Title Date de début Date de fin Pays Ville Description Site web
JOBIM 2021 04-05-2021 07-05-2021 France Paris JOBIM 2021 aura lieu à Paris, à l'Institut Pasteur. Attention aux dates exceptionnelles en mai !
JOBIM 2020 30-06-2020 03-07-2020 France Montpellier Pour fêter leur 20ème anniversaire, les Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique reviennent à Montpellier (ville d'acceuil de la première édition en 2000) https://jobim2020.sciencesconf.org/
ICTE 2020 - International Congress on Transposable Elements 25-04-2020 28-04-2020 France Saint Malo

The French community of scientists interested in transposable elements (CNRS-Mobil-ET) and the French Society of Genetics (SFG) are happy to announce the 4th International Congress on Transposable Elements (ICTE 2020).  

The congress will be held on April 25-28, 2020 in St Malo (France) at the “Palais du Grand Large”. St Malo is a beautiful and well-preserved corsair city surrounded by a city wall from the XIIth century on the Channel coast. It is ~3h distant from Paris by train and 50 km from Mont St Michel.

Registration & information: https://icte2020.sciencesconf.org

Follow us on Twitter: #icte2020
Deadline for abstract submission: March 4, 2020.

Transposable (or mobile) genetic elements play a crucial role in the living world and are present in all domains of life. These jumping genes, originally thought to be a genetic curiosity, are now proving to be ubiquitous and immensely important. They have a profound influence on the structure and function of the genomes in all organisms they occupy. Discovered by Barbara McClintock (Nobel Prize of Medicine in 1983), transposable elements are central to all biological processes, with considerable implications in medicine and agriculture. Transposon research covers a broad spectrum of organisms and a large variety of biological processes and methodologies. The goal of ICTE 2020 is to provide a multidisciplinary forum for scientists from diverse fields such as biochemistry, structural biology, ecology, genomics, bioinformatics, plant biology, microbiology, neurobiology, aging research, or oncology. As previous editions of this congress, we hope that it will be a fertile ground to foster unconventional interactions and novel cross-disciplinary collaborations.

The sessions will present the latest findings in the field and encourage stimulating discussions on the following topics:
1) Transposable elements in genome evolution and adaptation
2) Transposable element control and epigenetics
3) Transposition mechanisms and applications
4) Transposable elements in health and diseases

Please help us to spread the word by forwarding to colleagues and trainees with an interest on this topic. We hope to see many of you at the meeting!
Join us in Saint Malo !

EBI-W4M training: Introduction to Metabolomics Analysis 30-03-2020 02-04-2020 Royaume-Uni Cambridge

EBI-W4M training: Introduction to Metabolomics Analysis

This course will provide an introduction to metabolomics data analysis. It will focus on Liquid Chromatography – Mass Spectrometry techniques and will encompass a combination of lectures and practical sessions covering principles of experimental design, data standards and analysis. Participants will learn about data sharing of metabolomics data with the EMBL-EBI’s MetaboLights repository.


Practicals will explore each stage of data analysis using training datasets and use freely-available metabolomics tools accessed through the Workflow4Metabolomics platform. The content will allow participants to create their own open-source analysis workflows to process LC-MS data based on the examples used during the course.


This course is aimed at scientists new to the field of metabolomics who want to gain insights into the data analysis process. The course assumes little prior knowledge of using bioinformatics tools and the workflow platform covered will allow a wide-range of backgrounds to access the practical content. Ideal applicants will be those wanting to include metabolite profiling in their current research, either as they move into the field or in addition to other -omics data work they are currently engaged in.

Date: Monday 30 March - Thursday 2 April 2020

Venue: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) - Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge,  CB10 1SD, United Kingdom

Application opens: Monday 23 September 2019

Application deadline: Friday 29 November 2019

Participation: Open application with selection / * * * Infos & Registration * * *

ContactMeredith Willmott Franck Giacomoni

Registration fee: £650 - Including meals and accommodation

W4E 2020 - Workflow4Metabolomics training course 03-02-2020 07-02-2020 Belgique Bruxelles

Analysez vos données avec Galaxy et l'infrastructure Workflow4metabolomics !

La prochaine session Workflow4Experimenters (W4E2020) aura lieu à Bruxelles - Belgique (du 3 au 7 février 2020). Pendant cette semaine de formation, (dispensée en Anglais), vous apprendrez à utiliser l’infrastructure W4M et analyserez vos propres données (LC-MS, GC-MS, ou RMN).

