Evènements

Title Date de début Date de fin Pays Ville Description Site web
SysBioCancer2019: 2nd course on Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis 23-09-2019 28-09-2019 France Paris

We are glad to announce the second international multidisciplinary course entitled ‘Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis’.

SysBioCancer2019 - Institut Curie, Paris, France

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019

https://easychair.org/cfp/SysBioCancer2019

Course objective

To improve interpretation and use of omics data that nowadays are accumulated in any biological or medical lab.  This year, the course will particularly focus on SysBio approaches for single cell data analysis. We will review current methods and tools for the analysis and interpretation of single cell data, along with concrete applications related to cancer. In particular, we will emphasize the role of single cell data research for understanding the heterogeneity of tumor.

 

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019
SIB course: Introduction to RNA-seq: From quality control to pathway analysis 23-09-2019 24-09-2019 Suisse Bern Introduction to RNA-seq: From quality control to pathway analysis, on 23-24 September 2019, in Bern Are you a biologist or a bioinformatician, familiar with Next Generation Sequencing and willing to acquire the necessary skills to analyze RNA-seq gene expression data? This course might be for you! Throughout a series of lectures and exercises, you will learn and practice on various topics such as quality control and reads cleanup, RNAseq reads mapping to genome & transcriptome, gene reads counting, gene & exons differential expression, as well as GO enrichment and pathway analysis. Should you have any questions, please don't hesitate to contact us at training@sib.swiss. https://www.sib.swiss/training/course/2019-09-rnas-be03
Nextflow: reproducible and portable bioinformatics data analyses 24-09-2019 26-09-2019 France Lyon

The “Nextflow: reproducible and portable bioinformatics data analyses” workshop will be held at International Agency for Research on Cancer (IARC, Lyon, France) on 24-26 September 2019 and will provide a global overview about Nextflow technology, starting from basic through to advanced concepts, Nextflow workflows and reproducibility concepts. The workshop is intended for PhD students, post-docs and researchers who are seeking to improve their skills in data analysis using Nextflow technology. Combining lectures from the creators and lead developers of Nextflow, computer-based practical sessions and interactive discussions, the workshop will provide a platform for discussion of the key questions and challenges in this field of reproducible and portable data analysis, from launching Nextflow pipelines to writing Nextflow pipeline scripts.

https://www.canceropole-clara.com/agenda/formation-nextflow-reproducible-and-po…
Formation bioinfo (Linux pour la génomique) 30-09-2019 04-10-2019 France Montpellier Formation : Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (30 septembre- 4 octobre 2019, ~35h) Responsable pédagogique : Vincent Ranwez Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) connaître les commandes essentielles du système Linux, ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques, iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements. iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux) La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max). https://www.montpellier-supagro.fr/formations/formation-tout-au-long-de-la-vie/…
2nd DYNAPEUTICS international summer school 30-09-2019 04-10-2019 Espagne San Sebastian The 2nd. DYNAPEUTICS international summer school will take place in San Sebastian, Spain from 30 September to 4 October 2019. The 2nd. DYNAPEUTICS international summer school aims to give a theoretical and practical introduction to computational methods for biological molecules, relevant for the understanding of biological processes at the molecular level, and especially useful for the design and optimization of molecular drugs. The school will be taught at the postgraduate level and is specially addressed to PhD students and postdoctoral researchers with a solid background in biophysics. The subjects covered in the school will be: § Force Fields § Simulation methods overview § Molecular Dynamics and Monte Carlo Methods § Normal Mode Analysis § Accelerated dynamics § Free energy Calculations § Continuum electrostatics § Homology modelling § Docking § Drug design § Quantum Chemistry and QM/MM methods The course will consist of seminars and computer practicals that will cover the main concepts introduced in the seminars. http://dynapeutics.dipc.org
Aviesan Symposium : Bioinformatics and Modelling of Biomolecules 07-10-2019 08-10-2019 France Paris

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=======             DECIPHERING THE FUNCTIONAL MECHANISMS OF BIOLOGICAL MACROMOLECULES:

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=======   UPCOMING CHALLENGES IN BIOINFORMATICS, MODELLING AND EXPERIMENTAL VALIDATIONS

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Aviesan ITMO Molecular and Structural Basis of Life Sciences

 

Date: October 7-8,  2019

Place: Aviesan- Auditorium Biopark, 11 rue Watt Paris 13

 

Registration is free but mandatory

 

Web site: https://molecellmodel.sciencesconf.org/resource/page?id=3&lang=en

 

== PRESENTATION ==

 

The symposium aims at presenting examples of synergies between modelling, computational and experimental approaches for the understanding of the molecular mechanisms in life sciences.

