L'analyse de données génomiques et l'annotation à l'heure des NGS : la Bio informatique 2.0

Informations générales
Nom
Paganini
Prénom
Julien
Diplôme
Thèse
Année
2015
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Olivier POCH
Pierre Abad
Laurent Tichit
Pierre-Edourad Fournier
Directeur (pour les thèses)
Pierre Pontarotti
Résumé en français
Les récents progrès technologiques en termes de séquençage de données génomiques ont entraîné une forte croissance des données disponibles et l'apparition de nouveaux besoins. Initialement limitée à l'analyse de petite quantité de données la bioinformatique a dû s'adapter à ce nouveau contexte technologique et scientifique afin de répondre aux nouveaux challenges proposés. Par l'intermédiaire de différents projets réalisés dans des contextes différents, cette thèse s'intègre dans ce changement contextuel où la bioinfomatique n'est plus limitée à l'utilisation d'outils unitaires et d'étapes humaines dépendantes. Focalisés sur le développement de stratégies d'analyse complexes pour le développement ou la mise à disposition d'outils entièrement automatisés et la production de données à haute valeur ajoutée, ces travaux permettent de comprendre le rôle important de la bioinformatique 2.0. Ainsi nous montrerons comment elle doit être à même de répondre à des objectifs précis par l'intermédiaire de stratégies intégrant les concepts de la biologie, les outils bioinformatiques existants et l'expertise scientifique associée au domaine. En conclusion nous discuterons du nouveau rôle et de l'impact futur de la bioinformatique 2.0 qui nécessite une vision générale capable de s'adapter aux nouvelles données disponibles tant sur le plan biologique qu'informatique.