Bioinformaticien – Analyse de données

Type de poste
Niveau d'étude minimal
Dates
Durée du poste
Contrat renouvelable
Contrat non renouvelable
Date de prise de fonction
Date de fin de validité de l'annonce
Localisation
Nom de la structure d'accueil
Adresse

CS 40121
06903 Sophia Antipolis
France

Contacts
Claude Pasquier
Email du/des contacts
claude.pasquier@unice.fr
Description

Contexte

Le développement tumoral résulte de l’accumulation d’altérations génomiques et de changements dynamiques de l’état cellulaire, tels que la différenciation de cellules souches cancéreuses (CSC). Ces phénomènes de reprogrammation impliquent des modifications coordonnées au niveau épigénétique et post-transcriptomique. Notre objectif est de caractériser précisément les réseaux moléculaires qui sont à l’oeuvre ainsi que leurs interconnections afin de modéliser la dynamique temporelle et spatiale des modifications du transcriptome des CSG. Dans ce but, nous intègrerons des données correspondant à différents niveaux de régulation post-transcriptionelle (épissage alternatif, expression et miARN) afin de modéliser l’hétérogénéité de comportement des CSG. Le projet est soutenu par l’Institut National du Cancer et implique plusieurs équipes de biologistes et d’informaticiens.

Mission

Le candidat recruté travaillera au sein de l’équipe d’informatique qui a en charge l’analyse des données. Il aura pour mission d'analyser des données générées par les expérimentations à haut débit. La personne sélectionnée combinera des outils open source pour mettre au point des pipeline d’analyse. Elle devra être à même de développer de nouveaux outils permettant l’analyse ou la visualisation des données. Elle sera également en charge de l’écriture des rapports concernant les analyses réalisées.

Compétences/qualités demandées

Master, Ingénieur ou docteur en Bioinformatique, Informatique ou Biologie. Bonne connaissance des méthodes et outils d'analyse de données biologiques (RNA-seq, clip-SEQ, ChIP-seq, spectrometrie de masse, analyse électrophysiologique) Bonne connaissance en développement logiciel avec le langages Python La connaissance d’autres langages de programmation (Java, C/C++) et la maîtrise de langages de scripts (Bash, Awk, Sed) serait un plus Connaissance et expérience pratique de travail dans un environnement Linux Maîtrise de l’anglais Autonomie, organisation, rigueur et méthode Sens du travail en équipe, capacité à interagir aussi bien avec des biologistes que des informaticiens Capacités didactiques pour transmettre les connaissances et exposer les résultats à des experts de différentes spécialités Beaucoup de motivation et d’intérêt pour l’Informatique, la Biologie et l’analyse des données. Une expérience antérieure dans un environnement interdisciplinaire et de collaboration sera considérée comme un atout.

Candidature

Un curriculum vitae, une lettre de motivation décrivant les expériences antérieures et les raisons qui motivent la demande et le nom et l'adresse électronique de deux références doivent être envoyées à claude.pasquier@unice.fr