Histoires évolutives et autres comptes. Algorithmes et graphes pour la bioinformatique

Informations générales
Nom
Bérard
Prénom
Sèverine
Diplôme
HDR
Année
2016
Détails de la thèse/HDR
Jury
Nadia El Mabrouk
Hélène Touzet
Stéphane Vialette
Alain Guénoche
Vincent Ranwez
Mireille Régnier
Résumé en français
Les travaux de recherche que je présente dans ce mémoire s'articulent autour des thèmes de l'alignement de séquences, de la génomique comparative et de la coévolution. Le lien entre ces thématiques est la reconstruction d'histoires évolutives. Je décris quatre problèmes en suivant à la fois l'ordre chronologique de ces travaux et la taille croissante des objets biologiques auxquels je me suis intéressée :

Alignement de séquences répétées en tandem ;
Scénarios évolutifs entre marqueurs génomiques (codés sous forme de permutations), sous deux modèles évolutifs différents (inversions et DCJ) ;
Reconstruction de génomes ancestraux et amélioration des assemblages de génomes actuels (DeCo et ARt-DeCo) ;
Alignement multiple de génomes complets de bactériophages (génomes mosaïques).
Tous ces travaux font appel à de l'algorithmique de graphe et de texte. Nous avons appliqué nos solutions à des données biologiques conduisant à diverses applications. Inférer des histoires évolutives nous a permis d'aligner des séquences, de donner accès à la structure de génomes ancestraux ou d'améliorer les assemblages de génomes dans les bases de données.
La dernière partie de ce mémoire est consacrée à l'exposé de mes projets de recherche. Ils s'inscrivent dans les thématiques de la coévolution et de l'alignement de séquences avec des applications à l'assemblage de génomes et à l'aide à l'annotation.