Evènements

Title Date de début Date de fin Pays Ville Description Site web
Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics 09-09-2019 12-09-2019 Suisse Lausanne

We are pleased to announce a course jointly organized by SIB, ESCMID and the Institute of Microbiology (CHUV) on:

Clinical bioinformatics for microbial genomics and metagenomics, on 9 - 12 September 2019, in Lausanne.

This course aims at providing participants with the essential tools to understand the output of bioinformatics analysis pipelines, interpret the results for making better-informed clinical recommendations, recognise the main challenges and limitations when using NGS bioinformatics analysis pipelines in clinical settings, and acquire a common language to foster multidisciplinary discussions of results with clinical bioinformaticians in their team.

It is aimed at clinical microbiologists and other professionals working in the field with little or no programming background.

Further detailed information, prerequisites and application form are available here.

Should you have any questions, please don't hesitate to contact us at training@sib.swiss.

 

https://www.sib.swiss/training/course/2019-09-metagenomics
SysBioCancer2019: 2nd course on Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis 23-09-2019 28-09-2019 France Paris

We are glad to announce the second international multidisciplinary course entitled ‘Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis’.

SysBioCancer2019 - Institut Curie, Paris, France

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019

https://easychair.org/cfp/SysBioCancer2019

Course objective

To improve interpretation and use of omics data that nowadays are accumulated in any biological or medical lab.  This year, the course will particularly focus on SysBio approaches for single cell data analysis. We will review current methods and tools for the analysis and interpretation of single cell data, along with concrete applications related to cancer. In particular, we will emphasize the role of single cell data research for understanding the heterogeneity of tumor.

 

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019
Nextflow: reproducible and portable bioinformatics data analyses 24-09-2019 26-09-2019 France Lyon

The “Nextflow: reproducible and portable bioinformatics data analyses” workshop will be held at International Agency for Research on Cancer (IARC, Lyon, France) on 24-26 September 2019 and will provide a global overview about Nextflow technology, starting from basic through to advanced concepts, Nextflow workflows and reproducibility concepts. The workshop is intended for PhD students, post-docs and researchers who are seeking to improve their skills in data analysis using Nextflow technology. Combining lectures from the creators and lead developers of Nextflow, computer-based practical sessions and interactive discussions, the workshop will provide a platform for discussion of the key questions and challenges in this field of reproducible and portable data analysis, from launching Nextflow pipelines to writing Nextflow pipeline scripts.

https://www.canceropole-clara.com/agenda/formation-nextflow-reproducible-and-po…
Formation bioinfo (Linux pour la génomique) 30-09-2019 04-10-2019 France Montpellier Formation : Automatiser des analyses génomiques grâce aux commandes Linux et à l'écriture de scripts (30 septembre- 4 octobre 2019, ~35h) Responsable pédagogique : Vincent Ranwez Le système d’exploitation Linux est disponible sur de nombreux ordinateurs, il offre un ensemble de commandes textuelles très puissantes qu’il est possible d’enchainer (sous forme de « script ») pour réaliser automatiquement des tâches complexes et/ou répétitives. Les objectifs pédagogiques de cette formation sont : i) connaître les commandes essentielles du système Linux, ii) savoir les utiliser pour traiter des données génomiques, iii) être capable d’utiliser un cluster de calculs pour effectuer ces traitements. iv) savoir écrire des scripts « simples » en « bash » (le langage de base de Linux) La formation vise une autonomie des stagiaires via une mise en situation lors de TP (qui constituent l’essentiel de la formation) portant sur des données/problèmes réels (e.g. manipulation de fichiers fasta, assemblage et mapping de données NGS). L’accent est mis sur les aspects techniques et la maitrise de Linux via un fort taux d’encadrement (2 ou 3 encadrants, selon les TP, pour 12 stagiaires max). https://www.montpellier-supagro.fr/formations/formation-tout-au-long-de-la-vie/…
EBAI2019: Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit 03-11-2019 08-11-2019 France Roscoff

8ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB - Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

 

http://www.france-bioinformatique.fr/ebai2019
2d édition de la formation metabarcoding ABiMS IFREMER⁩ Migale 02-12-2019 06-12-2019 France Roscoff

Nous avons le plaisir de vous annoncer la tenue d'une nouvelle session de formation à l'analyse de données metabarcoding en décembre prochain.

Celle-ci vous proposera :

une formation complète à l'outil FROGS sous Galaxy
un tutoriel sur l'utilisation de DADA2
l'intervention de plusieurs experts du domaine avec exposés thématiques
le tout sur 5j, du 2 au 6 décembre prochain
Cette semaine thématique est co-organisée entre l’équipe bioinformatique de l’IFREMER , la plateforme Migale de Jouy en Josas et la plate-forme ABiMS de la Station Biologique de Roscoff, qui accueillera la formation.

Retrouver les détails du programme ici :

http://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2019

Si cette formation vous intéresse, merci de bien vouloir compléter le formulaire d'inscription (cf lien ci-dessus).

Patrick Durand - Laure Quintric - Erwan Corre

http://tiny.ifremer.fr/formation-metabarcoding-2019