Identification de motifs dans les réseaux métaboliques

Informations générales
Nom
Lacroix
Prénom
Vincent
Diplôme
Thèse
Année
2007
Détails de la thèse/HDR
Jury
Michel Habib
Stefan Schuster
Dominique Vienne
Christian Gautier
Stéphane Robin
Leen Stougie
Directeur (pour les thèses)
Marie-France Sagot
Résumé en français
Cette thèse s’inscrit dans le cadre de l’analyse structurelle des réseaux biologiques. Nous proposons une nouvelle définition de motif dans le contexte des réseaux métaboliques. Un réseau métabolique est modélisé par un graphe coloré et un motif est défini comme un multiensemble de couleurs (une couleur correspond ici à un mécanisme réactionnel). Une occurrence d’un motif est définie comme un ensemble de noeuds connectés et colorés par les couleurs du motif. Nous proposons des algorithmes pour rechercher et inférer de tels motifs, ainsi qu’un critère statistique permettant de décider si un motif est sur-représenté. L’application de nos méthodes au métabolisme d’Escherichia coli révèle des structures locales répétées. Nous argumentons que ces structures peuvent être interprétées comme des blocs fonctionnels et/ou évolutifs du métabolisme.