Approches de la modélisation en biologie par langages de programmation concurrente

Informations générales
Nom
Lhoussaine
Prénom
Cedric
Diplôme
HDR
Année
2013
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Vincent DANOS
Olivier Danvy
François Fages
Joachim NIEHREN
Hélène Touzet
Résumé en français
Dans ce mémoire sont présentés les principaux travaux que j'ai réalisés
depuis la fin de ma thèse. Ceux-ci portent sur le développement, par des
méthodes formelles, de langages de programmation concurrente dédiée à la
modélisation en biologie. En particulier, ce sont le traitement des
aspects stochastiques et la représentation de la structure spatiale de
l'environnement biologique qui sont principalement abordés.
Des extensions du pi-calcul stochastique ont d'abord été proposés pour,
non seulement améliorer la convivialité du langage dans la pratique de
modélisation, mais aussi pour exprimer de façon uniforme les notions de
compartiments cellulaires et de phénomènes de diffusions
moléculaires. Ces concepts ont ensuite été utilisés pour concevoir le
nouveau langage à base de règles React(C). Plus proche de l'intuition
biologique, React(C) nous a permis de réconcilier l'expressivité des
approches par agent à la pi-calcul et les approches inspirées des
réactions chimiques. Deux cas d'étude de modélisation biologique ont en
particulier émaillé et inspiré ces travaux: la modélisation de
l'atténuation de la transcription de l'opéron tryptophane, et celle de
l'effet de communauté.