Contributions à l'élaboration de connaissances qualitatives en bio-informatique

Informations générales
Nom
Magnin
Prénom
Morgan
Diplôme
HDR
Année
2016
Détails de la thèse/HDR
Université
Jury
Gilles Bernot
François Fages
Cédric Lhoussaine
Jérémie Bourdon
Hidde Jong
Mireille Régnier
Denis Thieffry
Résumé en français
Cette synthèse pour l’HDR est un recueil de plusieurs travaux dans le domaine des méthodes formelles pour la biologie. Devant l'enjeu que représente la modélisation et l'analyse de la dynamique de réseaux de régulation biologiques à grande échelle, nous avons identifié une classe pertinente de modèles formels sur laquelle il est possible de mener des analyses efficaces de la dynamique. Après avoir discuté les différents critères de modélisation à prendre en compte en biologie, nous introduisons ainsi le formalisme des Frappes de Processus. Nous présentons ensuite les méthodes d'analyse conçues pour ce paradigme, leurs mérites et leurs limites. Enfin, nous revenons sur des résultats plus récents, consécutifs à l'établissement de liens fructueux entre l'apprentissage automatique, la programmation logique, le model-checking et la bio-informatique, ce qui nous permet de faire émerger un ensemble de nouvelles questions scientifiques.