Réalisation d’outils Galaxy pour l’analyse de données GCMS au sein de la Plateforme d’Exploration du Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand-Theix.

Sujet : Réalisation d’outils Galaxy pour l’analyse de données GCMS au sein de la Plateforme d’Exploration du Métabolisme de l’INRA de Clermont Ferrand-Theix.

Contexte : La Plate-Forme "Exploration du Métabolisme est une infrastructure scientifique et technologique INRA qui a pour objectif de mettre à disposition de la communauté scientifique publique et privée, les concepts, les méthodes et les outils consacrés à l'étude du métabolisme. La composante métabolomique centre son travail sur l’étude du « Métabolome » en utilisant des approches méthodologiques de spectrométrie de masse. Le traitement des signaux issus de ces analyses est centralisé sur un système de gestion de workflows bioinformatiques appelé Galaxy adapté à la métabolomique. Dans le cadre d’une collaboration avec un laboratoire allemand (BIH, Berlin) et le LABERCA, l’étudiant participera au développement d’un workflow complet d’analyse de données de spectrométrie de masse couplée à la chromatographie gazeuse (GCMS) haute résolution.

Activités pendant le stage :

* Prise en main de la PF Galaxy et compréhension de son fonctionnement informatique,

* Veille technique des outils de traitement de données acquises en GCMS,

* Intégration des outils sélectionnés sur notre PF Galaxy (scripts PERL ou R),

Compétences allant être acquises lors du stage :

* Connaissance d'un environnement pluridisciplinaire dans un laboratoire de recherche,

* Initiation aux environnements virtualisés,

* Connaissance de la plateforme informatique Galaxy (https://galaxyproject.org/)

* Maîtrise des outils de traitement couramment utilisés en métabolomique,

* Consolidation des compétences de programmation informatique et en génie logiciel,

Pré requis :

* Posséder une double compétence en Biologie (Post Génomique) et en Informatique.

* Être motivé pour évoluer dans un environnement pluridisciplinaire (Biologie, Chimie, Masse, Informatique) et interagir avec différents acteurs lors du stage.

* Maîtriser le travail sur ordinateur avec des applications spécifiques (installation, configuration, utilisation) sous environnement Windows / Linux.

* Connaissance d'un langage de programmation (PERL, R).

* Savoir être rigoureux(se), organisé(e) et autonome.

Contacts : si vous êtes intéressé, envoyer moi votre candidature (CV + lettre de motivation et lettre de recommandation) par mail à :

• Franck Giacomoni, franck [dot] giacomoni [at] inra [dot] fr, Tél : 04/73/62/47/72
• Estelle Pujos-Guillot & Stéphanie Durand

Biological computing & Metabolomics, PlateForme 'Exploration du Métabolisme' – UNH. INRA de Clermont Ferrand Theix.

Réponse souhaitée avant le 24/11/2017 - Indiquer [Stage M2 FLAME-GCMS] dans le titre de votre email.