Exploration immersive de données génomiques textuelles et factuelles : vers une approche par « Visual Mining »

Informations générales
Nom
Ferey
Prénom
Nicolas
Diplôme
Thèse
Année
2006
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Guy Melançon
Ahmed Seffah
Anne Vilnat
Monique Bolotin-Fukuhara
Directeur (pour les thèses)
Rachid Gherbi
Résumé en français
Ce travail de thèse porte sur l’exploration immersive de données génomiques textuelles et factuelles. Il s’agit d’étudier et de concevoir une nouvelle approche pour explorer dans un cadre immersif (i.e. de réalité virtuelle), des données d’une nature spécifique : les données génomiques. Ces données se présentent sous deux formes : la forme factuelle, c’est-à-dire l’ensemble des données structurées provenant des banques de données biologiques, et la forme textuelle, à savoir l’ensemble des données non structurées présentes dans les millions de publications concernant la génomique. Face à la complexité de ces données, l’enjeu est de proposer des paradigmes d’exploration et d’interaction, qui permettent de couvrir le plus largement possible ces données de nature variée. Ces paradigmes doivent être capables de gérer des données massives, et doivent être adaptés à la fois au cadre immersif et aux besoins des biologistes.



Ainsi sur la base de l’étude des besoins des utilisateurs et de leurs usages, un paradigme de représentation a été défini en utilisant les caractéristiques très spécifiques des banques de données génomiques, et dans lequel la sémantique des données étudiées est traduite par des propriétés visuelles, géométriques, ou topologiques, choisies initialement par l’utilisateur. Un prototype a été implémenté pour tester et valider le paradigme précédemment défini, et plusieurs expériences d’analyse de données génomiques ont été menées en collaboration avec des biologistes ou bioinformaticiens, afin de mesurer la pertinence de cette solution d’exploration, face à plusieurs problématiques d’analyse de données génomiques.