Les méthodes et outils seront présentés pendant les sessions du matin. Un tutorat sera organisé pendant les sessions de l’après-midi.


Conférences invitées : Dr S. Marr (Leibniz Institute of Plant Biochemistry, Allemagne), Dr R. Weber (Phenome Centre Birmingham, Grande Bretagne), Dr N. Poupin (Unité Toxalim, INRA Toulouse, France)


Comité scientifique: C. Delporte et P. Van Antwerpen (Université libre de Bruxelles),P. De Tullio (Université de Liège), B. Govaerts (Université Catholique de Louvain), Y. Guitton, J. Saint Vanne (Laberca, Nantes), C. Dalle, M. Pétéra, F Giacomoni (PFEM INRA, Clermont-Ferrand), G. Le Corguillé, (Abims, Roscoff), B. Diémé (PFEM Université Clermont Auvergne), F. Souard (Université de Grenoble), C. Canlet, J.F. Martin, M. Tremblay-Franco (Toxalim INRA, Toulouse)

Programme et pre-inscriptions :  https://workflow4metabolomics.org/w4e2020 (Date limite de pré-inscription 03/11/2019)

Plus d’informations : contact@workflow4metabolomics.org

SMPGD'20 - Statistical Methods for Post Genomic data 23-01-2020 24-01-2020 France Paris

The 2020 edition of the Statistical Methods for Post Genomic data (SMPGD) workshop will take place at Institut Pasteur in Paris on 23-24 January. The workshop aim is to present works from mathematical to applied statistics, but also new areas in high throughput biology that could need new statistical developments.




The 2020 edition is organized by the Bioinformatics and Biostatistics Hub (Institut Pasteur) and the main topics are: Evolution of inter-species interactions, Machine learning algorithms for computational biology, and Evolution and epidemiology.


The workshop will feature 4 keynote speakers:


 * Simona Cocco (Ecole des Neurosciences Paris Ile de France, Paris, http://www.paris-neuroscience.fr/en/chercheurs-non-enp/simona-cocco )

 * Julia Gog (University of Cambridge, Cambridge, UK http://www.damtp.cam.ac.uk/people/j.r.gog/ )

 * Louis Lambrechts (Institut Pasteur, Paris https://research.pasteur.fr/en/team/insect-virus-interactions/ )

* Laurent Jacob (CNRS, LBBE, Université Lyon 1, Lyon https://lbbe.univ-lyon1.fr/-Jacob-Laurent-.html )


Attendance is free, but registration is mandatory on the conference website. Registration deadline is January 7, 2020.


Submissions for posters and short talks are open and will close on November 15, 2019 at 23:59 pm. Abstracts selected for a short talk will be announced on December 15, 2019.


Journées seqBIM 16-12-2019 17-12-2019 France Marne-la-vallée

Nous avons le plaisir de vous annoncer l'organisation des journées SeqBIM 2019 à Marne-la-Vallée les 16 et 17 décembre prochains.

SeqBIM (anciennement sous le nom seqBio) constitue les journées annuelles du groupe de travail seqBIM, commun au GDR BIM (bioinformatique moléculaire) et au GDR IM (informatique mathématique). Elles portent notamment sur la combinatoire et l'algorithmique du texte ainsi que leurs applications à la bioinformatique. Cette réunion s'adresse aux chercheurs en informatique, statistiques, bioinformatique et biologie qui travaillent sur les séquences, vues comme objet combinatoire ou comme objet biologique.

Vous pouvez d'ors-et-déjà soumettre un résumé simple (1 page maximum) ou étendu (5 pages maximum). La soumission se fait via le site Easychair : https://easychair.org/conferences/?conf=seqbim2019

La date limite de soumission est le 7 novembre 2019. Plus d'informations sur le site des journées : http://seqbim.cnrs.fr/seqbim-2019/

Nouveauté cette année : indépendamment des travaux présentés, une session sera dédiée aux jeunes chercheuses et chercheurs, pour leur permettre de présenter succinctement (en quelques minutes) leurs projets de recherche, et de se faire connaître de la communauté. Il n’est pas nécessaire de soumettre un résumé pour participer à cette session.