 

This one and a half days meeting will be an opportunity to discuss the most exciting challenges lying ahead in that field presenting different highlights from French groups and four international speakers. A wide range of topics will be presented including:

 

- Integrative Structural Biology from CryoEM and Mass Spectrometry data,

- Molecular Dynamics of Molecular Machines,

- Molecular Design,

- Deep Learning in Structural Bioinformatics,

- Coevolution Analyses,

- Mathematical Modelling of Molecular Assemblies up to the Cellular Scale.

 

We hope through multidisciplinary talks to disseminate a broad understanding of the field, even for participants at early stages of their careers or new to the field.

 

== CONFIRMED SPEAKERS ==

 

Alexandre BONVIN, Utrecht University, The Netherlands

Sarel FLEISHMAN, Weizmann Institute of Science, Israel

Graham JOHNSON, Allen Institute, USA

Syma KHALID, University of Southampton, UK

Sophie BARBE, Toulouse, France

Maria BARBI, Paris, France

Marco CECCHINI, Strasbourg, France

Chris CHIPOT, Nancy, France

Juan CORTES, Toulouse, France

Sergei GRUDININ, Grenoble, France

David HOLCMAN, Paris, France

Anne IMBERTY, Grenoble, France

Slavica JONIC, Paris, France

Esther KELLENBERGER, Strasbourg, France

Guillaume ROMET-LEMONNE, Paris, France

Martin WEIGT, Paris, France

https://molecellmodel.sciencesconf.org/resource/page?id=3&lang=en
EBAI2019: Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit 03-11-2019 08-11-2019 France Roscoff

8ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB - Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

 

http://www.france-bioinformatique.fr/ebai2019
Formation NGS & Cancer : Analyses épigénomiques 20-11-2019 22-11-2019 France Paris

Formation de 3 jours ouverte aux chercheurs académiques, franciliens, impliqués dans un ou plusieurs projets de recherche en cancérologie.

Nombre de place limité !
INSCRIPTIONS JUSQU'AU 08/07/2019, midi

Cette formation en salle équipée a pour objectif de vous permettre d'apprendre de manière pratique à réaliser un traitement complet de données NGS au moyen de l’outil Galaxy et du logiciel R. Cette session est dédiée aux analyses épigénomiques : peak calling, marques d'histone, atac-seq, single-cell épigénomique. Les analyses de données DNA-Seq ou RNA-seq feront l'objet de formations ultérieures.

Au programme :

  • Contrôle qualité des données, alignement, pré-processing, visualisation sous IGV
  • Peak calling et analyse fonctionnelle
  • Analyse de données de marques d'histones
  • Analyses ATAC-seq
  • Ouverture aux approches single-cell épigénomiques
  • Annotation et ressources accessibles
  • Manipulation de données sous R, R Studio, Galaxy

La formation est encadrée par 5 formateurs, de manière à permettre à chaque participant d’échanger avec eux pour bénéficier de conseils sur les manières d’aborder le traitement de leurs données.

Attention, des prérequis en R sont demandés : connaissance de R et R Studio.
Une première partie du cours, théorique, sera a suivre de manière autonome avant la formation de manière à optimiser les 3 jours de formation pratique.

 

Les frais d'inscription et de déjeuner sont pris en charge par le Cancéropôle Île-de-France.

http://05t5.mj.am/nl2/05t5/mt7wy.html?m=AMsAAD9iIGUAAcgX-3YAAF-MLGQAAIHjNQ0ABCB…
2d édition de la formation metabarcoding ABiMS IFREMER⁩ Migale 02-12-2019 06-12-2019 France Roscoff

Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une nouvelle session de formation à l'analyse de données metabarcoding en décembre prochain.

Celle-ci vous proposera :

une formation complète à l'outil FROGS sous Galaxy
un tutoriel sur l'utilisation de DADA2
l'intervention de plusieurs experts du domaine avec exposés thématiques
le tout sur 5j, du 2 au 6 décembre prochain
Cette semaine thématique est co-organisée entre l’équipe bioinformatique de l’IFREMER , la plateforme Migale de Jouy en Josas et la plate-forme ABiMS de la Station Biologique de Roscoff, qui accueillera la formation.

Retrouver les détails du programme ici :

http://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2019

Si cette formation vous intéresse, merci de bien vouloir compléter le formulaire d'inscription (cf lien ci-dessus).

Patrick Durand - Laure Quintric - Erwan Corre

http://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2019