Evaluation et application de méthodes de criblage in silico

Informations générales
Nom
Guillemain
Prénom
Hélène
Diplôme
Thèse
Année
2012
Détails de la thèse/HDR
Université
Directeur (pour les thèses)
Jean-francois Zagury
Matthieu Montes
Résumé en français
Lors de la conception de médicaments, le criblage in silico est de plus en plus utilisé et les méthodes disponibles nécessitent d'être évaluées. L'évaluation de 8 méthodes a mis en évidence l'efficacité des méthodes de criblage in silico et des problèmes de construction de la banque d'évaluation de référence (DUD), la conformation choisie pour les sites de liaison n'étant pas toujours adaptée à tous les actifs. La puissance informatique actuelle le permettant, plusieurs structures expérimentales ont été choisies pour tenter de mimer la flexibilité des sites de liaison. Un autre problème a été mis en évidence : les métriques d'évaluation des méthodes souffrent de biais. De nouvelles métriques ont donc été proposées, telles que BEDROC et RIE. Une autre alternative est proposée ici, mesurant la capacité prédictive d'une méthode en actifs. Enfin, une petite molécule active sur le TNFα in vitro et in vivo sur souris a été identifiée par un protocole de criblage in silico. Ainsi, malgré le besoin d'amélioration des méthodes, le criblage in silico peut être d'un important soutien à l'identification de nouvelles molécules a visée thérapeutique.