se), organisé(e) et autonome.</p><p>&nbsp;</p><p><strong><u>Contacts : si vous êtes intéressé, envoyer moi votre candidature (CV + lettre de motivation et lettre de recommandation) par mail à :</u></strong></p><ul><li><strong>Franck Giacomoni</strong>, <a href="mailto:franck.giacomoni@inra.fr">franck.giacomoni@inra.fr</a&gt;, Tél&nbsp;: 04/73/62/47/72</li><li><strong>Estelle Pujos-Guillot &amp; Stéphanie Durand</strong></li></ul><p>&nbsp;</p><p>Biological computing &amp; Metabolomics, PlateForme &#39;Exploration du Métabolisme&#39; &ndash; UNH. INRA de Clermont Ferrand Theix.</p><p>&nbsp;</p><p>Réponse souhaitée avant le 24/11/2017 - Indiquer <em>[Stage M2 FLAME-GCMS]</em> dans le titre de votre email.</p><br/>
Laboratoire: INRA - UMR1019 Unité de Nutrition Humaine - Plateforme d'Exploration du Métabolisme