L'inscription est gratuite mais *obligatoire* et se fait directement sur le site de l'événement jusqu'au 21 novembre : http://seqbim.cnrs.fr/seqbim-2019/inscription-seqbim-2019/


Chromosome conformation symposium 04-12-2019 05-12-2019 France Toulouse

A workshop on Hi-C data will be held at Mathematics Institute of Toulouse, amphi Schwartz, from the 4th (pm) to the 5th (am) December 2019. This workshop aims at bringing together statisticians, bioinformaticians and biologists interested by the topic of chromatine comformation and Hi-C data. The following speakers have already confirmed their participation:

- Frédéric Bantignies (IGH, Montpellier, France)
- Nicolas Servant (Institut Curie, Paris, France)
- Marco Di Stefano (CNAG-CRG, Barcelona, Spain)

Titles and abstracts are coming soon, as well as a detailed program. If you want to propose a communication for this symposium, please, contact us by email at chrocotalk@clementine.wf with a title and short summary. Also feel free to contact us if you want more information on the symposium.

Registration is free but mandatory at: https://lime.nathalievilla.org/index.php/925886

This symposium is supported by the CNRS and IMABS (https://www6.inra.fr/imabs)

Stay tuned at: http://www.nathalievialaneix.eu/hic_days/ or on IMABS website (information coming soon)!

CSBIO 2019 - 10th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics 04-12-2019 07-12-2019 France Nice
CSBIO 2019
10th International Conference on Computational Systems-Biology and Bioinformatics

With the advancement in next-generation molecular technology in generating the high-throughput "omics" data, life science has come to the era of "big data". To extract biological knowledge from the data and translate it into benefits for society (e.g. better medicine and healthcare), novel and advanced computational tools are needed for data analysis.

The call for paper targets contribution in the field of computational approaches designed to face the challenges aroused by biological systems. It aims at giving an overview of the cutting-edge methods and tools to address biological systems.

CSBio 2019 would like to invite researchers and industrial counterparts to meet at this event to exchange ideas and stimulate research collaborations.



Topics of interest include, but are not limited to:

- Adaptive computation in bioinformatics
- Bio-data visualization
- Bio-inspired computing
- Biological network reconstruction and analysis
- Biomarker discovery
- Disease classification
- DNA, RNA and protein sequence analysis
- Drug discovery and validation
- Epigenetics/epigenomics
- Formal validation of biological systems
- Functional genomics
- Gene expression analysis
- Medical and biomedical informatics
- Modeling and simulation of biological processes, pathways, etc.
- Molecular evolution and phylogeny
- Next-generation sequencing
- Parallel and distributed computing for life science
- Population genetics
- Proteomics & other omics
- Protein folding
- Translational bioinformatics
2d édition de la formation metabarcoding ABiMS IFREMER⁩ Migale 02-12-2019 06-12-2019 France Roscoff

Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une nouvelle session de formation à l'analyse de données metabarcoding en décembre prochain.

Celle-ci vous proposera :

une formation complète à l'outil FROGS sous Galaxy
un tutoriel sur l'utilisation de DADA2
l'intervention de plusieurs experts du domaine avec exposés thématiques
le tout sur 5j, du 2 au 6 décembre prochain
Cette semaine thématique est co-organisée entre l’équipe bioinformatique de l’IFREMER , la plateforme Migale de Jouy en Josas et la plate-forme ABiMS de la Station Biologique de Roscoff, qui accueillera la formation.

Retrouver les détails du programme ici :


Si cette formation vous intéresse, merci de bien vouloir compléter le formulaire d'inscription (cf lien ci-dessus).

