Simulations numériques de systèmes biologiques complexes ; dynamique, structure et fonction de transporteurs, canaux et enzymes

Informations générales
Nom
Baaden
Prénom
Marc
Diplôme
HDR
Année
2010
Détails de la thèse/HDR
Jury
Cathérine Etchebest
Antoine Ferreira
Anne Imberty
Alexandre Bonvin
Frédéric Dardel
Résumé en français
La motivation première de mes travaux de recherche est de combiner des approches expérimentales et théoriques dans le domaine de la chimie physique pour atteindre une meilleure compréhension des phénomènes à l'échelle atomique. Mes travaux en cours traitent de systèmes d'intérêt biologique concernant les processus membranaires et des phénomènes accessibles par des méthodes de nano-manipulation.
Les problèmes de la biophysique et biochimie sont au cœur de mes recherches. J'ai effectué des simulations complexes de protéines membranaires dans une bicouche lipidique qui se sont montrées tout à fait complémentaires et révélatrices par rapport aux études expérimentales de biologie structurale. Une récente collaboration exploitant cette complémentarité a donné lieu à une publication dans la revue Nature en début 2009. [ ]
Les travaux récents visent à développer des approches combinant la réalité virtuelle avec les simulations moléculaires. [ ] Les systèmes biologiques étudiés présentent à la fois un intérêt physico-chimique, biologique et médical et peuvent atteindre un grand nombre d'atomes. En parallèle, je mène un travail de fond sur les méthodes de simulation et des approches novatrices.
N. BOCQUET, H. NURY, M. BAADEN, C. LE POUPON, J.P. CHANGEUX, M. DELARUE et P.J. CORRINGER: "X-ray structure of a pentameric ligand-gated ion channel in an apparently open conformation", 2009, Nature, 457, 111-114.
O. DELALANDE, N. FEREY, G. GRASSEAU et M. BAADEN : "Complex Molecular Assemblies at hand via Interactive Simulations", 2009, J. Comput. Chem., 30, 2009, 2375-2387.