Des ordres et désordres ou comment bien réarranger son génome

Informations générales
Nom
Chateau
Prénom
Annie
Diplôme
HDR
Année
2016
Détails de la thèse/HDR
Jury
Cristina Bazgan
Anne Siegel
Stéphane Vialette
Guillaume Blin
Hélène Touzet
Vincent Ranwez
Résumé en français
Lorsque l'on s'intéresse à l'ordre des élements constitutifs des génomes, notamment des gènes, on se heurte assez vite à plusieurs types de problèmes. Nous nous intéressons ici à certains d'entre eux. Les thèmes abordés lors de mes recherches tournent autour des méthodes algorithmiques et combinatoires appliquées à la génomique, et plus précisément aux algorithmes portant sur des structures de graphes pour modéliser ce génome. Ils s'articulent en quatre principaux axes de recherches : un axe "Alignement de séquences et réarrangements", qui traite de la comparaison entre les génomes, sous l'angle des structures conservées; un axe "échafaudage de génomes" qui explore un problème complexe issus de la production des génomes complets à partir des données de séquençage haut-débit, se modélisant sous forme d'un problème d'optimisation dans un graphe, proche du problème du voyageur de commerce; un axe "phylogénie et synténie", s'intéressant à la fois à l'inférence de structures conservées, et également à l'amélioration des échafaudages de génomes grâce à l'information phylogénétique; enfin, un axe "génération de données de tests" qui fait un petit détour par l'ingénierie dirigée par les modèles (IDM), pour proposer une génération de données très réalistes, par exemple des graphes d'échafaudage de génomes.