Modélisation incrémentale des réseaux biologiques

Informations générales
Nom
Yartseva-Smidtas
Prénom
Anastasia
Diplôme
Thèse
Année
2007
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Hidde Jong
Olivier Gandrillon
Dominique Vienne
Raymond Devillers
Directeur (pour les thèses)
Hanna KLAUDEL
François Képès
Résumé en français
Le domaine scientifique de la Biologie des Systèmes étudie les interactions entre les composantes d’un système biologique afin de comprendre son fonctionnement global. Au cours de cette thèse, pour modéliser les connaissances biologiques, nous avons d’abord utilisé des graphes simples. Cette approche a permis d’appréhender la manière dont un réseau biologique peut interagir avec son environnement, lui-même modélisé par un autre réseau. La procédure d’enracinement de graphe a été appliquée à la levure, aux données d’interactions et de localisation cellulaire. Toutefois, la procédure est générale et peut s’appliquer à de nombreux autres réseaux comme, par exemple, les réseaux sociaux. Nous avons ensuite défini le formalisme MIB (Model of Interactions in Biology) particulièrement adapté à l’analyse statique des grands réseaux biologiques. Il permet de définir, rechercher et étudier les motifs hétérogènes. Enfin pour approfondir l’étude de la structure et de la dynamique, nous avons proposé le formalisme MIN. MIN possède la structure d’un graphe biparti similaire au MIB, mais permet d’avoir des annotations beaucoup plus riches des nœuds et des arcs du réseau. Ces annotations sont ensuite utilisées pour la traduction des données automatiquement en d’autres formalismes couramment utilisés en modélisation biologique, tels que les équations différentielles ou la modélisation logique. Ainsi, MIN permet d’appréhender la dynamique des systèmes biologiques à partir des données qui mélangent des variables discrètes et continues, et qui ne sont intrinsèquement que partielles.