Patrick Durand - Laure Quintric - Erwan Corre

AdvCompBio 2019 28-11-2019 29-11-2019 Espagne Barcelone The first Advances in Computational Biology conference will bring together researchers working on systems biology, omics technologies, artificial intelligence and high-performance computing with applications to biology. The conference is open to everyone to attend, but all the speakers will be women, providing an excellent opportunity to share ideas and build research networks. You are invited to register to attend https://www.iscb.org/advcompbio2019-registration and to submit an abstract for consideration for oral or poster presentations, please see more details here: https://www.iscb.org/advcompbio2019-call-submissions. Topics included: 1. Learning from Biological Sequences: population genomics, evolutionary genomics, systems biology, transcriptomics, sequence analysis 2. When Computational Biology meets Medicine: biomedical applications, mutational landscapes, clinical genomics 3. Machines Speeding up Research: high performance computing, machine learning in the life sciences, imaging data analysis, dynamic simulations and algorithm development The keynote speakers of the conference are: Christine Orengo, group leader of Orengo Group at University College London, Natasa Przulj, group leader of the Life Sciences - Integrative Computational Network Biology at the Barcelona Supercomputing Center and Marie-Christine Sawley, director of the Exascale Lab at Intel. Furthermore the participants will have the opportunity to interact personally in round-table informal meetings with females leaders in the fields of IT, academia research and politics that support the conference. Confirmed discussion leads: https://www.iscb.org/advcompbio2019-other-activities. https://www.iscb.org/advcompbio2019
Health Data Challenge: Matrix factorization and deconvolution methods to quantify tumor heterogeneity in cancer research 25-11-2019 29-11-2019 France Aussois Dear all, Registration is now open for the Health data challenge (2nd edition): "Matrix factorization and deconvolution methods to quantify tumor heterogeneity in cancer », which will take place form November 25, 2019, to November 29, 2019, in Aussois (French Alps): This challenge will be dedicated to the quantification of intra-tumor heterogeneity using appropriate statistical methods on (DNA) methylome and transcriptomic data in cancer. In particular, it will focus on estimating cell types and proportion in biological samples (in vivo and in silico mixtures) for which transcriptome and/or methylome profiles have been generated. The goal is to explore various statistical methods for source separation/deconvolution analysis (Non-negative Matrix Factorization, Surrogate Variable Analysis, Principal component Analysis, Latent Factor Models, …). Participants will be made aware of several pitfalls when analyzing omics data (large datasets, missing data, different type of technologies/omics…). This challenge will also be a unique opportunity to compare the performance of deconvolution methods between transcriptome and methylome data, which might have a great impact on clinical practice. Please find further information here (detailed program, registration, location...) https://tinyurl.com/hadaca2019
Formation NGS & Cancer : Analyses épigénomiques 20-11-2019 22-11-2019 France Paris

Formation de 3 jours ouverte aux chercheurs académiques, franciliens, impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Nombre de place limité !
INSCRIPTIONS JUSQU'AU 08/07/2019, midi

Cette formation en salle équipée a pour objectif de vous permettre d'apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R. Cette session est dédiée aux analyses épigénomiques : peak calling, marques d'histone, atac-seq, single-cell épigénomique. Les analyses de données DNA-Seq ou RNA-seq feront l'objet de formations ultérieures.

Au programme :

  • Contrôle qualité des données, alignement, pré-processing, visualisation sous IGV
  • Peak calling et analyse fonctionnelle
  • Analyse de données de marques d'histones
  • Analyses ATAC-seq
  • Ouverture aux approches single-cell épigénomiques
  • Annotation et ressources accessibles
  • Manipulation de données sous R, R Studio, Galaxy

La formation est encadrée par 5 formateurs, de manière à permettre à chaque participant d’échanger avec eux pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Attention, des prérequis en R sont demandés : connaissance de R et R Studio.
Une première partie du cours, théorique, sera a suivre de manière autonome avant la formation de manière à optimiser les 3 jours de formation pratique.


Les frais d'inscription et de déjeuner sont pris en charge par le Cancéropôle Île-de-France.

formation sous Linux aux scripts pour la bioinformatique (principalement en python)formation sous Linux aux scripts pour la bioinformatique (principalement en python) 19-11-2019 21-11-2019 France Montpellier La plateforme de Bioinformatique ATGC Montpellier propose une formation sous Linux aux scripts pour la bioinformatique (principalement en python). Dates : 19 au 21 novembre 2019. Durée : 2,5 jours Lieu : Campus St Priest, Montpellier L'objectif est d'apprendre à écrire des scrripts python pour automatiser des analyses bioinformatiques. La formation se déroule sur deux journées et demi, comprend 40% de cours et 60 % de travaux pratiques. Les ordinateurs fonctionnent avec un système Linux. Les cours sont assurés en français par une enseignante-chercheuse et un chercheur du LIRMM. Inscription et détails : https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19420-Linux-et-script-pour-la-bioinformatique.html?axe=114 Le groupe est limité à 12 participants. https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19420-Linux-et-script-pour-la-bioinformatiq…
ELIXIR Biohackathon 2019 18-11-2019 22-11-2019 France Seine-Port

Dear all,

After the success of the first Elixir-Biohackthon 2018. Registration is
now open for all participants for this years Biohackathon on
18-22 November 2019 (Paris region):

Participants are expected to cover their accommodation and travel
For details of the hacking projects please see the

So, come join us!

Elixir-FR Team !!

NETTAB / BBCC 2019 Meeting 11-11-2019 13-11-2019 Italie Salerno

The topics of the event include the usual topics of NETTAB and BBCC workshops.
Moreover, a special session will be devoted to “Computational Proteomics”.


