Modélisation et analyse, globale et locale, de Réseaux d’Interactions Biologiques Hétérogènes (RIBH) appliqué à la Levure.

Informations générales
Nom
Smidtas
Prénom
Serge
Diplôme
Thèse
Année
2007
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Olivier MARTIN
Olivier POCH
Paul Bourgine
Hanna KLAUDEL
Jean Pierre MAZAT
Directeur (pour les thèses)
François KEPES
Vincent SCHACHTER
Résumé en français
Le travail présenté s’articule autour de l’étude in silico des réseaux biologiques en abordant aussi bien les aspects d’intégration, de formalisation et de modélisation des réseaux et sous-réseaux biologiques. Dans ce contexte, les travaux ont porté dans un premier temps, sur le développement d’un outil d’intégration Cyclone à même d’assurer un accès et une exploitation simplifiés des données présentes dans la base de données BioCyc puis, dans un second temps, sur le développement d’un cadre de modélisation des graphes particulièrement adapté à l’étude de réseaux d’interactions hétérogènes, MIB (pour Modèle d’Interaction Biologique). Enfin, ces développements ont été mis à profit afin d’une part, de caractériser et d’étudier la présence et le mode de connexion de sous-réseaux ou motifs à l’intérieur de réseaux plus vastes et d’autre part, d’étudier et de modéliser la voie métabolique du galactose chez la levure Saccharomyces cerevisiae en tant que boucle de rétroaction impliquant régulation transcriptionnelle et interaction protéine-protéine.