Analyse et modélisation des dépendances entre sites voisins dans l’évolution des séquences d’ADN

Informations générales
Nom
Palmeira
Prénom
Leonor
Diplôme
Thèse
Année
2007
Détails de la thèse/HDR
Jury
Eduardo ROCHA
Sophie SCHBATH
Didier PIAU
Arndt VON HAESELER
Directeur (pour les thèses)
Laurent GUÉGUEN
Jean LOBRY
Résumé en français
Cette thèse a porté, d’une part, sur l’analyse des sur et sous-représentations en dinucléotides au sein de différents génomes complets, en recherchant les liens éventuels avec des mécanismes connus de dommages causés à l’ADN qui soient liés à des sites avoisinants, particulièrement les voisins directs en 5’ et 3’. L’étude de l’effet des UVs sur les génomes de micro-organismes, et sur l’effet de la méthylation sur les génomes de métazoaires en a été un des grands axes. D’autre part, les résultats récents de Bérard et al. sur des modèles d’évolution incorporant des dépendances entre bases adjacentes (pyrimidine suivie de purine) ont permis de développer une approche probabiliste d’estimation des substitutions liées au mécanisme de méthylation-désamination spontanée des dinucléotides CG.