Computational Proteomics topics
A provisional list includes Bioinformatics methods, tools and platforms for:

  • Standardization of data and methods
  • Annotation, visualization, integrated discovery
  • Protein identification and validation
  • Biomarker discovery
  • Quantitative proteomics
  • Single cell proteomics
  • Targeted proteomics
  • Molecular imaging by mass spectrometry
  • Microbial proteomics

NETTAB Workshop topics
Bioinformatics methods, standards, tools, applications and experiences deployed over Internet, including:

  • On-line databases, software tools, user interfaces
  • Data integration and data fusion platforms, integrated bio-search
  • Grid and clouds applications and platforms
  • APIs and Web Services, workflow management platforms
  • Semantic tools, biomedical ontologies
  • Semantic Web tools, Linked Open Data, SPARQL endpoints
  • Biological Wikis, social applications for life sciences
  • Tools for collaborative development of software, databases and documents
  • Mobile bioinformatics apps

BBCC Meetings topics
Scientific contributions in all topics of Bioinformatics and Computational Biology field are welcome.
Oral presentations and posters are particularly encouraged for the following topics:

  • big data in medicine
  • health data analysis
  • structural bioinformatics and computational biochemistry
  • systems&synthetic biology
  • combinatorial optimization in molecular biology
  • omics and inter-omics data mining
  • metagenomics
  • agri-food applications
Journées du GT Bioss 07-11-2019 07-11-2019 France Paris

La journée du GT Bioss aura lieu le 7 novembre (http://bioss-cnrs.fr/manif/jnbioss_201911/jnbioss_201911.html) à Paris Diderot, salle 027C, au rez-de-chaussée de la Halle aux Farines. Plans d’accès:



Pour la journée du GT nous sommes toujours à la recherche de propositions d’exposés, ne vous censurez pas! Nous acceptons bien sûr des travaux en cours ou qui auraient déjà été présentés récemment en conférence. Merci de nous envoyer titre et abstract à contact@bioss-cnrs.fr.  


Deux exposés invités seront donnés par Annick Lesne et Grégory Nuel de l’université Paris Diderot.


La journée du GT se tient à la suite de la journée du GDR BiM le 6 novembre. Nous vous encourageons vivement à y participer également. Le programme de cette journée est disponible ici: http://www.gdr-bim.cnrs.fr/?page_id=160.


Rappelons enfin, que 10 bourses de voyage (~300€) sont proposées aux doctorants et post-doctorants qui en font la demande (voir modalités ici: https://www.sfbi.fr/sites/sfbi.fr/files/2019-06/SFBI-travelfellowship-GDRBim2019_0.pdf).

AIEM 2019 06-11-2019 08-11-2019 France Toulouse

Les journées se tiendront à Toulouse du 6 novembre (après-midi) au 8 novembre (matin) 2019. L'inscription est gratuite et le comité organisateur sera en mesure de prendre en charge les frais d'hébergement le 6 et 7 novembre et la plupart des frais de restauration, ainsi que les frais de déplacement des doctorants. Tous les détails ainsi que les liens pour s'inscrire et soumettre un résumé sont disponibles ici :

Une fois l'appel à communications clos, les inscriptions seront encore possibles jusqu'au jeudi 17 octobre.

En espérant vous voir nombreux prochainement à Toulouse

Le comité d'organisation :
Guillaume Achaz
Simon Boitard
Lounès Chikhi
Ludovic Orlando
Olivier Mazet
Bertrand Servin

Genome Informatics 06-11-2019 09-11-2019 États-Unis New York

Genome Informatics

November 6 - 9, 2019

Abstract Deadline: August 16, 2019


Nicholas Loman, University of Birmingham, United Kingdom
Alicia Oshlack, Murdoch Children's Research Institute, Australia
Melissa Wilson, Arizona State University

The next Cold Spring Harbor Laboratory conference on Genome Informatics will be held at Cold Spring Harbor, New York (this meeting has alternated with the Hinxton meeting started under the joint auspices of CSHL and the Wellcome Trust). The meeting will begin at 7:30 p.m. on Wednesday, November 6, and finish with lunch on Saturday, November 9, 2019.


