| Titre | Rôle des transferts horizontaux dans l'évolution de pathogénicité de Mycobacterium tuberculosis |
| Type de publication | Thèse |
| Nouvelles publications | 2008 |
| Auteurs | Becq, Jennifer |
| Directeurs | Deschavanne, Patrick |
| Rapporteurs | ROCHA, Eduardo, FORTERRE Patrick |
| Examinateurs | Denamur, Erick, Etchebest Catherine, Dessen Philippe, Gribaldo Simonetta, Neyrolles Olivier |
| Université et/ou école doctorale | Université Paris 7 |
| Diplôme | Doctorat |
| Résumé | Les méthodes paramétriques de détection de transferts horizontaux – basées sur les caractéristiques compositionnelles des génomes – conduisent souvent à des résultats différents. À l’aide de génomes artificiels homogènes combinés pour créer un panel de transferts horizontaux, nous avons pu tester les méthodes de détection selon les caractéristiques de ces transferts. Elles présentent une grande variété d’efficacité pour des fragments de petite taille ou d’origine phylogénétiquement proche. En conclusion, nous montrons qu’il est nécessaire d’appliquer une combinaison de méthodes correctement choisies en fonction des caractéristiques du génome étudié. Un consensus majoritaire sur trois méthodes (GC%, usage de codons et signature génomique) a été appliqué pour rechercher les transferts horizontaux dans des génomes du complexe M. tuberculosis, c’est-à-dire l’ensemble des espèces responsables de la tuberculose chez les mammifères. Quarante-huit régions chromosomiques ont été décrites, présentant des caractéristiques d’îlots génomiques. L’analyse comparative des génomes a montré que ces régions ont été transférées au cours de l’émergence du bacille tuberculeux et qu’elles sont toujours en cours d’amélioration. Aussi, nos résultats suggèrent que l’ancêtre du bacille de la tuberculose était une bactérie environnementale qui aurait échangé du matériel génomique avec des bactéries du sol et des bactéries pathogènes de l’Homme |