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Title Date de début Date de fin Pays Ville Description Site web
W4E 2020 - Workflow4Metabolomics training course 03-02-2020 07-02-2020 Belgique Bruxelles

Analysez vos données avec Galaxy et l'infrastructure Workflow4metabolomics !

La prochaine session Workflow4Experimenters (W4E2020) aura lieu à Bruxelles - Belgique (du 3 au 7 février 2020). Pendant cette semaine de formation, (dispensée en Anglais), vous apprendrez à utiliser l’infrastructure W4M et analyserez vos propres données (LC-MS, GC-MS, ou RMN).

Les méthodes et outils seront présentés pendant les sessions du matin. Un tutorat sera organisé pendant les sessions de l’après-midi.

 

Conférences invitées : Dr S. Marr (Leibniz Institute of Plant Biochemistry, Allemagne), Dr R. Weber (Phenome Centre Birmingham, Grande Bretagne), Dr N. Poupin (Unité Toxalim, INRA Toulouse, France)

 

Comité scientifique: C. Delporte et P. Van Antwerpen (Université libre de Bruxelles),P. De Tullio (Université de Liège), B. Govaerts (Université Catholique de Louvain), Y. Guitton, J. Saint Vanne (Laberca, Nantes), C. Dalle, M. Pétéra, F Giacomoni (PFEM INRA, Clermont-Ferrand), G. Le Corguillé, (Abims, Roscoff), B. Diémé (PFEM Université Clermont Auvergne), F. Souard (Université de Grenoble), C. Canlet, J.F. Martin, M. Tremblay-Franco (Toxalim INRA, Toulouse)

Programme et pre-inscriptions :  https://workflow4metabolomics.org/w4e2020 (Date limite de pré-inscription 03/11/2019)

Plus d’informations : contact@workflow4metabolomics.org

https://workflow4metabolomics.org/w4e2020
Ecole thématique CNRS Single-cell 2020 22-03-2020 27-03-2020 France Roscoff L’école vise à expliquer et diffuser ces méthodes au sein de la communauté des ingenieurs et chercheurs, bio-informaticiens et statisticiens directement impliqués dans des projets de génomique fonctionnelle en cellule unique. Ce cours offre une formation complète incluant le choix de la technologie la mieux adaptée à la question biologique posée, la conception de l’expérience, le contrôle qualité et, notament les analyses bioinformatiques et statistiques associées. L’école sera basée sur une alternance de sessions théoriques et d’ateliers pratiques. https://www.france-bioinformatique.fr/en/evenements/ecole-single-cell-2020
Formation "Initiation à R" à l'Institut Pasteur du 23 au 27 mars 2020 23-03-2020 27-03-2020 France Paris

L’Institut Pasteur proposera du 23 au 27 mars le cours "Initiation à R" qui a pour objectif de présenter le langage de programmation R en abordant, en particulier, l’importation, la manipulation, et l’exportation de vos données.

La description de données à l'aide de statistiques de base et de graphiques est aussi abordée.

R est un environnement gratuit et un langage de programmation qui permet de réaliser un très grand nombre d’analyses statistiques.

Les participants doivent être familiers de l’environnement Windows et de Microsoft Excel. Cependant, aucune expérience préalable de programmation informatique (en R ou en un autre langage) ou en statistique n’est requise, mais un intérêt pour la programmation sous forme de programmes (script) est demandé.

La date limite d’inscription est fixée au 15 février. Les candidatures sont évaluées par le comité du cours.

https://www.pasteur.fr/fr/initiation-au-logiciel-r
EBI-W4M training: Introduction to Metabolomics Analysis 30-03-2020 02-04-2020 Royaume-Uni Cambridge

EBI-W4M training: Introduction to Metabolomics Analysis

This course will provide an introduction to metabolomics data analysis. It will focus on Liquid Chromatography – Mass Spectrometry techniques and will encompass a combination of lectures and practical sessions covering principles of experimental design, data standards and analysis. Participants will learn about data sharing of metabolomics data with the EMBL-EBI’s MetaboLights repository.