  • Personal and Medical Genomics
  • Transcriptomics, Alternative Splicing and Gene Predictions
  • Epigenomics and Non-Coding Genome
  • Data Curation and Visualization
  • Variant Discovery and Genome Assembly
  • Comparative, Evolutionary, and Metagenomics
[GDR BIM] journées nationales 05-11-2019 07-11-2019 France Paris Les prochaines journées du GDR Bioinformatique Moléculaire se tiendront du 5 au 7 novembre prochain à l'Université Paris Diderot. - 5 novembre: journées des groupes de travail StatOmique (Analyse Statistique des données Omiques) et MASIM (Méthodes Algorithmiques pour les Structures et Interactions Macromoléculaires) - 6 novembre: journée du GDR, avec une session sur les méthodes informatiques et statistiques pour la Biologie Intégrative, une présentation/débat des nouveaux modes de publication et une rencontre avec l'Institut Français de Bioinformatique - 7 novembre: journée du groupe de travail BIOSS (Biologie Systémique Symbolique) Toutes les informations avec les programmes des différents événements et le formulaire d'inscription sont disponibles à http://www.gdr-bim.cnrs.fr/?page_id=160 Date limite d'inscription: 25 octobre Date limite pour faire une demande de bourses de voyage SFBI (doctorants et postdocs): 10 octobre http://www.gdr-bim.cnrs.fr/?page_id=160
Journée StatOmique - 10 ans 05-11-2019 05-11-2019 France Paris

Nous avons le plaisir d'annoncer la prochaine journée StatOmique, le 5 novembre à Paris (Université Paris Diderot) précédent la journée du GDR Bioinformatique Moléculaire (BIM). Ce sera l'occasion de fêter ensemble les 10 ans !

Le programme de la journée est disponible sur le site : http://www.gdr-bim.cnrs.fr/?page_id=160.

L’inscription est gratuite, mais obligatoire avant le 25 octobre, sur le site http://www.gdr-bim.cnrs.fr/?page_id=160

La journée se poursuit par un apéritif de 18 à 20 heures accompagné de posters. N'hésitez pas à partager les travaux de ces dernières années... Pour déposer un poster, l'inscription est obligatoire pour réserver les emplacements : https://forms.gle/EEZuK7jJ2LWYpU2v9

Ceux qui le souhaitent pourront prolonger la soirée par un dîner, à la charge des participants, pré-réservation à l'inscription (avant le 25 octobre).

Accès :
La journée se déroule de 10h à 20h à l'université Paris Diderot, 5 Rue Thomas Mann, Paris 13, dans la salle 027C, au rez-de-chaussée de la Halle aux Farines.

A noter qu'au programme de la journée du GDR, le 6 novembre, une session thématique sur la biologie intégrative est prévue.

La SFBI offre des bourses de voyage aux doctorants et postdocs. Toutes les informations sont disponibles à https://www.sfbi.fr/sites/sfbi.fr/files/2019-06/SFBI-travelfellowship-GDRBim2019_0.pdf

N'hésitez pas à vous inscrire dès maintenant.

EBAI2019: Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit 03-11-2019 08-11-2019 France Roscoff

8ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB - Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit


La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.


BioNetVisA workshop at ICSB 2019 31-10-2019 31-10-2019 Japon Okinawa

BioNetVisA 2019 workshop: From biological network reconstruction to data visualization and analysis in molecular biology and medicine.


Okinawa Insitute of Science and Technology Graduate University, Okinawa, Japan


Key Themes

Graphical representation of biological knowledge

Molecular interaction and pathway databases

Comprehensive signalling networks

Networks annotation and curation

High-throughput data visualization, analysis and interpretation in the context of networks

Multi-scale networks (genome, epigenome, transcriptome, proteome, metabolome...)

Network modelling

Machine learning/Artificial Intelligence approaches in network biology 

Basic research and clinical application of networks

Microbiome and networks

Single-cell data and network inference

Metabolomics and networks

Human microbiome

Networks for drug repositioning



Sucheendra Kumar Palaniappan (The Systems Biology Institute, Tokyo, Japan)

Junhyung Park (3BIGS CO., LTD. Suwon, Republic of Korea)

Yoshihiro Yamanishi (Kyushu Institute of Technology, Fukuoka, Japan)

Tatsuya Ando (Takeda Pharmaceuticals, Tokyo, Japan)

David Wedge (Big Data Institute, University of Oxford, UK)

Yoshiyuki Asai (Yamaguchi University, Yamaguchi, Japan)

Natasa Przulj (Barcelona Supercomputing Center, Barcelona, Spain)

Reinhard Schneider (Luxembourg Centre for Systems Biomedicine, Luxembourg)

Peter Kharchenko (Harvard medical school, Boston, USA)

Emmanuel Barillot (Institut Curie, Paris, France)

Ayako Yachie (The Systems Biology Institute, Tokyo, Japan)

Hiroaki Imoto (Institute for Protein Research, Osaka University, Osaka, Japan)


The workshop targets computational systems biologists, molecular and cell biologists, clinicians and a wide audience interested in update and discussion around current status of network biology, pathway databases, and related analysis tools, including visualization, statistical analysis and dynamic modelling. No computational background is required to attend the workshop.


