Evènements

Title Date de début Date de fin Pays Ville Description Site web
Formation Elixir - Single cell RNA-seq data analysis with R 27-05-2019 29-05-2019 Finlande Helsinki

Registrations are open to first  ELIXIR EXCELERATE course "Single cell
RNA-seq data analysis with R" which takes place 27.-29.5.2019 at CSC in Espoo
(Helsinki), Finland.
This hands-on course covers several aspects of single cell RNA-seq data
analysis, ranging from clustering and differential gene expression analysis
to trajectories, cell type identification and spatial transcriptomics.
The course is organized by ELIXIR Finland in collaboration with ELIXIR
France, Norway, Germany, Netherlands and Sweden, and it is free of charge.

The application deadline for the course is 16.4.2019. Participants are
selected based on their motivation description, and we will also do our best
to ensure that every country / research group gets at least one
representative in the course.

For registration and more information, please
see the course website at https://www.csc.fi/web/training/-/scrnaseq

 

https://www.csc.fi/web/training/-/scrnaseq
EMBO Bioinformatics and genome analyses course 2019 16-06-2019 30-06-2019 Italie San Michele all'Adige

This EMBO Practical Course will cover a range of genome analyses and their fundamental elements.

The first principal theme of the course is comparative genomics, covering genome analysis and exploration, pair-wise and multiple comparisons of genomes and evolutionary inferences (orthologs, paralogs and their classification).

The second principal theme of the course is related to Next-Generation Sequencing data analyses, including sequence assembly methods, metagenomics and its applications as well as genomic structural variants.

Application is through the EMBO web site:
http://meetings.embo.org/event/19-genome-analyses

Deadline for application is March 31, 2019.

Course Poster can be downloaded from this link:
https://webext.pasteur.fr/tekaia/BCGA2019/Poster_pc19-genome-analyses.pdf

http://meetings.embo.org/event/19-genome-analyses
Journée Plan de Gestion des Données, retour d'expériences et atelier pratique 17-06-2019 17-06-2019 France Montpellier

Lundi 17 Juin 2019 c’est PGD, l’atelier !

Bonjour à tous

Nous vous proposons 3 journées thématiques centrées sur la Science ouverte et Reproductible. Ces journées se focalisent sur la mise en pratique.

Une première journée est organisée le Lundi 17 Juin 2019 à Montpellier SupAgro pour découvrir et pratiquer le Plan de Gestion des Données (PGD), la pierre angulaire de la gestion des données. L'adresse du site web de l'atelier est
https://pgd17juin2019.sciencesconf.org/
Vous y trouverez le programme, davantage de détails et des infos pratiques. Cette journée sera orientée vers l’opérationnel avec un atelier utilisant les données de vos propres projets.

Les deux journées suivantes seront axées respectivement sur le cycle de vie des données (mardi 22 octobre 2019, save the date !) et sur la reproductibilité des analyses (la dernière date sera précisée ultérieurement).

En attendant et pour aller plus loin :
Les données scientifiques constituent des ressources inestimables, acquises au prix de lourds investissements et d’effort de recherches répartis sur de longues années. A l’heure de l’économie du savoir, la bonne exploitation de ces données doit être considérée comme un enjeux primordial.
Ces données sont irremplaçables et doivent être protégées et gérées en vue d’assurer leur pérennité. Il est primordial de les gérer et de les archiver de façon à ce qu’elles demeurent intelligibles à long terme. Pour être efficacement exploitées, les données doivent être accessibles, utilisables et d’une qualité connue.

PGD : Réaliser un Plan de Gestion des Données (PGD) permet de mettre en place de bonnes pratiques dans le cadre d'un projet de recherche, d'une thèse ou d'une structure. Le PGD rassemble les règles de gestion et de documentation des données produites et/ou réutilisées, leurs modalités de partage, de conservation et de valorisation.

A très bientôt

L’équipe d’organisation (par ordre alphabétique)

Khalid Belkhir (ISEM, CNRS)
Alexandre Dehne Garcia (Ingenum, INRA)
Fred de Lamotte (AGAP, INRA)
Jean-François Martin (CBGP, Montpellier SupAgro)
Thibault Nidelet (SPO, INRA)
Marie-Claude Quidoz (CEFE, CNRS)

https://pgd17juin2019.sciencesconf.org/
International Summer School on Networks and Evolution, 3rd edition 23-06-2019 29-06-2019 France Roscoff

Introduction to the concepts and methods of networks in evolutionary studies (sequence similarity networks, genome networks and multipartite graphs)

This free summer school will be held in Roscoff, France, between June 23rd 2019 (date of arrival) and June 29th (date of departure).

This school is designed in priority for biologists and bio-informaticians (completing a PhD degree or currently post-doctoral fellows, as well as researchers), who wish to learn the bases of network analyses.

The main notions (regarding various types of networks, the relevance of their analyses, and some bases in graph theory) will be introduced by short theoretical classes, followed by practical case-studies, introducing the basics in programming required to run such network analyses as well as to use the existing software/tools. Our goal is that, by the end of this summer school, all applicants will be qualified to perform network analyses of their own datasets.

More precisely, we will focus on the following concepts and methods:

- Introgressive evolution and large-scale diversity studies.