 

Practicals will explore each stage of data analysis using training datasets and use freely-available metabolomics tools accessed through the Workflow4Metabolomics platform. The content will allow participants to create their own open-source analysis workflows to process LC-MS data based on the examples used during the course.

 

This course is aimed at scientists new to the field of metabolomics who want to gain insights into the data analysis process. The course assumes little prior knowledge of using bioinformatics tools and the workflow platform covered will allow a wide-range of backgrounds to access the practical content. Ideal applicants will be those wanting to include metabolite profiling in their current research, either as they move into the field or in addition to other -omics data work they are currently engaged in.

Date: Monday 30 March - Thursday 2 April 2020

Venue: European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) - Wellcome Genome Campus, Hinxton, Cambridge,  CB10 1SD, United Kingdom

Application opens: Monday 23 September 2019

Application deadline: Friday 29 November 2019

Participation: Open application with selection / * * * Infos & Registration * * *

ContactMeredith Willmott Franck Giacomoni

Registration fee: £650 - Including meals and accommodation

https://www.ebi.ac.uk/training/events/2020/introduction-metabolomics-analysis-1
ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C : traitement, analyse et visualisation de données 09-06-2020 12-06-2020 France Montpellier

Formation CNRS entreprise :
OBJECTIFS
- Savoir planifier une expérience simple de type ChIP-seq ou RNA-seq
- Savoir évaluer la qualité des données obtenues dans le cadre de la régulation des gènes (ChIP-seq) et de l'analyse du transcriptome (RNA-seq)
- Maîtriser les principales méthodes et outils d'analyse des données ChIP-seq et RNA-seq
- Savoir les visualiser dans un navigateur de génome et en extraire les coordonnées des pics enrichis
- Savoir manipuler et annoter les fichiers d'enrichissement (bedtools)
- Maîtriser les principales méthodes d'analyse des données Hi-C et de génération des cartes de contact chromosomique
PUBLICS
Ingénieurs et chercheurs biologistes
Prérequis : une connaissance des lignes de commande sous Linux peut être utile mais non nécessaire. Un rappel des fondamentaux sera proposé.
PROGRAMME
1er jour : pre-processing des données ChIP-seq et RNA-seq
- Initiation aux commandes sous Linux (3 h)
- Notions de base du ChIP-seq, RNA-seq et Hi-C et de leurs pipelines d'analyse, principe de normalisation avec spike-in
- Prétraitement des données (qualité des données brutes, alignements, artefacts de séquençage)
- Exploration des données alignées (estimation de la taille des fragments, qualité de l'alignement)
2ème et 3ème jours : analyse ChIP-seq
- Génération des fichiers d'enrichissement (.wig) avec le package R-PASHA
- Visualisation des fichiers .wig et initiation à la sélection de régions enrichies, aux paramètres de détection (MACS2 ou directement sur genome browser)
- Initiation à la mise en place de métaprofils autour des régions d'intérêt (gène, TSS, TES, enhancers)
- Analyse d'enrichissement d'annotations fonctionnelles ("gene ontology")
- Recherche de motifs dans les régions enrichies
Analyse RNA-seq
- Quantification de l'expression des gènes dans les données RNA-seq à travers le RPKM
- Principe de normalisation utilisant des spike-in
- Analyse de l'expression différentielle des gènes et des exons
4ème jour : analyse Hi-C
- Traitement et alignement des séquences et construction de la carte de contact chromosomique
- Visualisation et interprétation de la carte de contact
- Présentation de quelques bases de données et d'outils de visualisation de Hi-C
- Discussion (3 h) sur les problématiques des participants et sur les pistes de solutions à y apporter
Alternance de cours (4 h) et de TD (24 h)
EQUIPEMENT
Mise à disposition d'un ordinateur par stagiaire sous linux avec logiciels nécessaires à la formation
INTERVENANTS
J.-C. Andrau, L. Pioger (chercheurs) et A. Makrini (ingénieure de recherche)

https://cnrsformation.cnrs.fr/stage-20028-ChIP-seq%2C-RNA-seq-et-Hi-C--traiteme…