Analyse avancée de séquences 29-10-2019 31-10-2019 France Bordeaux Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) organise une formation en Bio-informatique intitulée : "Analyse avancée de séquences" à Bordeaux sur 3 jours du mardi 29 Octobre 2019 au jeudi 31 Octobre 2019: Adresse: Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l'Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin. Objectifs: - Savoir rechercher des informations dans les banques de données - Maitriser les outils d'analyse de séquences tels que les alignements et savoir interpréter les résultats - Maitriser les stratégies d'annotation de génomes bactériens - Maitriser les formats et les analyses des nouvelles données issues du séquençage (NGS) - Utiliser l'environnement Galaxy. Prérequis: Aucun - Afin d'adapter au mieux le contenu de la formation aux attentes des stagiaires, il leur est demandé de compléter et de renvoyer le questionnaire qui sera prochainement téléchargeable sur le site du CNRS formation. Programme: 1er jour - Organisation des banques de données publiques - Recherche d'information dans les banques de données publiques - Premier pas avec Galaxy - Comparaison et alignement multiple de séquences - Notions de familles de protéines et domaines fonctionnels 2ème jour - État de l'art du séquençage haut débit - Formats et manipulation des données NGS 3ème jour - Analyse avancée à partir de données NGS - Après-midi : les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées à des fins pédagogiques pour les exercices. Alternance de cours (10 h) et de travaux dirigés (10 h) Les stagiaires sont invités à apporter leurs données qui seront utilisées, à des fins pédagogiques, pour les exercices de la dernière demi-journée. Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation indiqué ci-dessous: https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19275-Analyse-avancee-de-sequences.html?axe=98 Pour toute information complémentaire (public visé, niveau, cout, ...), merci de contacter: - Aurélien Barré (aurelien.barre@u-bordeaux.fr) - Raluca Uricaru (ruricaru@labri.fr) - Benjamin Dartigues (benjamin.dartigues@u-bordeaux.fr) https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19275-Analyse-avancee-de-sequences.html?axe…
Artificial Evolution 2019 (EA-2019) 29-10-2019 30-10-2019 France Mulhouse

Artificial Evolution 2019 (EA-2019)

The 14th (since 1994) Biennial International Conference on Artificial Evolution

Mulhouse - France 

29-30 October 2019




The Biennial International Conference on Artificial Evolution (EA-2019) will celebrate its 14th anniversary from 29 to 30 October 2019 in Mulhouse, France.


Topics of interest : 

Authors were invited to submit original papers related, but not limited to :

- Evolutionary computation, evolutionary optimization, coevolution, natural computing, soft computing.

- Artificial Life, population dynamics.

- Theory, algorithm design and evaluation, implementations, parallelizations.

- Application of evolutionary paradigms to the real world (biosciences, industry, socioeconomic sciences etc).

- Biologically-inspired metaheuristics (swarm intelligence, artificial ants, articial immune systems, cultural algorithms, etc).

- Memetic algorithms, multi-objective optimization, interactive optimization, constraint handling, dynamic optimization, etc.

- Hybridization with other soft computing techniques like machine Learning or fuzzy logic.

- Evolutionary robotics, education, visualization, interactive design and artistic applications.


Artificial Evolution 2019 (EA-2019) 28-10-2019 30-10-2019 France Mulhouse

The Biennial International Conference on Artificial Evolution (EA-2019) will celebrate its 14th anniversary from 28 to 30 October 2019 in Mulhouse, France.

Topics of interest : 
Authors are invited to submit original papers related, but not limited to :
- Evolutionary computation, evolutionary optimization, coevolution, natural computing, soft computing.
- Artificial Life, population dynamics.
- Theory, algorithm design and evaluation, implementations, parallelizations.
- Application of evolutionary paradigms to the real world (biosciences, industry, socioeconomic sciences etc).
- Biologically-inspired metaheuristics (swarm intelligence, articial ants, artificial immune systems, cultural algorithms, etc).
- Memetic algorithms, multi-objective optimization, interactive optimization, constraint handling, dynamic optimization, etc.
- Hybridization with other soft computing techniques like machine Learning or fuzzy logic.
- Evolutionary robotics, education, visualization, interactive design and artistic applications.

