Analyses bioinformatiques appliquées aux protéines amyloïdes

Informations générales
Nom
Pawlicki
Prénom
Sandrine
Diplôme
Thèse
Année
2007
Détails de la thèse/HDR
Jury
Françoise SCHOENTGEN
Philippe Derreumaux
Dominique LAVENIER
Olivier DAMERON
Cyrille GARNIER
Directeur (pour les thèses)
Christian DELAMARCHE
Résumé en français
Conformations anormales et agrégation de protéines en fibres amyloïdes sont associées à nombre de pathologies sévères, dont la maladie d’Alzheimer, les encéphalopathies spongiformes ou encore le diabète de type II. L’accumulation, ces dernières années, de séquences et structures sur ces protéines a ouvert la voie à l’étude in silico des mécanismes moléculaires de la formation des fibres amyloïdes. Dans ce but, nous avons créé AMYPdb (AMYloid Protein database), la première base de données de données dédiée à ces protéines. Ce sont ainsi 31 familles et 1705 séquences qui ont été analysées par une approche de découverte et recherche de signatures à grande échelle. Cette méthodologie a permis la découverte de 3620 motifs, parmi lesquels se trouvent de très bons descripteurs des protéines amyloïdes, des motifs communs à plusieurs familles, et d’autres répétés de manière caractéristique. Nous avons approfondi l’analyse de l’une de ces signatures d’intérêt par des expérimentations in vitro.