- Construction and analysis of sequence similarity networks (construction and sorting of connected components, definition of gene families, search for composite genes, implementation of centrality measures)

- Construction and analysis of genome networks (construction of weighted genome networks, implementation of their diameter, shortest paths, analyses of labeled nodes, etc.)

- Construction and analysis of gene-genome bipartite graphs (detection of connected components, and their articulation points, and twins)

In addition, 9 conferences on networks and evolution will be delivered by leading European and North American scientists during this school.

Confirmed speakers (complete list):

Pr. JP Gogarten (UConn, USA): Lateral Gene Transfer and Prokaryotic evolution

Pr. Robert Beiko (Dalhousie University, Canada) : Introduction to phylogenetic networks

Dr. Eric Bapteste (UPMC, France): Introduction to sequence similarity networks

Pr. Debashish Bhattacharya (U. Rutgers, USA): Reticulate evolution in eukaryotes

Pr. Eugene Koonin (NCBI, USA) : Viruses and networks

Pr. Michel Habib (LIAFA, France): Networks and centralities

Dr. Damien Eveillard (U. Nantes, France): Co-occurrence networks and the evolution of geochemical cycles in the environment

Pr. Daniel Huson (U Tuebingen, Germany): Network approaches in microbiome analysis

Pr. Marc-André Sélosse (MNHN, France): The living world as a network

This summer school is funded by ERC grant (FP7/2007-2013 Grant Agreement # 615274). Hence, registration is free, housing and food (breakfast, lunch) are also fully covered. Applicants will only need to fund their travel to Roscoff and their evening dinners.

10 places only are available, with a mandatory requirement: applicants must show basic computer skills (i.e. to be familiar with Linux environment and with at least one programming language, preferably Python).
Applications are to be submitted asap, and no later than February 15th 2019, by email to :

eric.bapteste@upmc.fr , and contain a brief letter describing why this class will be of significant interest for the applicant and his/her future studies.

Applicants will be selected based on their motivation, and their resume, including the names of two scientific referees for PhD and postdoctoral fellows.

We are excited to meet you soon in Roscoff.

Eric Bapteste + Philippe Lopez + Eduardo Corel

http://www.evol-net.fr/
MODÉLISATION FORMELLE DE RÉSEAUX DE RÉGULATION BIOLOGIQUE (École CNRS) 23-06-2019 28-06-2019 France Ile de Porquerolles

PRÉSENTATION

Les méthodes formelles issues de l'informatique se sont avérées très efficaces pour modéliser les réseaux de régulation biologique et élucider les liens de causalités entre interactions moléculaires d'une part, et phénotypes biologiques d'autre part.

La modélisation formelle des réseaux de régulation biologique participe activement aux avancées en « biologie des systèmes » et en « biologie synthétique » qui sont devenues des thèmes prioritaires de recherche pluridisciplinaire entre biologie, informatique, mathématique et physique-chimie théorique.

Il s'avère que la communauté francophone est à la pointe de la recherche mondiale dans ce domaine et cette école, francophone, présente une palette complète des différents cadres de modélisations (un par demi-journée). Les modalités pédagogiques ouvrent de nombreuses plages durant lesquels les participants interagissent largement avec les intervenants.

http://www.i3s.unice.fr/bioregul/
eX Modelo summer school on simulation model exploration 23-06-2019 28-06-2019 France Châtenay-sur-Seine

eX Modelo is a research school on the exploration of simulation models (sensitivity analysis, calibration, validation, etc.) that will be held from June 23 to 28, 2019 in a rural setting 1 hour from Paris.

This thematic school is intended for postgraduate students, engineers, academic researchers and companies interested in modelling, whatever their scientific field. The objective is to teach participants to become autonomous in exploring their models, in a friendly environment.

The courses, labs and feedback will be lead by a network of researchers who have a recognized expertise in these transdisciplinary practices.

During this week of training, you will discover step by step advanced methods for model exploration. There will be theoretical sessions as well as practical group workshops on adapted case studies.

The OpenMOLE platform (https://www.openmole.org), specially dedicated to the exploration of numerical models, will be used throughout the week to facilitate the understanding and implementation of practical cases.

https://exmodelo.org/
SysBioCancer2019: 2nd course on Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis 23-09-2019 28-09-2019 France Paris

We are glad to announce the second international multidisciplinary course entitled ‘Computational Systems Biology of Cancer: Single Cell Analysis’.

SysBioCancer2019 - Institut Curie, Paris, France

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019

https://easychair.org/cfp/SysBioCancer2019

Course objective

To improve interpretation and use of omics data that nowadays are accumulated in any biological or medical lab.  This year, the course will particularly focus on SysBio approaches for single cell data analysis. We will review current methods and tools for the analysis and interpretation of single cell data, along with concrete applications related to cancer. In particular, we will emphasize the role of single cell data research for understanding the heterogeneity of tumor.

 

https://training.institut-curie.org/courses/sysbiocancer2019
EBAI2019: Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit 03-11-2019 08-11-2019 France Roscoff

8ème école de bioinformatique AVIESAN-IFB - Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Objectifs

La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq/ATAC-seq, variants DNA-seq), et inclura une introduction à l’intégration des données, une ouverture aux approches “single-cell” ainsi qu’aux technologies “long reads”.

L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme.

Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.

 

http://www.france-bioinformatique.fr/ebai2019