Analyses NGS avec R 24-10-2019 25-10-2019 France Bordeaux Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) organise une formation en Bio-informatique intitulée : "Analyses NGS avec R" à Bordeaux sur 2 jours (du jeudi 24 Octobre 2019 au vendredi 25 Octobre 2019). IL RESTE ENCORE QUELQUES PLACES DISPONIBLES !! Adresse: Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l'Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin. Objectifs: - Savoir analyser des séquences venant de reads NGS - Savoir déterminer les ARN messagers différentiellement exprimés à l'aide de données RNA-seq - Etre capable d'enrichir les résultats en utilisant des bases de connaissance Public : - Ingénieurs, techniciens biologistes et bioinformaticiens de formation - Toute personne souhaitant " exploiter " ses données NGS ou évaluer et reproduire les analyses présentées dans les publications scientifiques Prérequis: Maîtrise du langage R. Avoir suivi le stage « Langage R : introduction » (Réf. 18338, ce catalogue) ou niveau équivalent. Afin de mieux aider à évaluer votre niveau, nous vous invitons à effectuer le test téléchargeable ICI . Programme: Cette formation introduira les paquetages Bioconductor permettant l'analyse de données issues du séquençage nouvelle génération. - Rappels des concepts du séquençage NGS - Les outils d'annotation et de conversion d'identifiant (bioMart) - L'analyse des reads et du résultat d'alignement - l'analyse d'expression différentielle en RNA-seq - Les techniques d'enrichissement - L'exploitation de données métagénomiques - Les outils de visualisation pour les NGS (GGbio, Circos ?) La fin du stage (2 h) sera consacrée à un atelier pédagogique d'analyse et de réflexion sur les données apportées par les stagiaires Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps). Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation indiqué ci-dessous: https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19025-Analyses-NGS-avec-R.html?axe=98 Pour toute information complémentaire (public visé, niveau, cout, ...), merci de contacter: - Aurélien Barré (aurelien.barre@u-bordeaux.fr) - Katarzina Hooks (katarzyna.hooks@u-bordeaux.fr) - Justine rudewicz (justinerudewicz@gmail.com) https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19025-Analyses-NGS-avec-R.html?axe=98
Bioinformatique - Langage R : Introduction 22-10-2019 23-10-2019 France Bordeaux Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) organise une formation en Bio-informatique intitulée : "Langage R : Introduction" à Bordeaux sur 2 jours (du mardi 22 Octobre 2019 au mercredi 23 Octobre 2019). IL RESTE ENCORE QUELQUES PLACES DISPONIBLES !! Adresse: Le Centre de Bioinformatique de Bordeaux est localisé au niveau principal du bâtiment du Centre de Génomique Fonctionnelle Bordeaux sur le site Carreire de l'Université Bordeaux Segalen (146, rue Léo Saignat 33076 Bordeaux cedex). Ce campus est situé à proximité du CHU Pellegrin. Objectifs: - Acquérir les bases pour l'utilisation du langage R - Savoir manipuler et visualiser grands ensembles de données biologiques Public : Ingénieurs, techniciens biologistes ou bio-informaticiens de formation Prérequis: Notions de base en informatique (gestion de fichiers, navigateur web, etc.) Programme: Cette formation introduira le langage R et les techniques de fouille et de visualisation de données. - Installation et configuration de R - Notions et commandes essentielles (variables, fonctions ?) - Les formats de fichiers, la lecture et l'écriture de données tabulées - Les outils de manipulation et de transformation de grands tableaux - Les constructions modernes pour la création de graphiques Alternance de courtes présentations (50 % du temps) suivies de travaux pratiques basés sur des jeux de données réels (50 % du temps). Ce stage pourra être poursuivi par un stage consacré à l'analyse NGS avec R (Réf. 18339, ce catalogue). Les inscriptions se font sur le site web du CNRS Formation indiqué ci-dessous: https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19024-Langage-R--introduction.html?axe=98 Pour toute information complémentaire (public visé, niveau, cout, ...), merci de contacter: - Aurélien Barré (aurelien.barre@u-bordeaux.fr) - Katarzina Hooks (katarzyna.hooks@u-bordeaux.fr) - Justine rudewicz (justinerudewicz@gmail.com) https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-19024-Langage-R--introduction.html?axe=98